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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t4e | ||||||
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タイトル | Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / antigen processing / peptide transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / ABC-type peptide transporter activity / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / TAP1 binding / oligopeptide export from mitochondrion / TAP2 binding / peptide antigen transport ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / ABC-type peptide transporter activity / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / TAP1 binding / oligopeptide export from mitochondrion / TAP2 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / ABC-type oligopeptide transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / centriolar satellite / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / ADP binding / transmembrane transport / defense response / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / protein transport / ER-Phagosome pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / adaptive immune response / mitochondrial inner membrane / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Lee, J. / Oldham, M.L. / Chen, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV 著者: Lee, J. / Oldham, M.L. / Chen, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41028MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81034.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 75736.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 993.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04588 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Transporter associated with antigen processing bound to the 9-mer peptide ILKEPVHGV タイプ: COMPLEX / 詳細: Complex of TAP1 and TAP2 / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.156 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2165210 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95683 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |