PDB-8sx1: PARP4 catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sx1

タイトル

PARP4 catalytic domain

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

キーワード

TRANSFERASE / PARP family / ADP-ribosyltransferase / marylation / vault

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Frigon, L. / Pascal, J.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical analysis of the PARP1-homology region of PARP4/vault PARP.
著者: Frigon, L. / Pascal, J.M.

履歴

登録	2023年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

C: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

D: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

E: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

F: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

G: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

H: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

298 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

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2

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

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3

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4

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5

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6

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7

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8

H: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.577, 71.579, 163.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4 / 193 kDa vault protein / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 4 / ARTD4 / PARP- ...193 kDa vault protein / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 4 / ARTD4 / PARP-related/IalphaI-related H5/proline-rich / PH5P / Poly [ADP-ribose] polymerase 4 / PARP-4 / Vault poly(ADP-ribose) polymerase / VPARP 分子量: 37259.855 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP4, ADPRTL1, KIAA0177, PARPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UKK3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4 / 193 kDa vault protein / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 4 / ARTD4 / PARP- ...

分子量: 37259.855 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP4, ADPRTL1, KIAA0177, PARPL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UKK3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.2→47.07 Å / Num. obs: 40403 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.183 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 4.2→4.54 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Num. measured all: 20184 / Num. unique obs: 4357 / CC_1/2: 0.687 / R_pim(I) all: 0.406 / R_rim(I) all: 0.891 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.2→47.07 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 41.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3312	2026	5.01 %
R_work	0.2773	-	-
obs	0.2801	40403	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.2→47.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19488	0	0	3	19491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	19790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	26708
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.401	7528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	3138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.2-4.3	0.441	133	0.3529	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
4.31-4.42	0.3849	120	0.336	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
4.42-4.55	0.3239	126	0.297	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
4.55-4.7	0.3432	168	0.2796	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-4.87	0.3023	128	0.2885	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
4.87-5.06	0.3633	141	0.2779	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
5.06-5.29	0.3624	136	0.289	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
5.29-5.57	0.3619	163	0.3002	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
5.57-5.92	0.3519	176	0.2922	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
5.92-6.37	0.3533	137	0.3136	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-7.01	0.3609	134	0.2992	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
7.01-8.02	0.3815	149	0.2959	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
8.02-10.09	0.2945	167	0.2254	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
