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- PDB-8t5i: Crystal structure of human WDR5 in complex with MR4397 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5i
タイトルCrystal structure of human WDR5 in complex with MR4397
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / WD-repeat / WDR / WDR5 / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZHF / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kimani, S. / Dong, A. / Li, F. / Loppnau, P. / Ackloo, S. / Vedadi, M. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human WDR5 in complex with MR4397
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Li, F. / Loppnau, P. / Ackloo, S. / Vedadi, M. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,13416
ポリマ－68,5802
非ポリマー1,55414
水7,855436
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8996
ポリマ－34,2901
非ポリマー6095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,23510
ポリマ－34,2901
非ポリマー9459
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.382, 86.370, 80.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34289.887 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

-
非ポリマー , 5種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-ZHF / N-[(2S)-1-(6,7-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-5(4H)-yl)-1-oxopentan-2-yl]-3-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 422.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M BTP pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72369 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 1.332 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 416078
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.735.40.98235480.6580.8910.4561.0870.7195.1
1.73-1.765.50.89436000.7110.9120.4150.9890.74695
1.76-1.795.40.76635980.7450.9240.3620.8510.75395.1
1.79-1.835.10.62134890.8080.9450.2990.6930.81893.4
1.83-1.875.30.52733580.8250.9510.250.5860.86889.5
1.87-1.915.80.45936220.8730.9650.2090.5060.89896.6
1.91-1.9660.436800.9010.9740.1820.4410.91396.3
1.96-2.0260.34336220.9190.9790.1560.3780.98696.9
2.02-2.0760.31636370.940.9840.1450.3491.11996.6
2.07-2.1460.26736300.9490.9870.1230.2951.19397.2
2.14-2.225.90.23836990.9550.9880.110.2631.31997.1
2.22-2.315.80.21736300.9620.990.1010.241.39397.1
2.31-2.415.70.18636440.9580.9890.0870.2061.40297
2.41-2.545.50.16136310.9730.9930.0760.1781.51395.7
2.54-2.75.40.1434380.9720.9930.0670.1561.7791.4
2.7-2.916.20.12737030.9810.9950.0570.141.90997.9
2.91-3.26.10.10337300.9840.9960.0470.1141.98198.7
3.2-3.6660.09237530.9880.9970.0410.1012.34198.4
3.66-4.615.70.07536960.9920.9980.0340.0831.9897.6
4.61-5060.06536610.9930.9980.0290.0711.62394.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.295 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23174 1467 2 %RANDOM
Rwork0.19654 ---
obs0.19722 70899 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 108 436 5212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.6216737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.59210471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6515630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.12824.974191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00215811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.556156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0961.7562471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0941.7552469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7012.6273097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.72.6273098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4781.9462484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4781.9472485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.292.8443633
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.15721.5155473
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.98921.0665357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 132 -
Rwork0.268 5034 -
obs--92.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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