PDB-8sz2: Stx2A1 bound to P8 stalk peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sz2

タイトル

Stx2A1 bound to P8 stalk peptide

要素

P stalk peptide P8
Shiga-like toxin 2 subunit A

キーワード

TOXIN / Hydrolase / Shiga toxin catalytic subunit / P stalk peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated modulation of host virulence / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O104:H4 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

rudolph, M.J. / Li, X.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structure-Function Analysis of the A1 Subunit of Shiga Toxin 2 with Peptides That Target the P-Stalk Binding Site and Inhibit Activity.
著者: Li, X.P. / Rudolph, M.J. / Chen, Y. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2023年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sz2.cif.gz	214.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sz2.ent.gz	171.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8sz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8sz2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6x6hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (8) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Shiga-like toxin 2 subunit A

B: Shiga-like toxin 2 subunit A

P: P stalk peptide P8

Q: P stalk peptide P8

ヘテロ分子

58.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.349, 102.349, 92.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABPQ

#1: タンパク質	Shiga-like toxin 2 subunit A / SLT-2 A subunit / SLT-2a / SLT-IIa / Verocytotoxin 2 subunit A / Verotoxin 2 subunit A / rRNA N-glycosidase 2 分子量: 27995.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O104:H4 (大腸菌) / 遺伝子: stxA2, stx2A, L0103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09385, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質・ペプチド	P stalk peptide P8 分子量: 654.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

#1: タンパク質

Shiga-like toxin 2 subunit A / SLT-2 A subunit / SLT-2a / SLT-IIa / Verocytotoxin 2 subunit A / Verotoxin 2 subunit A / rRNA N-glycosidase 2

分子量: 27995.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli O104:H4 (大腸菌) / 遺伝子: stxA2, stx2A, L0103 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09385, rRNA N-glycosylase

#2: タンパク質・ペプチド

P stalk peptide P8

分子量: 654.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 194分子

#3: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 400 mM NaH2PO4 pH 4.9 and 30% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.212 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.218 / Χ²: 1.12 / Net I/σ(I): 4.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.01-2.07	18.5	2.996	1828	0.487	0.809	0.7	3.077	0.707	100
2.07-2.1	18.3	2.358	1810	0.567	0.851	0.554	2.423	0.723	100
2.1-2.14	18.2	2.085	1808	0.647	0.886	0.494	2.143	0.745	100
2.14-2.19	17.8	1.791	1816	0.762	0.93	0.43	1.842	0.764	100
2.19-2.23	16.6	1.47	1790	0.741	0.923	0.372	1.516	0.787	100
2.23-2.29	16.8	1.303	1834	0.802	0.943	0.326	1.343	0.818	100
2.29-2.34	18.2	1.053	1809	0.895	0.972	0.252	1.083	0.828	100
2.34-2.41	18	0.911	1811	0.913	0.977	0.219	0.937	0.86	100
2.41-2.48	20.1	0.741	1813	0.951	0.987	0.167	0.76	0.868	100
2.48-2.56	20.5	0.607	1812	0.964	0.991	0.136	0.622	0.927	100
2.56-2.65	20.5	0.503	1839	0.979	0.995	0.113	0.515	0.948	100
2.65-2.76	20.5	0.41	1807	0.983	0.996	0.092	0.421	1.018	100
2.76-2.88	20.5	0.331	1828	0.991	0.998	0.074	0.339	1.078	100
2.88-3.03	20.5	0.253	1816	0.993	0.998	0.057	0.26	1.123	100
3.03-3.22	20.5	0.189	1831	0.995	0.999	0.042	0.194	1.247	100
3.22-3.47	20.2	0.144	1819	0.997	0.999	0.033	0.147	1.477	100
3.47-3.82	19.3	0.111	1824	0.997	0.999	0.026	0.114	1.782	100
3.82-4.37	17.3	0.081	1832	0.998	1	0.02	0.083	2.08	100
4.37-5.51	20.4	0.067	1843	0.998	1	0.015	0.068	1.962	100
5.51-50	21.8	0.05	1882	0.999	1	0.011	0.051	1.436	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6H

