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- PDB-8t5n: Crystal Structure of Glycine--tRNA ligase from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5n
タイトルCrystal Structure of Glycine--tRNA ligase from Mycobacterium tuberculosis (AMP-Mg bound)
要素Glycine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Glycine--tRNA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


microvesicle / glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase activity / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA aminoacylation for protein translation / extracellular vesicle / protein dimerization activity / extracellular exosome ...microvesicle / glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase activity / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA aminoacylation for protein translation / extracellular vesicle / protein dimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycine-tRNA ligase, bacterial / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Glycine-tRNA ligase, bacterial / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Glycine--tRNA ligase from Mycobacterium tuberculosis (AMP-Mg bound)
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / DeRocher, A.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,47313
ポリマ－54,4751
非ポリマー99812
水6,630368
1
A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,94626
ポリマ－108,9502
非ポリマー1,99524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area11330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.355, 126.355, 129.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-891-

HOH

21A-932-

HOH

31A-938-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycine--tRNA ligase / Glycyl-tRNA synthetase / GlyRS


分子量: 54475.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: glyQS, glyS, Rv2357c, MTCY27.23, MTCY98.26 / プラスミド: MytuD.19107.a.UW1
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WFV7, glycine-tRNA ligase

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非ポリマー , 7種, 380分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus A2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. MytuD.19107.a.UW1.PS38711 at 24.9 mg/mL. 10 mM MgCl2, 1 mM ATP added prior ...詳細: Morpheus A2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. MytuD.19107.a.UW1.PS38711 at 24.9 mg/mL. 10 mM MgCl2, 1 mM ATP added prior to crystallization. ATP hydrolyzed to AMP. plate 13247 well A2 drop 1. Puck: PSL-0301, Cryo: direct

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.14 Å / Num. obs: 73239 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 2570575
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.3 % / Rmerge(I) obs: 2.489 / Num. measured all: 128822 / Num. unique obs: 3553 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 2.524 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_4933: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→40.03 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1706 3693 5.05 %
Rwork0.1558 --
obs0.1565 73150 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 65 368 3640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7481238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.25081430.22112640X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.690.20511520.21082595X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.19791260.20562647X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.740.2511490.22712609X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.770.22261250.22152661X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80.2371530.20592623X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.21181370.1842626X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.1961320.1752648X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.90.1771350.16482657X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.17811360.15922641X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.980.20211500.14992633X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.16721440.14812636X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.17081230.14272668X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.15181470.14932645X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20.1711450.15442641X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.270.16191240.14762677X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.17261540.14342654X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.17051370.13872682X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.560.15921290.1392676X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.690.14651720.14262661X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.17051400.14472677X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.16551520.1542703X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.16811520.15262703X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.15881280.14722749X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.880.14021630.12972773X-RAY DIFFRACTION100
4.89-40.030.20481450.19342932X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9176-0.49760.00531.3881-0.35540.50290.06440.1081-0.1091-0.0946-0.03340.05270.1113-0.0653-0.01890.20320.0057-0.01430.2086-0.0370.174447.493322.66412.4012
24.08190.13620.11634.73270.00962.9842-0.00220.33-0.203-0.324-0.0020.81880.2755-0.5193-0.00830.2052-0.0381-0.02630.3519-0.04530.393722.905823.12256.3267
31.0358-0.4511-0.13871.1682-0.03351.10420.07230.1685-0.0178-0.0989-0.05750.11560.0457-0.1614-0.00850.15960.0089-0.00480.218-0.01050.17137.161436.2957-3.0181
43.8737-0.4708-0.02912.38120.37592.21130.05850.11770.01890.1057-0.0386-0.52360.11520.4173-0.00490.21160.0417-0.01190.23170.00020.31172.51422.12881.842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 164 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 165 through 342 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 353 through 461 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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