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- PDB-8t2l: Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t2l
タイトルCrystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4
要素Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera
キーワードPROTEIN BINDING / Rift Valley fever virus / autophagy / LC3 / GABARAP / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cytoskeleton / symbiont-mediated perturbation of host cell-cell junction / symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / symbiont-mediated suppression of host transcription / cellular response to oxygen-glucose deprivation / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / negative stranded viral RNA replication ...symbiont-mediated perturbation of host cytoskeleton / symbiont-mediated perturbation of host cell-cell junction / symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / symbiont-mediated suppression of host transcription / cellular response to oxygen-glucose deprivation / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / SMAD protein signal transduction / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / negative stranded viral RNA replication / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / response to iron(II) ion / organelle membrane / p38MAPK cascade / autolysosome / autophagosome membrane / autophagosome maturation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / autophagosome assembly / mitophagy / JNK cascade / autophagosome / cellular response to copper ion / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / phospholipid binding / response to lead ion / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / microtubule binding / host cell cytoplasm / microtubule / protein-macromolecule adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / glutamatergic synapse / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein S / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Ali, M.G.H. / Wahba, H.M. / Cyr, N. / Omichinski, J.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA) 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: An LIR motif in the Rift Valley fever virus NSs protein is critical for the interaction with LC3 family members and inhibition of autophagy.
著者: Petraccione, K. / Ali, M.G.H. / Cyr, N. / Wahba, H.M. / Stocker, T. / Akhrymuk, M. / Akhrymuk, I. / Panny, L. / Bracci, N. / Cafaro, R. / Sastre, D. / Silberfarb, A. / O'Maille, P. / ...著者: Petraccione, K. / Ali, M.G.H. / Cyr, N. / Wahba, H.M. / Stocker, T. / Akhrymuk, M. / Akhrymuk, I. / Panny, L. / Bracci, N. / Cafaro, R. / Sastre, D. / Silberfarb, A. / O'Maille, P. / Omichinski, J. / Kehn-Hall, K.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera
B: Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8592
ポリマ－30,8592
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4301
ポリマ－15,4301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4301
ポリマ－15,4301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.995, 50.267, 137.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein S,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A chimera / NSs / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 ...NSs / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 15429.536 Da / 分子数: 2
断片: GS is the remain of the removed expression tag. The N terminus of Nss has been fused with Q9H492 to facilitate the crystalization.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSS, MAP1LC3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21698, UniProt: Q9H492
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Na-citrate, 5% Isopropanol, 0.1M MES buffer PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→32.6 Å / Num. obs: 12899 / % possible obs: 93.28 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / Num. unique obs: 1072 / CC1/2: 0.747

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→32.6 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 1217 10.03 %
Rwork0.2308 --
obs0.2354 12135 93.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 0 56 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5272885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.638843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.32950.36781180.30271075X-RAY DIFFRACTION85
2.3295-2.43550.35171180.28711102X-RAY DIFFRACTION87
2.4355-2.56390.32791260.29091142X-RAY DIFFRACTION89
2.5639-2.72440.30691330.26821177X-RAY DIFFRACTION93
2.7244-2.93470.27941370.25451211X-RAY DIFFRACTION94
2.9347-3.22980.3161390.25341245X-RAY DIFFRACTION97
3.2298-3.69670.30861440.23371287X-RAY DIFFRACTION97
3.6967-4.65550.2311470.1981305X-RAY DIFFRACTION99
4.6555-32.60.23941550.20071374X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.70870.3718-0.06271.13410.3893.2617-0.4003-0.01280.1752-0.52010.2102-0.286-0.6461-0.15140.08780.53720.062-0.07260.3354-0.00730.2543-11.1795-25.38399.0249
22.74510.20050.94672.6706-0.05211.5416-0.05670.05640.0192-0.01510.073-0.1026-0.14720.0436-0.02920.20450.0180.07290.2648-0.01660.2848-6.6295-8.933233.6577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain B
2X-RAY DIFFRACTION2chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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