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- PDB-8szy: Crystal Structure of Heterotrimeric Anti-TIGIT Fabs in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szy
タイトルCrystal Structure of Heterotrimeric Anti-TIGIT Fabs in complex with human TIGIT
要素
  • BMS-986207 Fab Heavy Chain
  • BMS-986207 light chain
  • CHA.9.543 Fab heavy chain
  • CHA.9.543 light chain
  • T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
キーワードIMMUNE SYSTEM / PROTEIN BINDING / Antibody / TIGIT / PVR-Family
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Diong, S.J. / Lee, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2023
タイトル: Biophysical characterization of PVR family interactions and therapeutic antibody recognition to TIGIT.
著者: Diong, S.J. / Jashnani, A. / Drake, A.W. / Bee, C. / Findeisen, F. / Dollinger, G. / Wang, F. / Rajpal, A. / Strop, P. / Lee, P.S.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHA.9.543 Fab heavy chain
B: CHA.9.543 light chain
H: BMS-986207 Fab Heavy Chain
L: BMS-986207 light chain
T: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
C: CHA.9.543 Fab heavy chain
D: CHA.9.543 light chain
I: BMS-986207 Fab Heavy Chain
M: BMS-986207 light chain
U: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,15812
ポリマ－220,71510
非ポリマー4422
水2,018112
1
A: CHA.9.543 Fab heavy chain
B: CHA.9.543 light chain
H: BMS-986207 Fab Heavy Chain
L: BMS-986207 light chain
T: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5796
ポリマ－110,3585
非ポリマー2211
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CHA.9.543 Fab heavy chain
D: CHA.9.543 light chain
I: BMS-986207 Fab Heavy Chain
M: BMS-986207 light chain
U: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5796
ポリマ－110,3585
非ポリマー2211
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.850, 216.910, 109.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

-
抗体 , 4種, 8分子 ACBDHILM

#1: 抗体 CHA.9.543 Fab heavy chain


分子量: 24309.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CHA.9.543 light chain


分子量: 24072.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 BMS-986207 Fab Heavy Chain


分子量: 25870.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 BMS-986207 light chain


分子量: 23621.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 116分子 TU

#5: タンパク質 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 12483.785 Da / 分子数: 2 / Mutation: C69S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q495A1
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 1,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.306→108.856 Å / Num. obs: 65410 / % possible obs: 70.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.04 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.306→2.479 Å / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 0.854

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
STARANISOデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→45.6 Å / SU ML: 0.3176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.0909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 3191 4.88 %
Rwork0.227 62187 -
obs0.229 65378 70.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14751 0 28 112 14891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004915147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.881320659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10082346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01442630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.09055351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.340.2633280.2909383X-RAY DIFFRACTION10.26
2.34-2.380.3883290.315517X-RAY DIFFRACTION13.5
2.38-2.420.3163330.3151662X-RAY DIFFRACTION17.12
2.42-2.460.3477480.3283976X-RAY DIFFRACTION25.64
2.46-2.50.3817790.32031285X-RAY DIFFRACTION33.93
2.5-2.550.3274760.31931692X-RAY DIFFRACTION43.01
2.55-2.60.34241090.32411913X-RAY DIFFRACTION50.94
2.6-2.660.39291190.31982184X-RAY DIFFRACTION56.92
2.66-2.720.35371490.31942493X-RAY DIFFRACTION64.96
2.72-2.790.32681370.31752812X-RAY DIFFRACTION73.52
2.79-2.860.33111560.30413021X-RAY DIFFRACTION77.45
2.86-2.950.32611830.30043369X-RAY DIFFRACTION89.43
2.95-3.040.3151840.29713801X-RAY DIFFRACTION97.24
3.04-3.150.34121860.29453804X-RAY DIFFRACTION99.58
3.15-3.280.31552050.28613893X-RAY DIFFRACTION99.56
3.28-3.430.32441850.25233772X-RAY DIFFRACTION99.12
3.43-3.610.2811790.22853814X-RAY DIFFRACTION98.69
3.61-3.830.28311520.21422940X-RAY DIFFRACTION75.58
3.83-4.130.24552020.19033740X-RAY DIFFRACTION97.6
4.13-4.550.2021870.15493750X-RAY DIFFRACTION96.8
4.55-5.20.18761710.14913766X-RAY DIFFRACTION97.09
5.2-6.550.21942060.17583809X-RAY DIFFRACTION98.36
6.55-45.60.19941880.19043791X-RAY DIFFRACTION97.31
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.5172330803 Å / Origin y: 39.7083482266 Å / Origin z: -26.4063142197 Å
111213212223313233
T0.0377147752385 Å20.0123720508454 Å2-0.00777820795839 Å2-0.121751130453 Å2-0.00976466635721 Å2--0.11618036816 Å2
L-0.00406046283219 °2-0.0269015134386 °2-0.0411445605458 °2-0.150143361703 °20.158191688689 °2--0.279974593236 °2
S-0.01028216234 Å °-0.00124123420841 Å °0.00464861116361 Å °-0.00142670602003 Å °0.0268035693408 Å °0.0156291612282 Å °-0.00563681411091 Å °-0.00966878573869 Å °-0.0157897420394 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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