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- PDB-8swa: Crystal structure of the human S-adenosylmethionine synthetase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8swa
タイトルCrystal structure of the human S-adenosylmethionine synthetase 1 in complex with SAM and PPNP
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
キーワードTRANSFERASE / Complex / 1-carbon / SAM
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective MAT1A causes MATD / methionine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / methionine adenosyltransferase complex / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process ...Defective MAT1A causes MATD / methionine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / methionine adenosyltransferase complex / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / protein homotetramerization / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (DIPHOSPHONO)AMINOPHOSPHONIC ACID / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Bruemmer, K.J. / Pham, V.N. / Toh, J.D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Formaldehyde regulates S -adenosylmethionine biosynthesis and one-carbon metabolism.
著者: Pham, V.N. / Bruemmer, K.J. / Toh, J.D.W. / Ge, E.J. / Tenney, L. / Ward, C.C. / Dingler, F.A. / Millington, C.L. / Garcia-Prieto, C.A. / Pulos-Holmes, M.C. / Ingolia, N.T. / Pontel, L.B. / ...著者: Pham, V.N. / Bruemmer, K.J. / Toh, J.D.W. / Ge, E.J. / Tenney, L. / Ward, C.C. / Dingler, F.A. / Millington, C.L. / Garcia-Prieto, C.A. / Pulos-Holmes, M.C. / Ingolia, N.T. / Pontel, L.B. / Esteller, M. / Patel, K.J. / Nomura, D.K. / Chang, C.J.
履歴
登録2023年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5806
ポリマ－44,8371
非ポリマー7435
水4,161231
1
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,16012
ポリマ－89,6742
非ポリマー1,48610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.698, 100.421, 122.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-735-

HOH

21A-783-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase isoform type-1 / AdoMet synthase 1 / Methionine adenosyltransferase 1 / MAT 1 / Methionine adenosyltransferase I/III ...AdoMet synthase 1 / Methionine adenosyltransferase 1 / MAT 1 / Methionine adenosyltransferase I/III / MAT-I/III


分子量: 44837.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT1A, AMS1, MATA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00266, methionine adenosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-PPK / (DIPHOSPHONO)AMINOPHOSPHONIC ACID


分子量: 256.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H6NO9P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: human N16-MAT1A protein (6 mg/mL), 1 mM MgCl2, 5 mM KCl, 1 mM adenylyl-imidodiphosphate (AMP-PNP) and 1 mM L-Methionine was mixed with 60 to 75% 2-methyl-2,4-pentadiol (MPD) diluted with 100 ...詳細: human N16-MAT1A protein (6 mg/mL), 1 mM MgCl2, 5 mM KCl, 1 mM adenylyl-imidodiphosphate (AMP-PNP) and 1 mM L-Methionine was mixed with 60 to 75% 2-methyl-2,4-pentadiol (MPD) diluted with 100 mM HEPES pH 7-8 (Hampton) in 2:1 or 1:1 volume ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 26118 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.214 / Χ2: 2.012 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0311.50.80113130.9150.2420.8380.549100
2.03-2.0712.30.80312620.910.2310.8361.47899.8
2.07-2.1112.80.73412840.9290.210.7640.69100
2.11-2.1513.60.64212770.9580.1780.6670.62699.8
2.15-2.214.10.58312980.9520.1590.6040.76799.9
2.2-2.2514.60.56213020.9680.1520.5821.301100
2.25-2.3114.60.4712920.9730.1270.4870.795100
2.31-2.3714.60.42112810.9730.1130.4370.833100
2.37-2.4414.70.3612940.9780.0960.3720.881100
2.44-2.5214.60.35412850.9760.0950.3671.071100
2.52-2.6114.70.28912880.9760.0780.2990.978100
2.61-2.7114.70.24213120.9880.0650.2511.26100
2.71-2.8414.60.20513110.9890.0550.2121.36100
2.84-2.9914.60.17812900.9910.0480.1851.679100
2.99-3.1714.60.15913060.9910.0430.1652.241100
3.17-3.4214.50.14413130.9920.0390.153.417100
3.42-3.7614.40.12513080.9950.0340.1294.355100
3.76-4.3114.10.10913330.9970.0310.1135.133100
4.31-5.4314.30.08113510.9970.0220.0844.229100
5.43-5013.70.06414180.9960.0180.0675.736100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2obv

2obv


解像度: 1.999→38.861 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 1999 7.66 %
Rwork0.1434 24114 -
obs0.1472 26113 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.58 Å2 / Biso mean: 18.1958 Å2 / Biso min: 5.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→38.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 43 231 3206
Biso mean--18.69 27.52 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9334162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5522514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.999-2.0490.2321330.1694160495
2.049-2.10440.2191410.14991707100
2.1044-2.16630.19741400.14651685100
2.1663-2.23620.17721430.1431724100
2.2362-2.31610.2281420.13741705100
2.3161-2.40890.19551420.13951723100
2.4089-2.51850.19871420.14731697100
2.5185-2.65120.18371430.14461735100
2.6512-2.81730.19961420.14441706100
2.8173-3.03470.20861440.14271740100
3.0347-3.340.18791430.13951725100
3.34-3.82290.16571450.13121747100
3.8229-4.81510.19771450.13021769100
4.8151-38.860.18091540.16361847100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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