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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sxw | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of UDP- 2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase from Thermus thermophilus strain HB27, D98N mutation, apo structure at pH 6 | ||||||
![]() | UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / lipopolysaccharide / O-antigen / 2-epimerase | ||||||
機能・相同性 | UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kroft, C.W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of a bacterial UDP-sugar 2-epimerase reveals the active site architecture before and after catalysis. 著者: Thoden, J.B. / McKnight, J.O. / Kroft, C.W. / Jast, J.D.T. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 314.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 252.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41118.145 Da / 分子数: 4 / 変異: D98N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27 / 遺伝子: TT_C0285 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 18-22% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM MES (pH 6) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 139158 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 19632 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 89.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.849 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→41.72 Å
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拘束条件 |
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