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Yorodumi- PDB-8swq: Structure of K. lactis PNP bound to transition state analog DADMe... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8swq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of K. lactis PNP bound to transition state analog DADMe-IMMUCILLIN H and sulfate | |||||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / PENTOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationnucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (yeast) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.979 Å | |||||||||
Authors | Fedorov, E. / Ghosh, A. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023Title: Phosphate Binding in PNP Alters Transition-State Analogue Affinity and Subunit Cooperativity. Authors: Minnow, Y.V.T. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8swq.cif.gz | 655.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8swq.ent.gz | 541.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8swq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8swq_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8swq_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8swq_validation.xml.gz | 66.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 8swq_validation.cif.gz | 93.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8swpC ![]() 8swrC ![]() 8swsC ![]() 8swtC ![]() 8swuC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 33729.617 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (yeast)Gene: KLLA0_C16621g / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-DIH / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.51 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M Ammonium sulphate and 0.11 M BIS-TRIS PH range: 5.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.979→30 Å / Num. obs: 126431 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.979→26.367 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.81 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.979→26.367 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (yeast)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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