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- PDB-8swe: FGFR2 Kinase Domain Bound to Reversible Inhibitor Cmpd 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8swe
タイトルFGFR2 Kinase Domain Bound to Reversible Inhibitor Cmpd 3
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードONCOPROTEIN / Inhibitor Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADP-reducing hydrogenase subunit HndA / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / : / NADH-quinone oxidoreductase, E subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Valverde, R. / Foster, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Discovery of lirafugratinib (RLY-4008), a highly selective irreversible small-molecule inhibitor of FGFR2.
著者: Schonherr, H. / Ayaz, P. / Taylor, A.M. / Casaletto, J.B. / Toure, B.B. / Moustakas, D.T. / Hudson, B.M. / Valverde, R. / Zhao, S. / O'Hearn, P.J. / Foster, L. / Sharon, D.A. / Garfinkle, S. ...著者: Schonherr, H. / Ayaz, P. / Taylor, A.M. / Casaletto, J.B. / Toure, B.B. / Moustakas, D.T. / Hudson, B.M. / Valverde, R. / Zhao, S. / O'Hearn, P.J. / Foster, L. / Sharon, D.A. / Garfinkle, S. / Giordanetto, F. / Lescarbeau, A. / Kurukulasuriya, R. / Gerami-Moayed, N. / Maglic, D. / Bruderek, K. / Naik, G. / Gunaydin, H. / Mader, M.M. / Boezio, A.A. / McLean, T.H. / Chen, R. / Wang, Y. / Shaw, D.E. / Watters, J. / Bergstrom, D.A.
履歴
登録2023年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7189
ポリマ－72,2432
非ポリマー1,4757
水2,756153
1
A: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9204
ポリマ－36,1221
非ポリマー7993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7975
ポリマ－36,1221
非ポリマー6764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.460, 117.130, 64.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 36121.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-WXQ / N-{4-[4-amino-5-(4-methoxyphenyl)-7-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl}prop-2-enamide


分子量: 399.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27 % PEG 4000, 0.1 M Hepes pH7.5, 0.252 M Ammonium Sulfate, 0.05 M GSH GSSG
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→78.37 Å / Num. obs: 38979 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 37.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.23→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 7553 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RI1

3ri1


解像度: 2.24→78.37 Å / SU ML: 0.3321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1173 3.01 %
Rwork0.2112 37806 -
obs0.2124 38979 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→78.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4577 0 104 153 4834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71596468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5417658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.340.42081330.40174314X-RAY DIFFRACTION91.86
2.34-2.470.34271450.29984687X-RAY DIFFRACTION99.98
2.47-2.620.32761470.26044725X-RAY DIFFRACTION99.98
2.62-2.820.31261470.23334736X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-3.110.27991480.24054746X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.22881470.19654761X-RAY DIFFRACTION99.98
3.56-4.480.21551500.16944815X-RAY DIFFRACTION99.9
4.48-78.370.20391560.18215022X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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