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- PDB-8t09: Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t09
タイトルCo-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-ethynyl-2-hydroxy-1-naphthaldehyde)
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードCELL ADHESION / Complex / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation ...Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / regulation of cell junction assembly / endothelium development / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / negative regulation of endothelial cell migration / azurophil granule membrane / regulation of establishment of cell polarity / small GTPase-mediated signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of endothelial cell proliferation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / lipid droplet / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cell redox homeostasis / negative regulation of angiogenesis / cellular response to cAMP / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / G protein activity / angiogenesis / microtubule binding / cytoskeleton / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1 ankyrin-repeats domain / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / FERM central domain ...KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / KRIT1 ankyrin-repeats domain / KRIT1/FRMD8, FERM domain C-lobe / Ras-related protein Rap1 / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde / Krev interaction trapped protein 1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bruystens, J.G.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM130389 米国
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023
タイトル: Targeted Reversible Covalent Modification of a Noncatalytic Lysine of the Krev Interaction Trapped 1 Protein Enables Site-Directed Screening for Protein-Protein Interaction Inhibitors.
著者: Francisco, K.R. / Bruystens, J. / Varricchio, C. / McCurdy, S. / Wu, J. / Lopez-Ramirez, M.A. / Ginsberg, M. / Caffrey, C.R. / Brancale, A. / Gingras, A.R. / Hixon, M.S. / Ballatore, C.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krev interaction trapped protein 1
B: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7815
ポリマ－56,0382
非ポリマー7433
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.530, 77.922, 58.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.544, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Krev interaction trapped protein 1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 37017.926 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRIT1, CCM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00522
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61224, small monomeric GTPase

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非ポリマー , 4種, 58分子

#3: 化合物 ChemComp-XHZ / 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde


分子量: 196.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→58.7 Å / Num. obs: 28217 / % possible obs: 91.75 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.85
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.067 / Num. unique obs: 772

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→46.88 Å / SU ML: 0.2798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.0436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 1288 4.98 %
Rwork0.2005 24601 -
obs0.2029 25889 91.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3811 0 47 55 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55275355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6582532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.2906860.25351692X-RAY DIFFRACTION57.08
2.24-2.340.31791430.25762196X-RAY DIFFRACTION75.04
2.34-2.460.29231280.26082779X-RAY DIFFRACTION93.53
2.46-2.620.31281570.24432986X-RAY DIFFRACTION99.84
2.62-2.820.32891540.23942935X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.28871240.24353033X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.29631520.21392969X-RAY DIFFRACTION99.97
3.55-4.480.21261670.16242987X-RAY DIFFRACTION100
4.48-46.880.18911770.16193024X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.79908176189 Å / Origin y: 16.8663542912 Å / Origin z: 11.8831153354 Å
111213212223313233
T0.185282423541 Å20.00385688801083 Å2-0.0305503780796 Å2-0.143851811733 Å20.0185471719337 Å2--0.175648505388 Å2
L1.38906751259 °20.129893950741 °2-0.634980590155 °2-0.587284709784 °20.199006332824 °2--1.07695358112 °2
S-0.109580111629 Å °-0.0683840314641 Å °-0.156041812092 Å °-0.0369450597871 Å °0.0154080146701 Å °-0.0114396679441 Å °0.0936798264042 Å °-0.0498944884411 Å °-0.0107151317914 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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