[日本語] English
万見
- PDB-8sxp: Crystal structure of long neurotoxin from the venom of the king c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sxp
タイトルCrystal structure of long neurotoxin from the venom of the king cobra (3FTx-L15) in complex with Fab of broadly neutralizing antibody 95Mat5
要素
  • 95Mat5 Fab heavy chain
  • 95Mat5 Fab light chain
  • Long neurotoxin 2
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / snake toxin / antibody / TOXIN / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Ophiophagus hannah (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nguyen, T.K.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust221705 英国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024
タイトル: Synthetic development of a broadly neutralizing antibody against snake venom long-chain neurotoxins
著者: Khalek, I.S. / Senji Laxme, R.R. / Nguyen, Y.T.K. / Khochare, S. / Patel, R.N. / Woehl, J. / Smith, J.M. / Saye-Francisco, K. / Kim, Y. / Misson Mindrebo, L. / Tran, Q. / Kedzior, M. / Bore, ...著者: Khalek, I.S. / Senji Laxme, R.R. / Nguyen, Y.T.K. / Khochare, S. / Patel, R.N. / Woehl, J. / Smith, J.M. / Saye-Francisco, K. / Kim, Y. / Misson Mindrebo, L. / Tran, Q. / Kedzior, M. / Bore, E. / Limbo, O. / Verma, M. / Stanfield, R.L. / Menzies, S.K. / Ainsworth, S. / Harrison, R.A. / Burton, D.R. / Sok, D. / Wilson, I.A. / Casewell, N.R. / Sunagar, K. / Jardine, J.G.
履歴
登録2023年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 95Mat5 Fab light chain
C: Long neurotoxin 2
H: 95Mat5 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7093
ポリマ－54,7093
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.860, 42.443, 103.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 95Mat5 Fab light chain


分子量: 23175.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Long neurotoxin 2


分子量: 7325.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ophiophagus hannah (コブラ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01386
#3: 抗体 95Mat5 Fab heavy chain


分子量: 24208.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.75 / 詳細: 100mM sodium citrate pH 3.75, and 26% PEG6000 / PH範囲: 3-4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→60 Å / Num. obs: 10741 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 83.42 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.81
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique obs: 98 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.354 / Rsym value: 0.424

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000v721.1データスケーリング
HKL-2000v721.1データ削減
PHENIX1.19.2-4158-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→45.49 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 534 4.97 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.2638 10741 82.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3827 0 0 3 3830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8435341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.826548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.190.489580.40691261X-RAY DIFFRACTION41
3.19-3.650.39831490.32052760X-RAY DIFFRACTION91
3.65-4.60.32131720.2623037X-RAY DIFFRACTION98
4.6-45.490.28061550.23023149X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.3292 Å / Origin y: -8.9531 Å / Origin z: 23.9739 Å
111213212223313233
T0.3018 Å2-0.0451 Å2-0.0878 Å2-0.2749 Å20.0293 Å2--0.2699 Å2
L2.0026 °20.6982 °2-0.9114 °2-2.1039 °2-0.19 °2--2.1467 °2
S0.0442 Å °-0.0676 Å °-0.0495 Å °-0.1272 Å °-0.0347 Å °0.1882 Å °0.1064 Å °-0.2203 Å °0.0028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る