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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8szx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of b'-WD40 Lys17Ala mutant | |||||||||
要素 | Coatomer subunit beta'コートマー | |||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / COPI (COPI) / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPI-coated vesicle membrane / membrane coat / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ゴルジ体 / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dey, D. / Hasan, S.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A single C-terminal residue controls SARS-CoV-2 spike trafficking and incorporation into VLPs. 著者: Dey, D. / Qing, E. / He, Y. / Chen, Y. / Jennings, B. / Cohn, W. / Singh, S. / Gakhar, L. / Schnicker, N.J. / Pierce, B.G. / Whitelegge, J.P. / Doray, B. / Orban, J. / Gallagher, T. / Hasan, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8szx.cif.gz | 261 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8szx.ent.gz | 196 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8szx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34322.629 Da / 分子数: 2 / 変異: K17A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: EC1118_1G1_1453g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8Z8B3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, PEG 19% 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.96 Å / Num. obs: 40138 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 16.08 Å2 / CC1/2: 0.955 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2931 / CC1/2: 0.683 / Χ2: 1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.96 Å / SU ML: 0.2292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.1685 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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