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Yorodumi- PDB-8t75: Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8t75 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) | ||||||
Components |
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Keywords | ONCOPROTEIN / KRAS / RAS / RAF1 / CRAF | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdeath-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to mineralocorticoid / GMP binding ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to mineralocorticoid / GMP binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / forebrain astrocyte development / IFNG signaling activates MAPKs / LRR domain binding / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / face development / pseudopodium / Rac protein signal transduction / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / skeletal muscle cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SOS-mediated signalling / somatic stem cell population maintenance / Activated NTRK3 signals through RAS / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / MAP kinase kinase kinase activity / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / type II interferon-mediated signaling pathway / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Schwann cell development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / response to muscle stretch / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / myelination / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / thymus development / adenylate cyclase activator activity / VEGFR2 mediated cell proliferation Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Whitley, M.J. / Simanshu, D.K. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2024Title: Comparative analysis of KRAS4a and KRAS4b splice variants reveals distinctive structural and functional properties. Authors: Whitley, M.J. / Tran, T.H. / Rigby, M. / Yi, M. / Dharmaiah, S. / Waybright, T.J. / Ramakrishnan, N. / Perkins, S. / Taylor, T. / Messing, S. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / ...Authors: Whitley, M.J. / Tran, T.H. / Rigby, M. / Yi, M. / Dharmaiah, S. / Waybright, T.J. / Ramakrishnan, N. / Perkins, S. / Taylor, T. / Messing, S. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Stephen, A.G. / Turbyville, T. / Cornilescu, G. / Simanshu, D.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8t75.cif.gz | 511.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8t75.ent.gz | 423 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8t75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8t75_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8t75_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8t75_validation.xml.gz | 43 KB | Display | |
| Data in CIF | 8t75_validation.cif.gz | 57.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t75 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8t71C ![]() 8t72C ![]() 8t73C ![]() 8t74C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
| #1: Protein | Mass: 20426.123 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KRAS, KRAS2, RASK2 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 15888.440 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAF1, RAF / Production host: ![]() References: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 93 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M sodium formate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.65→46.45 Å / Num. obs: 61031 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 63.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65→46.45 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 192.32 Å2 / Biso mean: 76.6592 Å2 / Biso min: 33.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→46.45 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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