[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8swt: Structure of Bacteroides fragilis PNP bound to transition state a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8swt | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Bacteroides fragilis PNP bound to transition state analog IMMUCILLIN H and sulfate | |||||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / PENTOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacteroides fragilis NCTC 9343 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.66 Å | |||||||||
Authors | Fedorov, E. / Ghosh, A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Phosphate Binding in PNP Alters Transition-State Analogue Affinity and Subunit Cooperativity. Authors: Minnow, Y.V.T. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8swt.cif.gz | 234 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8swt.ent.gz | 185.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8swt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8swt_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8swt_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 8swt_validation.xml.gz | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8swt_validation.cif.gz | 40.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8swpC 8swqC 8swrC 8swsC 8swuC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32605.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (bacteria) Gene: punA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): pRIL / References: UniProt: Q5LAA3 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.03 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20% (w/v) PEG 8,000, 0.2 M Magnesium acetate and 0.1 M Sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.66→19.9 Å / Num. obs: 67700 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 9.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 642801 |
Reflection shell | Resolution: 1.66→1.69 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. measured all: 30423 / Num. unique obs: 3444 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.162 / Rrim(I) all: 0.484 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 5.7 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.66→19.9 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.13 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.66→19.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|