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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8szy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Heterotrimeric Anti-TIGIT Fabs in complex with human TIGIT | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / PROTEIN BINDING / Antibody / TIGIT / PVR-Family | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Diong, S.J. / Lee, P.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biophysical characterization of PVR family interactions and therapeutic antibody recognition to TIGIT. 著者: Diong, S.J. / Jashnani, A. / Drake, A.W. / Bee, C. / Findeisen, F. / Dollinger, G. / Wang, F. / Rajpal, A. / Strop, P. / Lee, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 866.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 528.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 544.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 4種, 8分子 ACBDHILM
#1: 抗体 | 分子量: 24309.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24072.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 25870.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 23621.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 116分子 TU![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: タンパク質 | 分子量: 12483.785 Da / 分子数: 2 / Mutation: C69S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #6: 糖 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 1,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.306→108.856 Å / Num. obs: 65410 / % possible obs: 70.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.04 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.306→2.479 Å / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 0.854 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→45.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.5172330803 Å / Origin y: 39.7083482266 Å / Origin z: -26.4063142197 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |