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- PDB-8t7r: Crystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t7r
タイトルCrystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex with the Fab of alloreactive antibody E07
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
  • Light chain from antibody JTK191b E07
  • MHC class I antigen (Fragment)
  • peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen / HLA / HLA class I / antibodies / autoimmunity / Fab / alloreactive
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / DAP12 signaling / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Cytomegalovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Green, T.J. / Killian Jr, J.T. / Qiu, S. / Macon, K.J. / Yang, G. / King, R.G. / Lund, F.E.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007051 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142737 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)T32DK007545 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA013148 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD027000 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR025528 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR028976 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Topography of the HLA-A protein enforces shared and convergent immunodominant B cell and antibody alloresponses in transplant recipients.
著者: John T Killian / R Glenn King / Aaron C K Lucander / James L Kizziah / Christopher F Fucile / Ruben Diaz-Avalos / Shihong Qiu / Aaron Silva-Sanchez / Betty J Mousseau / Kevin J Macon / Amanda ...著者: John T Killian / R Glenn King / Aaron C K Lucander / James L Kizziah / Christopher F Fucile / Ruben Diaz-Avalos / Shihong Qiu / Aaron Silva-Sanchez / Betty J Mousseau / Kevin J Macon / Amanda R Callahan / Guang Yang / M Emon Hossain / Jobaida Akther / Daryl B Good / Susan Kelso / Julie A Houp / Frida Rosenblum / Paige M Porrett / Song C Ong / Vineeta Kumar / Erica Ollmann Saphire / John F Kearney / Troy D Randall / Alexander F Rosenberg / Todd J Green / Frances E Lund /
要旨: Donor-specific antibody responses against human leukocyte antigen (HLA) proteins mismatched between transplant donors and recipients cause allograft loss, yet the structural HLA epitopes targeted by ...Donor-specific antibody responses against human leukocyte antigen (HLA) proteins mismatched between transplant donors and recipients cause allograft loss, yet the structural HLA epitopes targeted by alloreactive B cells and antibodies remain largely unresolved. We profiled the HLA-A01:01-specific B cell response in the transplanted kidney and blood of a recipient undergoing antibody-mediated rejection and identified immunodominant B cell and antibody responses that emerged early in the alloimmune response. These responses were focused on topographically exposed mismatched HLA residues located in the α helices along the peptide-binding groove of HLA-A01:01. We demonstrated that the anti-HLA-A01:01 B cell alloresponse converged and was maintained on this same immunodominant HLA subregion, which comprises only 20% of the HLA molecule, in a diverse group of HLA-A01:01-mismatched transplant recipients. Thus, the B cell and antibody alloresponses appear tightly focused on a topographically defined region on the HLA-A01:01 crown that is conserved across individuals expressing distinct constellations of self-HLA-A.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain from antibody JTK191b E07
B: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
C: MHC class I antigen (Fragment)
0: peptide
D: Beta-2-microglobulin
E: Light chain from antibody JTK191b E07
F: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
G: MHC class I antigen (Fragment)
1: peptide
H: Beta-2-microglobulin
I: Light chain from antibody JTK191b E07
J: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
K: MHC class I antigen (Fragment)
2: peptide
L: Beta-2-microglobulin
M: Light chain from antibody JTK191b E07
N: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
O: MHC class I antigen (Fragment)
3: peptide
P: Beta-2-microglobulin
Q: Light chain from antibody JTK191b E07
R: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
S: MHC class I antigen (Fragment)
4: peptide
T: Beta-2-microglobulin
U: Light chain from antibody JTK191b E07
V: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
W: MHC class I antigen (Fragment)
5: peptide
X: Beta-2-microglobulin
Y: Light chain from antibody JTK191b E07
Z: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
a: MHC class I antigen (Fragment)
6: peptide
b: Beta-2-microglobulin
c: Light chain from antibody JTK191b E07
d: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
e: MHC class I antigen (Fragment)
7: peptide
f: Beta-2-microglobulin
g: Light chain from antibody JTK191b E07
h: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
i: MHC class I antigen (Fragment)
8: peptide
k: Light chain from antibody JTK191b E07
l: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
o: Light chain from antibody JTK191b E07
p: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
s: Light chain from antibody JTK191b E07
t: Fab heavy chain from antibody JTK191b E07


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)972,57850
ポリマ－972,57850
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)357.076, 259.582, 255.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体
Light chain from antibody JTK191b E07


分子量: 22731.115 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab heavy chain from antibody JTK191b E07


分子量: 25938.840 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
MHC class I antigen (Fragment)


分子量: 31636.955 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IQR9
#4: タンパク質・ペプチド
peptide


分子量: 1091.191 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cytomegalovirus (ウイルス)
#5: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium citrate tribasic dihydrate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.84→30.13 Å / Num. obs: 154424 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 8.05
反射 シェル解像度: 3.89→3.977 Å / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 7737 / CC1/2: 0.71 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.699 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20.1_4487精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.84→30.13 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 2017 1.31 %
Rwork0.2165 --
obs0.2171 154388 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.84→30.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数63621 0 0 0 63621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00465320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77688925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29623527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.84-3.930.3557840.27366499X-RAY DIFFRACTION57
3.93-4.040.30571490.253311207X-RAY DIFFRACTION99
4.04-4.160.27911530.247111199X-RAY DIFFRACTION99
4.16-4.290.27281500.230211217X-RAY DIFFRACTION99
4.29-4.450.24791520.216511229X-RAY DIFFRACTION99
4.45-4.620.23371450.201511232X-RAY DIFFRACTION99
4.62-4.830.21931550.192311196X-RAY DIFFRACTION99
4.83-5.090.2491510.196711148X-RAY DIFFRACTION98
5.09-5.40.21621520.194511206X-RAY DIFFRACTION98
5.4-5.820.2351380.208211069X-RAY DIFFRACTION97
5.82-6.40.27291530.223811266X-RAY DIFFRACTION99
6.4-7.310.3081410.226511369X-RAY DIFFRACTION99
7.31-9.170.2351570.208211307X-RAY DIFFRACTION99
9.17-30.130.30721370.219711227X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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