PDB-8swt: Structure of Bacteroides fragilis PNP bound to transition state a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8swt

タイトル

Structure of Bacteroides fragilis PNP bound to transition state analog IMMUCILLIN H and sulfate

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PENTOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Fedorov, E. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM041916	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA013330	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Phosphate Binding in PNP Alters Transition-State Analogue Affinity and Subunit Cooperativity.
著者: Minnow, Y.V.T. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.

履歴

登録	2023年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8swt.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8swt.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8swt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8swpC 8swqC 8swrC 8swsC 8swuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200
98.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

B: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

B: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.424, 79.424, 166.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-650- HOH
2	1	B-613- HOH
3	1	B-642- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase 分子量: 32605.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) 遺伝子: punA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pRIL / 参照: UniProt: Q5LAA3
#2: 化合物	ChemComp-IMH / 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL / Forodesine / Immucillin H / インムシリンH 分子量: 266.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% (w/v) PEG 8,000, 0.2 M Magnesium acetate and 0.1 M Sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→19.9 Å / Num. obs: 67700 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 642801
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. measured all: 30423 / Num. unique obs: 3444 / CC_1/2: 0.951 / R_pim(I) all: 0.162 / R_rim(I) all: 0.484 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 5.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→19.9 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	3338	4.93 %
R_work	0.1471	-	-
obs	0.1485	67654	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4272	0	48	495	4815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.733
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.771	595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.68	0.2121	146	0.1513	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.1943	118	0.1456	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.1837	150	0.1404	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.1587	146	0.1375	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.1904	138	0.1364	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1651	159	0.137	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.1977	169	0.1419	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.1907	126	0.1478	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.2181	85	0.1445	1835	X-RAY DIFFRACTION	66
1.94-1.99	0.1821	148	0.1536	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2345	143	0.1486	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.1744	121	0.1405	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.1559	143	0.1372	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.1759	129	0.146	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.1954	112	0.147	1727	X-RAY DIFFRACTION	64
2.3-2.39	0.1692	138	0.151	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.5	0.2232	121	0.1593	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.63	0.1931	142	0.1648	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.181	148	0.1654	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.1874	139	0.1557	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.1624	153	0.1514	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.79	0.1365	153	0.143	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.76	0.1403	177	0.1273	2591	X-RAY DIFFRACTION	95
4.77-19.9	0.1773	134	0.1506	2824	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.81	0.1436	-0.2728	0.8345	-0.3389	1.2313	0.0157	0.0863	0.0205	-0.0376	-0.0171	0.0358	-0.1361	-0.1164	-0.0118	0.1176	0.0111	-0.0179	0.098	0.0025	0.1075	-11.4133	-19.7365	-11.5518
2	0.45	0.3197	-0.8468	1.7231	-1.142	2.8744	0.0121	0.0428	0.1005	-0.0033	0.1328	0.144	0.1165	-0.1998	-0.1365	0.0988	0.0044	-0.0145	0.1273	0.0086	0.1301	-16.0333	-29.9276	-11.7587
3	0.5099	0.0214	-0.0793	0.5833	-0.1777	0.7494	0.0064	-0.0378	0.0503	0.0296	0.0054	0.0154	-0.0976	-0.0493	-0.0086	0.0701	0.009	-0.0062	0.0524	-0.0101	0.0663	-9.2982	-28.4624	3.9202
4	1.7042	-0.2209	-0.4513	0.5113	0.2688	1.913	-0.003	-0.1351	0.1145	0.0137	-0.0249	0.0246	-0.1123	-0.0625	0.0246	0.1026	0.0128	-0.0097	0.1038	-0.0261	0.1226	-9.251	-18.8695	56.0096
5	0.798	-0.6725	-0.8046	0.8677	0.2776	2.2688	0.0544	-0.0092	0.0953	-0.0777	0.043	-0.0425	0	0.1583	-0.0898	0.1156	-0.0146	0.0001	0.128	-0.0224	0.1335	1.1082	-23.5073	56.0492
6	0.6769	0.0122	-0.0809	0.7653	-0.0246	0.9759	-0.0152	0.0053	0.0784	-0.0062	0.0066	0.0389	-0.1375	-0.0495	0.0024	0.0651	0.0115	-0.011	0.0469	-0.0022	0.0787	-5.7627	-24.8322	44.9468
7	1.3126	0.1561	-0.2648	1.1473	-0.1033	0.718	-0.0011	-0.0378	0.0452	-0.0315	-0.0027	0.0729	-0.0072	-0.0508	0.0078	0.073	0.0066	0.0011	0.045	-0.0075	0.0754	-14.7846	-37.7261	46.6081
8	0.4776	-0.0932	-0.0684	0.6251	-0.0476	0.8005	-0.0016	0.0484	0.07	-0.0475	0.009	0.0164	-0.1555	-0.0236	-0.0038	0.0881	0.0051	-0.009	0.0526	0.0058	0.0676	-2.0725	-25.3317	35.6864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 51 through 64 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 65 through 136 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 137 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 162 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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