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- PDB-8sw8: Crystal Structure of HaloTag7 bound to JF669-HaloTag ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sw8
タイトルCrystal Structure of HaloTag7 bound to JF669-HaloTag ligand
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / HaloTag / Self-Labeling Protein / Fluorescent Dye
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Farrants, H. / Schreiter, E.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2024
タイトル: A modular chemigenetic calcium indicator for multiplexed in vivo functional imaging.
著者: Farrants, H. / Shuai, Y. / Lemon, W.C. / Monroy Hernandez, C. / Zhang, D. / Yang, S. / Patel, R. / Qiao, G. / Frei, M.S. / Plutkis, S.E. / Grimm, J.B. / Hanson, T.L. / Tomaska, F. / Turner, G. ...著者: Farrants, H. / Shuai, Y. / Lemon, W.C. / Monroy Hernandez, C. / Zhang, D. / Yang, S. / Patel, R. / Qiao, G. / Frei, M.S. / Plutkis, S.E. / Grimm, J.B. / Hanson, T.L. / Tomaska, F. / Turner, G.C. / Stringer, C. / Keller, P.J. / Beyene, A.G. / Chen, Y. / Liang, Y. / Lavis, L.D. / Schreiter, E.R.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2893
ポリマ－34,5301
非ポリマー7582
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.741, 62.741, 163.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 34530.367 Da / 分子数: 1 / 変異: HaloTag7 engineered mutations / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Bound to synthetic fluorescent dye JF669-HaloTag ligand
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (in: high G+C Gram-positive bacteria) (バクテリア)
遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-XSR / 1-[(4aM,10P)-7-(azetidin-1-yl)-10-[2-carboxy-3,4,6-trifluoro-5-({2-[2-(hexyloxy)ethoxy]ethyl}carbamoyl)phenyl]-5,5-dimethyldibenzo[b,e]silin-3(5H)-ylidene]azetidin-1-ium


分子量: 722.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H47F3N3O5Si / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M TRIS pH 8.5, 50% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0006 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月22日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58.647 Å / Num. obs: 26532 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.3 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 1637 / CC1/2: 0.904 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→58.647 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.708 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1325 5.026 %
Rwork0.1935 25040 -
all0.196 --
obs-26365 98.886 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.198 Å20 Å20 Å2
2--1.198 Å20 Å2
3----2.396 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→58.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 52 173 2576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.6443427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.5725348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3615296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.63721.642134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77215375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1171517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.22292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2170.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7332.2061178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7332.2041177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.453.31473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4493.3021474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5172.5061324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5162.5051324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8313.6771949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.833.6791950
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.77826.5542833
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.7326.42810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.322830.2591791X-RAY DIFFRACTION97.859
1.949-2.0030.272890.2481759X-RAY DIFFRACTION98.6652
2.003-2.0610.366870.2391713X-RAY DIFFRACTION98.7383
2.061-2.1240.257730.2111686X-RAY DIFFRACTION98.7093
2.124-2.1940.234800.2161638X-RAY DIFFRACTION99.1345
2.194-2.2710.2851000.2211546X-RAY DIFFRACTION98.21
2.271-2.3560.267800.1991522X-RAY DIFFRACTION99.0724
2.356-2.4530.29790.2131470X-RAY DIFFRACTION99.0409
2.453-2.5620.245670.211410X-RAY DIFFRACTION98.9283
2.562-2.6870.252860.1961347X-RAY DIFFRACTION99.0325
2.687-2.8320.287640.1891302X-RAY DIFFRACTION99.3455
2.832-3.0040.252690.1991231X-RAY DIFFRACTION99.3125
3.004-3.2110.249730.1951156X-RAY DIFFRACTION99.6756
3.211-3.4680.207600.1961087X-RAY DIFFRACTION99.4796
3.468-3.7990.215510.1921005X-RAY DIFFRACTION99.1549
3.799-4.2470.218460.161924X-RAY DIFFRACTION98.8787
4.247-4.9040.17330.14840X-RAY DIFFRACTION99.0919
4.904-6.0040.234430.169698X-RAY DIFFRACTION98.8
6.004-8.4860.226390.18564X-RAY DIFFRACTION99.8344
8.486-58.6470.269230.164351X-RAY DIFFRACTION99.4681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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