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- PDB-8t52: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) F185H/Y99H/A128T Muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t52
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) F185H/Y99H/A128T Mutant Complexed with EKC-110
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QD6 / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Dinh, T. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI143649 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The structural and mechanistic bases for the viral resistance to allosteric HIV-1 integrase inhibitor pirmitegravir.
著者: Dinh, T. / Tber, Z. / Rey, J.S. / Mengshetti, S. / Annamalai, A.S. / Haney, R. / Briganti, L. / Amblard, F. / Fuchs, J.R. / Cherepanov, P. / Kim, K. / Schinazi, R.F. / Perilla, J.R. / Kim, B. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3832
ポリマ－18,9021
非ポリマー4811
水79344
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7654
ポリマ－37,8032
非ポリマー9622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area3520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.243, 72.243, 66.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 18901.572 Da / 分子数: 1 / 変異: F185H, Y99H, A128T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR52
#2: 化合物 ChemComp-QD6 / (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid


分子量: 480.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29ClN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate (pH = 6.5), 10% PEG 8000, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→31.73 Å / Num. obs: 11041 / % possible obs: 87.16 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 27.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02927 / Rpim(I) all: 0.02927 / Rrim(I) all: 0.0414 / Net I/σ(I): 28.93
反射 シェル解像度: 2.07→2.149 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5911 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 284 / CC1/2: 0.365 / CC star: 0.731 / Rpim(I) all: 0.5911 / Rrim(I) all: 0.8359 / % possible all: 22.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8D3S

8d3s


解像度: 2.07→31.73 Å / SU ML: 0.4035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.6501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3141 1104 10.15 %
Rwork0.2637 9777 -
obs0.2688 10881 87.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→31.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1028 0 34 44 1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00341085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61081475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7795374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.170.3613450.3586380X-RAY DIFFRACTION28.03
2.17-2.280.50241120.4747947X-RAY DIFFRACTION68.28
2.28-2.430.32781530.29931363X-RAY DIFFRACTION99.67
2.43-2.610.3221560.2711388X-RAY DIFFRACTION99.94
2.61-2.880.32151580.26611396X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.290.31021610.25241402X-RAY DIFFRACTION100
3.29-4.150.27581560.23741417X-RAY DIFFRACTION99.68
4.15-31.730.29711630.23491484X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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