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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8swh | |||||||||
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タイトル | Local refinement of SARS-CoV-2 (HP-GSAS-Mut7) spike NTD in complex with TXG-0078 Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike / COVID / monoclonal antibody / complex / NTD / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Bangaru, B. / Ward, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Deep repertoire mining uncovers ultra-broad coronavirus neutralizing antibodies targeting multiple spike epitopes. 著者: Jonathan Hurtado / Thomas F Rogers / David B Jaffe / Bruce A Adams / Sandhya Bangaru / Elijah Garcia / Tazio Capozzola / Terrence Messmer / Pragati Sharma / Ge Song / Nathan Beutler / Wanting ...著者: Jonathan Hurtado / Thomas F Rogers / David B Jaffe / Bruce A Adams / Sandhya Bangaru / Elijah Garcia / Tazio Capozzola / Terrence Messmer / Pragati Sharma / Ge Song / Nathan Beutler / Wanting He / Katharina Dueker / Rami Musharrafieh / Sarah Burbach / Alina Truong / Michael J T Stubbington / Dennis R Burton / Raiees Andrabi / Andrew B Ward / Wyatt J McDonnell / Bryan Briney / 要旨: The development of vaccines and therapeutics that are broadly effective against known and emergent coronaviruses is an urgent priority. We screened the circulating B cell repertoires of COVID-19 ...The development of vaccines and therapeutics that are broadly effective against known and emergent coronaviruses is an urgent priority. We screened the circulating B cell repertoires of COVID-19 survivors and vaccinees to isolate over 9,000 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-specific monoclonal antibodies (mAbs), providing an expansive view of the SARS-CoV-2-specific Ab repertoire. Among the recovered antibodies was TXG-0078, an N-terminal domain (NTD)-specific neutralizing mAb that recognizes diverse alpha- and beta-coronaviruses. TXG-0078 achieves its exceptional binding breadth while utilizing the same VH1-24 variable gene signature and heavy-chain-dominant binding pattern seen in other NTD-supersite-specific neutralizing Abs with much narrower specificity. We also report CC24.2, a pan-sarbecovirus neutralizing antibody that targets a unique receptor-binding domain (RBD) epitope and shows similar neutralization potency against all tested SARS-CoV-2 variants, including BQ.1.1 and XBB.1.5. A cocktail of TXG-0078 and CC24.2 shows protection in vivo, suggesting their potential use in variant-resistant therapeutic Ab cocktails and as templates for pan-coronavirus vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8swh.cif.gz | 126 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8swh.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8swh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8swh_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8swh_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8swh_validation.xml.gz | 39.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8swh_validation.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40814MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141328.359 Da / 分子数: 1 変異: R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 16115.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK Expi293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
#3: 抗体 | 分子量: 14484.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK Expi293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of SARS-CoV-2(HP-GSAS-Mut7) spike in complex with TXG-0078 Fab- Local refinement タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F cells | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1X TBS | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The spike protein was incubated with a 3-fold molar excess of TXG-0078 Fab for 30 minutes and mixed with 0.04 mM Lauryl maltose neopentyl glycol solution immediately prior to sample deposition. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 190000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4257 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 38 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188799 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL 詳細: Initial fitting in chimera followed by relaxing in Coot | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7c2l Accession code: 7c2l / Source name: PDB / タイプ: experimental model |