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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sw7 | ||||||||||||
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タイトル | BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody FP1 | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/Immune System / HIV-1 / Env / NHP / Antibody / Fusion Peptide / Polyclonal / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||||||||
![]() | Pratap, P.P. / Antansijevic, A. / Ozorowski, G. / Ward, A.B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Focusing antibody responses to the fusion peptide in rhesus macaques. 著者: Christopher A Cottrell / Payal P Pratap / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Aleksandar Antanasijevic / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Hongmei Gao / Kelli M ...著者: Christopher A Cottrell / Payal P Pratap / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Aleksandar Antanasijevic / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Hongmei Gao / Kelli M Greene / Joel D Allen / Julia T Ngo / Yury Choe / Bartek Nogal / Murillo Silva / Jinal Bhiman / Matthias Pauthner / Darrell J Irvine / David Montefiori / Max Crispin / Dennis R Burton / Guido Silvestri / Shane Crotty / Andrew B Ward / ![]() ![]() ![]() 要旨: Immunodominance of antibodies targeting non-neutralizing epitopes and the high level of somatic hypermutation within germinal centers (GCs) required for most HIV broadly neutralizing antibodies ...Immunodominance of antibodies targeting non-neutralizing epitopes and the high level of somatic hypermutation within germinal centers (GCs) required for most HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) are major impediments to the development of an effective HIV vaccine. Rational protein vaccine design and non-conventional immunization strategies are potential avenues to overcome these hurdles. Here, we report using implantable osmotic pumps to continuously deliver a series of epitope-targeted immunogens to rhesus macaques over the course of six months to elicit immune responses against the conserved fusion peptide. Antibody specificities and GC responses were tracked longitudinally using electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) and lymph node fine-needle aspirates, respectively. Application of cryoEMPEM delineated key residues for on-target and off-target responses that can drive the next round of structure-based vaccine design. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 311.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 100.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-BG505 Boost 2 ... , 2種, 6分子 ACFBDE
#1: タンパク質 | 分子量: 58090.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17192.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 HL
#3: タンパク質 | 分子量: 10656.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The antibody sequence is not known as it is was directly isolated from macaque serum from blood draws in a polyclonal antibody sample. 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 9039.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The antibody sequence is not known as it is was directly isolated from macaque serum from blood draws in a polyclonal antibody sample. 由来: (天然) ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 52分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: BG505 Boost 2 in complex with NHP Polyclonal Antibody FP1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.470 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 41.3591843915 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7339 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63946 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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