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- PDB-8t5q: SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5q
タイトルSARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF2 TRAF domain
要素
  • ORF3a protein
  • TNF receptor-associated factor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / signaling protein-viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC2 complex disassembly / host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / CD27 signaling pathway ...TORC2 complex disassembly / host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / CD27 signaling pathway / TRAF2-GSTP1 complex / SARS-CoV-2 modulates autophagy / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of JUN kinase activity / CD40 signaling pathway / tumor necrosis factor binding / negative regulation of glial cell apoptotic process / interleukin-17-mediated signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / CD40 receptor complex / programmed necrotic cell death / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / thioesterase binding / regulation of immunoglobulin production / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / vesicle membrane / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / : / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of JNK cascade / RIPK1-mediated regulated necrosis / mRNA stabilization / voltage-gated calcium channel complex / toll-like receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / host cell endoplasmic reticulum / TRAF6 mediated NF-kB activation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of protein-containing complex assembly / monoatomic ion channel activity / ubiquitin ligase complex / protein K63-linked ubiquitination / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of interleukin-2 production / protein autoubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / voltage-gated potassium channel complex / cellular response to nitric oxide / signaling adaptor activity / response to endoplasmic reticulum stress / molecular function activator activity / T cell activation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / : / protein catabolic process / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of T cell cytokine production / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein-containing complex assembly / cell cortex / protein phosphatase binding / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / regulation of apoptotic process / host cell endosome / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / host cell endoplasmic reticulum membrane / membrane raft / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex binding / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / enzyme binding / signal transduction / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin ...TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ORF3a protein / TNF receptor-associated factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Busscher, B.M. / Xiao, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141350 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127609 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 ORF3a-Mediated NF-kappa B Activation Is Not Dependent on TRAF-Binding Sequence.
著者: Busscher, B.M. / Befekadu, H.B. / Liu, Z. / Xiao, T.S.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 2
B: TNF receptor-associated factor 2
C: TNF receptor-associated factor 2
D: TNF receptor-associated factor 2
E: TNF receptor-associated factor 2
F: TNF receptor-associated factor 2
G: ORF3a protein
H: ORF3a protein
I: ORF3a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,90617
ポリマ－128,7049
非ポリマー1,2018
水5,693316
1
A: TNF receptor-associated factor 2
B: TNF receptor-associated factor 2
C: TNF receptor-associated factor 2
G: ORF3a protein
H: ORF3a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2109
ポリマ－64,6095
非ポリマー6014
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
2
D: TNF receptor-associated factor 2
E: TNF receptor-associated factor 2
F: TNF receptor-associated factor 2
I: ORF3a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6968
ポリマ－64,0954
非ポリマー6014
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.200, 84.220, 124.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
TNF receptor-associated factor 2 / E3 ubiquitin-protein ligase TRAF2 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRAF2 / Tumor necrosis ...E3 ubiquitin-protein ligase TRAF2 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRAF2 / Tumor necrosis factor type 2 receptor-associated protein 3


分子量: 21193.412 Da / 分子数: 6 / 断片: TRAF domain (UNP residues 315-501) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF2, TRAP3 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q12933
#2: タンパク質・ペプチド ORF3a protein / ORF3a / Accessory protein 3a / Protein 3a / Protein U274 / Protein X1


分子量: 514.572 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 36-40 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC3
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.61 Å / Num. obs: 95517 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.19
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 7002 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.52 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D01

1d01


解像度: 1.9→29.61 Å / SU ML: 0.2269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.3462
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 4757 4.98 %
Rwork0.207 90710 -
obs0.2086 95467 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8109 0 80 316 8505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00748361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.947511266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06381224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01031449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.88541162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.35571520.32962956X-RAY DIFFRACTION96.91
1.92-1.940.3581430.3063053X-RAY DIFFRACTION99.22
1.94-1.970.34161480.28682990X-RAY DIFFRACTION99.02
1.97-1.990.2941500.27143075X-RAY DIFFRACTION98.71
1.99-2.020.31121690.26312961X-RAY DIFFRACTION99.37
2.02-2.040.2771630.25283068X-RAY DIFFRACTION99.23
2.04-2.070.29551680.24132965X-RAY DIFFRACTION99.33
2.07-2.10.29771430.24343055X-RAY DIFFRACTION98.89
2.1-2.140.31351550.24483004X-RAY DIFFRACTION98.35
2.14-2.170.28341520.2372999X-RAY DIFFRACTION98.32
2.17-2.210.31051740.24473022X-RAY DIFFRACTION98.25
2.21-2.250.28671260.23232958X-RAY DIFFRACTION97.13
2.25-2.290.27711410.23362966X-RAY DIFFRACTION97.52
2.29-2.340.24871850.23223058X-RAY DIFFRACTION99.42
2.34-2.390.28151450.24093007X-RAY DIFFRACTION99.24
2.39-2.450.27761880.23582966X-RAY DIFFRACTION98.9
2.45-2.510.27581670.23863033X-RAY DIFFRACTION98.8
2.51-2.570.27791630.24283051X-RAY DIFFRACTION98.8
2.57-2.650.24721680.23963026X-RAY DIFFRACTION99.29
2.65-2.740.25171620.22213008X-RAY DIFFRACTION99.34
2.74-2.830.23661560.22463066X-RAY DIFFRACTION99.32
2.83-2.950.26661640.22263040X-RAY DIFFRACTION99.53
2.95-3.080.26231650.22083043X-RAY DIFFRACTION98.59
3.08-3.240.22641760.21552917X-RAY DIFFRACTION96.45
3.24-3.450.23811680.19493044X-RAY DIFFRACTION99.07
3.45-3.710.2131500.1843045X-RAY DIFFRACTION99.75
3.71-4.080.19431480.17363091X-RAY DIFFRACTION99.57
4.08-4.670.18211640.15243082X-RAY DIFFRACTION99.21
4.67-5.880.18531520.16593048X-RAY DIFFRACTION98.55
5.88-29.610.21371520.18593113X-RAY DIFFRACTION97.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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