6x6h

解像度: 2.01→23.22 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	1790	4.92 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1749	36390	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→23.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3840	0	65	181	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788	5429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.74	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.07	0.3728	88	0.273	2518	X-RAY DIFFRACTION	94
2.07-2.13	0.2901	133	0.2348	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2752	146	0.2224	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.28	0.2531	112	0.2122	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.37	0.2489	144	0.199	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.47	0.2613	165	0.1882	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.61	0.2375	116	0.1781	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.77	0.2091	132	0.1808	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.98	0.2188	133	0.1782	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.28	0.2156	155	0.1743	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.75	0.2195	151	0.156	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.72	0.1669	144	0.1347	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-23.22	0.1795	171	0.1686	2699	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2908	-0.4319	-0.3341	0.4319	0.2989	1.9	0.0228	-0.0071	0.4016	0.0787	0.0238	-0.1258	-0.0689	-0.0079	-0.0592	0.2297	-0.0294	-0.0277	0.1821	0.0147	0.2786	16.8671	41.434	-0.5446
2	3.8983	0.0529	-1.9681	3.1661	0.1145	8.9956	0.1247	-0.052	0.3457	0.1184	-0.2065	0.156	-0.9776	-1.0915	-0.0971	0.2526	0.0807	-0.0318	0.253	-0.0377	0.3919	2.9002	46.0291	0.9799
3	3.7265	0.3331	-1.6749	3.5427	1.0998	5.5883	0.17	-0.0045	-0.0021	0.2816	-0.0297	-0.6881	-0.1601	0.7268	-0.1522	0.2314	-0.0494	-0.038	0.2588	-0.0176	0.3239	25.8735	35.657	-7.6439
4	2.4587	0.6223	0.8759	2.6347	-0.5917	3.141	0.0298	0.263	-0.0933	-0.1034	0.1365	0.1546	0.2308	0.0267	-0.1809	0.1913	0.0295	-0.0186	0.2236	-0.0134	0.2148	15.0719	29.8051	-15.8139
5	7.4231	-1.9956	-0.7994	4.3309	-0.0233	2.0574	-0.0096	-0.5659	-0.3168	0.3413	0.0894	-0.0294	0.1687	0.0602	-0.0116	0.3432	-0.0353	-0.0498	0.2416	0.0449	0.2286	13.9856	28.3041	2.791
6	8.3107	-2.0659	-0.6097	6.2277	-0.1374	4.0156	-0.0034	-0.4707	0.0931	0.5978	0.1814	0.5912	-0.0828	-0.5711	-0.0819	0.2581	-0.0585	-0.0033	0.3902	0.0443	0.2776	-4.2265	33.9788	2.1479
7	7.1466	2.6951	0.0434	6.7079	0.5928	7.145	0.0598	-0.4514	-0.2023	0.5303	0.0494	0.1942	0.0347	-0.6712	-0.1717	0.182	0.0093	-0.0056	0.3218	0.0128	0.2529	-1.3195	34.8237	4.9881
8	5.85	2.3142	0.81	5.9815	-1.1402	4.9071	0.2762	-0.3455	0.2162	0.024	-0.1829	0.4098	0.0226	-0.3555	-0.1264	0.2021	0.0064	-0.0028	0.2067	-0.0092	0.1979	-27.5531	34.9058	-17.304
9	4.1472	-1.2283	-2.0946	4.7973	1.0984	8.3926	0.2485	0.3463	0.4552	-0.4629	0.0792	-0.2135	-0.5649	0.3987	-0.3883	0.2313	-0.0138	0.0251	0.2424	0.0393	0.3222	-15.5996	43.5343	-18.7015
10	3.7234	0.6994	0.2906	3.9366	-0.0082	4.0478	0.1064	-0.14	-0.0176	-0.1175	0.1035	0.6382	0.1796	-0.6643	-0.2251	0.1967	-0.0404	-0.0383	0.2857	0.0573	0.3014	-30.0724	29.2774	-8.5522
11	3.0866	-0.2297	0.6847	2.6104	-0.5556	3.3423	0.1907	-0.3426	-0.3458	0.0372	0.1039	0.2255	0.3674	-0.2208	-0.261	0.282	-0.0865	-0.0639	0.2665	0.0571	0.2777	-22.1399	22.1941	-2.502
12	4.394	0.6945	-0.0999	3.7448	-0.5301	4.3222	0.2296	0.4664	-0.0913	-0.3652	-0.0401	-0.1771	0.4631	0.325	-0.0671	0.2997	0.0695	-0.0153	0.2265	-0.0317	0.1649	-12.2824	29.4184	-20.7084
13	6.6223	-0.6597	-1.6803	3.5326	-0.1112	8.6336	0.0234	0.4465	-0.1827	-0.273	-0.2234	-0.247	0.1814	0.4402	-0.0832	0.2577	0.0287	0.0337	0.354	0.0255	0.234	-8.2033	34.3912	-23.3047
14	3.5147	-3.8768	-3.5786	7.5157	3.9644	3.6458	0.5039	0.3239	-0.2063	-0.5619	0.1202	-1.0389	-0.4932	0.5752	-0.6626	0.3854	-0.0607	-0.0038	0.3752	0.0222	0.495	12.9664	38.1025	11.948
15	5.4286	4.554	0.9239	3.8558	0.4925	2.4148	0.1412	-0.2201	0.3676	-0.3279	-0.0307	0.9587	-0.5901	-0.0208	-0.1073	0.4183	0.0325	-0.0571	0.359	-0.002	0.4608	-22.8373	33.3968	-30.272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 192 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 193 through 220 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 221 through 241 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 27 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 48 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 76 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 77 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 165 through 220 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 221 through 241 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'P' and (resid 6 through 11 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'Q' and (resid 6 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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