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- PDB-8syh: X-ray crystal structure of UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8syh
タイトルX-ray crystal structure of UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase from Thermus thermophilus strain HB27, D98N variant in the presence of UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid and UDP at pH 8
要素UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase
キーワードISOMERASE / lipopolysaccharide / O-antigen / 2-epimerase
機能・相同性UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / nucleotide binding / Chem-MJL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jast, J.D.T. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM134643 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural analysis of a bacterial UDP-sugar 2-epimerase reveals the active site architecture before and after catalysis.
著者: Thoden, J.B. / McKnight, J.O. / Kroft, C.W. / Jast, J.D.T. / Holden, H.M.
履歴
登録2023年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase
B: UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1928
ポリマ－83,9882
非ポリマー2,2046
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.788, 128.158, 58.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase


分子量: 41994.086 Da / 分子数: 2 / 変異: D98N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27 / 遺伝子: TT_C0285 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q72KY0
#2: 化合物 ChemComp-MJL / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,5-diacetamido-6-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid / UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-alpha-D-glucuronate / 5′-ウリジリルオキシ(ヒドロキシ)ホスフィニル2,3-ビス(アセチルアミノ)-2,3-ジデオキシ-α-D-グルコピラ(以下略)


分子量: 662.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N4O18P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein incubated with 5 mM UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid and 5 mM UDP. Precipitant used was 22-27% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM HEPPS (pH 8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 51464 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6828 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→40.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.044 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23393 2710 5.3 %RANDOM
Rwork0.18294 ---
obs0.18557 48754 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→40.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 138 297 6100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0125954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.6758102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5461.58413132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.517554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.276101008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6492.7992896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6442.7992896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9075.0213619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9065.0223620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3253.1463058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3163.1413051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1445.6054479
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5829.026762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.55528.876702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 183 -
Rwork0.348 3480 -
obs--96.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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