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- PDB-8svm: Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase bound to MMV1557817 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8svm
タイトルPlasmodium falciparum M17 aminopeptidase bound to MMV1557817
要素Leucine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / metallo-exopeptidase / protease inhibitor / malaria / Plasmodium / M17 aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McGowan, S. / Drinkwater, N.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1185354 オーストラリア
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Characterisation of a novel antimalarial agent targeting haemaglobin digestion that shows cross-species reactivity and excellent in vivo properties.
著者: de Koning-Ward, T.F. / Drinkwater, N. / Edgar, R.C.S. / McGowan, S. / Scammells, P.J.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine aminopeptidase
B: Leucine aminopeptidase
C: Leucine aminopeptidase
D: Leucine aminopeptidase
E: Leucine aminopeptidase
F: Leucine aminopeptidase
G: Leucine aminopeptidase
H: Leucine aminopeptidase
I: Leucine aminopeptidase
J: Leucine aminopeptidase
K: Leucine aminopeptidase
L: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)719,355100
ポリマ－704,50812
非ポリマー14,84788
水54,6393033
1
A: Leucine aminopeptidase
B: Leucine aminopeptidase
C: Leucine aminopeptidase
D: Leucine aminopeptidase
E: Leucine aminopeptidase
F: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,91651
ポリマ－352,2546
非ポリマー7,66245
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34900 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area96800 Å2
手法PISA
2
G: Leucine aminopeptidase
H: Leucine aminopeptidase
I: Leucine aminopeptidase
J: Leucine aminopeptidase
K: Leucine aminopeptidase
L: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,43949
ポリマ－352,2546
非ポリマー7,18543
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34790 Å2
ΔGint-396 kcal/mol
Surface area96180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.204, 177.926, 229.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Leucine aminopeptidase / PfLAP / M17 leucyl aminopeptidase / PfA-M17 / PfM17LAP


分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: LAP, PF3D7_1446200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ

-
非ポリマー , 6種, 3121分子

#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-WRC / N-[(1R)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-(3',4',5'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl]-3,3-dimethylbutanamide


分子量: 394.388 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21F3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3033 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49 Å / Num. obs: 306939 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.931 / Rmerge(I) obs: 0.331 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.402 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 2.129 / Num. measured all: 43972 / Num. unique obs: 14962 / CC1/2: 0.15 / Rpim(I) all: 1.483 / