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- PDB-8t5m: SOS2 crystal structure with fragment bound (compound 14) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5m
タイトルSOS2 crystal structure with fragment bound (compound 14)
要素Son of sevenless homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G alpha (12/13) signalling events / insulin receptor signaling pathway / Ras protein signal transduction / protein heterodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YIF / Son of sevenless homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Lawson, J.D. / Ivetac, A. / Ulaganathan, T. / Coulombe, R. / Fethiere, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Five SOS2 Fragment Hits with Binding Modes Determined by SOS2 X-Ray Cocrystallography.
著者: Smith, C.R. / Chen, D. / Christensen, J.G. / Coulombe, R. / Fethiere, J. / Gunn, R.J. / Hollander, J. / Jones, B. / Ketcham, J.M. / Khare, S. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Marx, M.A. / ...著者: Smith, C.R. / Chen, D. / Christensen, J.G. / Coulombe, R. / Fethiere, J. / Gunn, R.J. / Hollander, J. / Jones, B. / Ketcham, J.M. / Khare, S. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Marx, M.A. / Olson, P. / Pearson, K.E. / Ren, C. / Tsagris, D. / Ulaganathan, T. / Van't Veer, I. / Wang, X. / Ivetac, A.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Son of sevenless homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1668
ポリマ－57,3711
非ポリマー7967
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.471, 52.165, 60.998
Angle α, β, γ (deg.)85.05, 75.37, 76.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Son of sevenless homolog 2 / SOS-2


分子量: 57370.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-YIF / 4-[(1R,2S)-1-hydroxy-2-{[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]amino}propyl]phenol / (-)-リトドリン


分子量: 287.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→43.82 Å / Num. obs: 46269 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Num. unique obs: 2035 / CC1/2: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→43.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.372 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22792 2225 4.8 %RANDOM
Rwork0.19003 ---
obs0.19187 44042 91.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å2-0.13 Å2-0.15 Å2
2---0.06 Å2-1.39 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→43.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 49 210 4106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.6555409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3191.5738764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.16421.496234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18115733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8211535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8883.5451855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.863.5441854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0465.292315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0455.2922316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7974.0672145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7964.0682146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8425.9023092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.62742.1954615
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.62642.1974616
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 93 -
Rwork0.344 1939 -
obs--54.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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