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- PDB-8svx: Crystal structure of the L428V mutant of pregnane X receptor liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8svx
タイトルCrystal structure of the L428V mutant of pregnane X receptor ligand binding domain in complex with SJPYT-331
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION / Pregnane X receptor (PXR) / promiscuous ligand-activated protein / nuclear receptor subfamily 1 / transcriptional regulator / drug metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrous cycle / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / xenobiotic catabolic process / progesterone receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / cell differentiation / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Garcia-Maldonado, E. / Huber, A.D. / Nithianantham, S. / Miller, D.J. / Chen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118041 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Chemical manipulation of an activation/inhibition switch in the nuclear receptor PXR.
著者: Garcia-Maldonado, E. / Huber, A.D. / Chai, S.C. / Nithianantham, S. / Li, Y. / Wu, J. / Poudel, S. / Miller, D.J. / Seetharaman, J. / Chen, T.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1
B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8345
ポリマ－79,7632
非ポリマー1,0713
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.036, 89.264, 105.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2, Nuclear receptor coactivator 1 fusion protein,Nuclear receptor coactivator 1 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 39881.605 Da / 分子数: 2 / 変異: L428V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR, NCOA1, BHLHE74, SRC1 / プラスミド: pET-3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O75469, UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-WU6 / methyl 3-{[(1P)-1-(2,5-dimethoxyphenyl)-5-methyl-1H-1,2,3-triazole-4-carbonyl]amino}-4-{[(3S)-hexan-3-yl]oxy}benzoate


分子量: 496.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H32N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % / 解説: Rectangular shaped crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Bis-Tris pH 6.0-7.0, 9-16% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→89.26 Å / Num. obs: 43922 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 502346
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Num. measured all: 16225 / Num. unique obs: 3029 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.715 / Χ2: 0.47 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→44.89 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 2212 5.04 %Random selection
Rwork0.2072 ---
obs0.2086 43858 97.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 76 88 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4946387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1581710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.190.37291100.37182159X-RAY DIFFRACTION82
2.19-2.240.321100.30472333X-RAY DIFFRACTION87
2.24-2.290.30591160.25322439X-RAY DIFFRACTION93
2.29-2.360.22891300.22632557X-RAY DIFFRACTION96
2.36-2.420.2451440.22462614X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.50.23241490.22032623X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.27381360.22852628X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.70.24931260.23162679X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.820.30931570.26332634X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.30491410.25772667X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.150.24211490.23442679X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.40.26571400.22632668X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.20591160.20432716X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.20671300.18032721X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.390.19411800.17522697X-RAY DIFFRACTION100
5.39-44.890.2451780.18682832X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.731-0.0715-0.16484.2283-1.52093.5306-0.23680.2690.4134-0.27240.02060.1179-0.44970.34330.09540.3752-0.0366-0.00180.3031-0.03880.4082-28.853125.8667-34.8235
25.51070.22820.09951.9052-0.05513.56650.1783-0.6528-0.96760.1771-0.13080.44540.73870.0767-0.11710.70810.0359-0.06850.650.22560.8149-22.83155.9117-18.0796
32.99390.4310.17771.02240.56053.32670.0009-0.1151-0.17660.0741-0.02270.1150.2589-0.08210.0210.3755-0.0171-0.01350.30960.01880.4193-34.040717.6567-31.9834
41.83221.54231.85364.59750.82271.8601-0.34680.22530.1796-0.49790.06770.482-0.1943-0.17140.22680.4536-0.0273-0.11310.40990.04920.4464-44.058119.6974-47.9379
50.90.01981.68991.4339-0.27247.57870.3427-0.3983-0.28940.31520.20530.34360.795-0.4579-0.31540.5591-0.06160.00770.51150.0210.5246-40.607210.5073-28.2889
63.1744-1.89550.96642.35360.04743.045-0.0002-0.55610.02120.34190.16290.32710.0426-0.2322-0.16270.5693-0.0395-0.00260.6181-0.08090.5035-38.599625.5395-16.0824
73.5418-0.66570.63944.2539-2.12033.7252-0.1477-0.504-0.33160.39820.15910.4048-0.1996-0.33330.01570.40020.0037-0.00830.5153-0.07580.35575.76-1.7951.585
80.19410.0005-0.04840.0551-0.0090.00330.37281.04710.7922-0.2382-0.1615-0.4827-0.58642.0965-0.18821.2166-0.03640.12621.71190.24311.054113.460115.386-24.8155
93.4663-1.10181.76093.09681.71412.8185-0.33170.24480.1858-0.33570.47270.39970.20680.7185-0.22720.58690.0946-0.04350.82570.20180.5764-3.59379.8252-20.2571
104.1079-0.48330.57252.50870.10531.38880.0590.23740.1888-0.17-0.0091-0.0429-0.0258-0.0529-0.08940.4081-0.0023-0.00050.40670.03310.34089.40873.5264-6.7067
113.1165-0.92390.2712.49470.77812.4540.05840.0669-0.0006-0.26040.0323-0.2385-0.09170.2602-0.12140.40810.01810.00870.47920.00670.425216.8868-3.2885-5.8558
122.7044-2.1614-1.76652.9315-0.20592.9774-0.189-0.4394-0.29710.18320.2684-0.38330.26170.2445-0.03420.3890.0697-0.04550.47020.07740.481522.6786-12.14790.3307
132.6046-1.4777-0.05826.411-2.02931.63050.30690.51440.7788-0.6048-0.479-0.0882-0.38060.48990.08590.5754-0.0067-0.03470.50950.08680.6419.68524.8417-12.226
143.2716-1.32220.57472.47440.17035.58950.0614-0.130.82920.0195-0.1349-0.0912-0.78250.06650.1090.7052-0.012-0.06130.3971-0.03910.613812.090517.2991.3121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 142 through 195 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 196 through 239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 358 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 359 through 388 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 389 through 417 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 418 through 458 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 142 through 196 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 197 through 209 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 210 through 239 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 240 through 321 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 322 through 358 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 359 through 388 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 389 through 417 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 418 through 461 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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