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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8swf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NLRP3 open octamer | ||||||
要素 | NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Activated NLRP3 / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of type 2 immune response ...small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of type 2 immune response / osmosensory signaling pathway / peptidoglycan binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / pattern recognition receptor signaling pathway / microtubule organizing center / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-4 production / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / protein maturation / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to virus / Metalloprotease DUBs / ADP binding / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, X. / Matico, R.E. / Miller, R. / Schoubroeck, B.V. / Grauwen, K. / Suarez, J. / Pietrak, B. / Haloi, N. / Yin, Y. / Tresadern, G.J. ...Yu, X. / Matico, R.E. / Miller, R. / Schoubroeck, B.V. / Grauwen, K. / Suarez, J. / Pietrak, B. / Haloi, N. / Yin, Y. / Tresadern, G.J. / Perez-Benito, L. / Lindahl, E. / Bottelbergs, A. / Oehlrich, D. / Opdenbosch, N.V. / Sharma, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of NLRP3 reveal its self-activation mechanism 著者: Yu, X. / Matico, R.E. / Miller, R. / Schoubroeck, B.V. / Grauwen, K. / Suarez, J. / Pietrak, B. / Haloi, N. / Yin, Y. / Tresadern, G.J. / Perez-Benito, L. / Lindahl, E. / Bottelbergs, A. / ...著者: Yu, X. / Matico, R.E. / Miller, R. / Schoubroeck, B.V. / Grauwen, K. / Suarez, J. / Pietrak, B. / Haloi, N. / Yin, Y. / Tresadern, G.J. / Perez-Benito, L. / Lindahl, E. / Bottelbergs, A. / Oehlrich, D. / Opdenbosch, N.V. / Sharma, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8swf.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8swf.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8swf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40811MC 8swkC 8sxnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103675.742 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96P20, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NLRP3 open octamer complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 466664 / 対称性のタイプ: POINT |