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万見
- PDB-8sxg: The C-terminal protease CtpA-LbcA complex of pseudomonas aerugino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sxg
タイトルThe C-terminal protease CtpA-LbcA complex of pseudomonas aeruginosa with the TPR at the low position
要素
  • Probable carboxyl-terminal protease
  • TPR repeat-containing protein PA4667
  • unidentified peptide
キーワードHYDROLASE / CtpA / LbcA / C-terminal protease / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope organization / cell wall biogenesis / protein secretion by the type III secretion system / cell envelope / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / signal transduction / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Activating protease CtpB N-terminal domain / : / C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat ...: / Activating protease CtpB N-terminal domain / : / C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / ClpP/crotonase-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TPR repeat-containing protein PA4667 / Probable carboxyl-terminal protease
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å
データ登録者Hsu, H.-C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136901 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: P. aeruginosa CtpA protease adopts a novel activation mechanism to initiate the proteolytic process.
著者: Hao-Chi Hsu / Michelle Wang / Amanda Kovach / Andrew J Darwin / Huilin Li /
要旨: During bacterial cell growth, hydrolases cleave peptide cross-links between strands of the peptidoglycan sacculus to allow new strand insertion. The Pseudomonas aeruginosa carboxyl-terminal ...During bacterial cell growth, hydrolases cleave peptide cross-links between strands of the peptidoglycan sacculus to allow new strand insertion. The Pseudomonas aeruginosa carboxyl-terminal processing protease (CTP) CtpA regulates some of these hydrolases by degrading them. CtpA assembles as an inactive hexamer composed of a trimer-of-dimers, but its lipoprotein binding partner LbcA activates CtpA by an unknown mechanism. Here, we report the cryo-EM structures of the CtpA-LbcA complex. LbcA has an N-terminal adaptor domain that binds to CtpA, and a C-terminal superhelical tetratricopeptide repeat domain. One LbcA molecule attaches to each of the three vertices of a CtpA hexamer. LbcA triggers relocation of the CtpA PDZ domain, remodeling of the substrate binding pocket, and realignment of the catalytic residues. Surprisingly, only one CtpA molecule in a CtpA dimer is activated upon LbcA binding. Also, a long loop from one CtpA dimer inserts into a neighboring dimer to facilitate the proteolytic activity. This work has revealed an activation mechanism for a bacterial CTP that is strikingly different from other CTPs that have been characterized structurally.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable carboxyl-terminal protease
B: Probable carboxyl-terminal protease
C: TPR repeat-containing protein PA4667
D: unidentified peptide
E: Probable carboxyl-terminal protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0325
ポリマ－191,0325
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Probable carboxyl-terminal protease


分子量: 42920.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5134 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HU50
#2: タンパク質 TPR repeat-containing protein PA4667


分子量: 61742.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA4667 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42810
#3: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: confromation B of CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pET15b, pCDF
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2100 mMKClKCl1
35 mMMgCl2MgCl21
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26257
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.8粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9cryoSPARC2.8初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.8最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.8分類
12cryoSPARC2.8３次元再構成
13PHENIX4788モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2090314
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 623456 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 165.5 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17RQH

7rqh

17RQH1PDBexperimental model
27RQF

7rqf

17RQF2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00222965
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50741637
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.8023563
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381771
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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