10.09-47.07	0.2673	148	0.2327	2637	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4084	-0.1838	0.2373	0.3236	-0.6637	1.2638	-0.6309	-0.2706	0.1326	0.966	0.1287	-0.068	0.3774	0.3095	-5.6449	1.0541	0.2141	0.1973	1.77	-0.3359	-0.4433	9.7202	14.4172	102.7659
2	0.2734	0.9067	-0.7838	4.1032	-2.1231	8.1598	0.2028	-0.157	0.9574	-0.3445	-0.3426	-0.166	-0.0815	-0.4734	-0.0814	1.0155	-0.0133	0.2079	1.0833	-0.1353	1.2287	36.9282	15.333	57.1318
3	5.5828	-1.2539	0.8977	8.7242	-3.1203	7.4531	0.5627	0.3743	0.6235	0.2292	-1.0481	-1.1395	0.1475	-0.7407	0.2215	1.0285	-0.0456	0.1176	1.3503	-0.334	0.6252	-24.4243	14.467	57.2608
4	5.4543	-0.2266	-2.5931	7.4968	-4.8047	7.8488	0.749	0.5507	-1.008	0.4189	-1.2252	0.6133	-0.6028	-0.0416	0.6772	1.3087	0.2633	0.0166	1.4584	-0.2996	1.1795	-4.7917	13.9466	23.4512
5	0.1598	0.0781	0.4879	1.6592	-1.5257	2.5761	-0.2473	-0.0975	0.0113	-0.1356	0.6471	-0.0299	-0.3828	-0.495	0.2759	0.8537	0.0645	0.6039	1.4726	-0.3202	0.8275	17.6596	18.7059	13.6929
6	2.5001	1.5077	0.0287	3.0388	-3.5312	5.6575	0.3112	0.7616	0.1535	0.5903	0.4073	0.1607	0.0296	-0.7723	-0.8258	1.0286	0.1234	-0.047	1.6601	-0.0343	0.2535	57.0804	13.4451	23.0761
7	0.1012	-0.4939	0.7057	4.4227	-4.4601	5.2613	0.8057	0.7513	0.2899	0.2401	-0.4518	-0.4045	-0.1554	1.4807	0.4738	0.5837	0.0955	0.0409	1.0732	-0.044	0.6179	80.1921	18.3094	15.093
8	5.3919	0.2528	1.5801	6.3675	3.7743	4.9543	-0.8795	1.3958	-0.3342	-0.5165	0.0637	0.3821	0.4631	0.7676	-0.0097	1.1504	-0.3379	-0.1901	1.159	0.3881	0.8979	17.2222	49.2011	60.9478
9	6.1305	-1.8032	1.0234	7.8651	0.9805	1.1375	0.2626	-0.1379	-0.199	0.2907	-0.9373	0.3429	0.1689	0.4149	0.5081	1.2315	-0.2176	-0.2696	2.1402	0.0848	1.6746	36.8063	50.8674	20.5163
10	5.4353	-0.1	-0.6971	6.4991	-3.3067	8.1617	-0.5319	0.947	0.6467	-0.6452	-0.0876	1.3527	-0.1314	0.6075	0.1632	1.3459	-0.2452	-0.2604	2.0236	-0.3243	1.2397	26.7275	14.6021	-21.7715
11	3.4733	0.3101	-2.3418	3.8053	-4.4885	6.1006	-0.1322	0.8725	-0.9095	0.2519	-0.1691	-0.5183	0.0602	-0.1151	0.6438	1.182	-0.3545	-0.3949	0.6342	-0.1936	1.0782	-1.9358	9.2225	65.3336
12	4.5671	-0.9864	0.557	2.5841	-2.5609	2.513	-0.1359	1.7629	0.4162	0.4063	-0.1758	-0.5525	0.4505	0.0535	0.5446	1.7554	0.1737	0.1489	1.0421	-0.0114	2.6515	60.4978	10.1768	63.3026
13	3.8599	-3.204	5.6792	2.4905	-4.4422	7.8662	1.0359	0.8714	1.067	-0.3845	-0.4824	-0.3629	1.2996	0.7685	0.3105	1.1572	0.1363	0.2006	1.2187	0.1494	1.5243	31.0895	17.6278	89.8642
14	0.962	-0.3239	0.3565	2.4994	4.0811	6.6518	0.1347	-0.1722	1.2619	0.748	0.0182	-1.0794	-0.4768	-0.8764	-0.1871	1.2867	-0.1252	-0.2408	0.9479	0.1842	1.8282	-4.7237	52.9515	70.9507
15	0.3054	-1.0965	-0.6731	3.4174	2.9534	4.958	-0.3054	-0.5467	-1.0667	0.2802	-0.0154	0.8994	0.8245	-1.2976	0.1784	1.3281	0.3559	-0.1832	2.3785	-0.0358	1.766	14.2461	46.7895	10.3511
16	2.4558	-0.0512	-1.7495	1.2567	-0.2651	1.3089	0.0546	0.8442	-1.1537	0.6296	0.1847	0.3889	0.3172	-0.3786	0.3076	0.8683	-0.2868	-0.3352	1.342	0.1234	0.7464	49.5952	10.6453	-11.0313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'E' and resid 369 through 568)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'D' and resid 369 through 568)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 369 through 568)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'A' and resid 369 through 568)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'A' and resid 242 through 361)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'B' and resid 369 through 568)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'B' and resid 242 through 361)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'F' and resid 369 through 568)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'G' and resid 369 through 568)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'H' and resid 369 through 568)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'C' and resid 242 through 361)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'D' and resid 242 through 361)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain 'E' and resid 242 through 361)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain 'F' and resid 242 through 361)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain 'G' and resid 242 through 361)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain 'H' and resid 242 through 361)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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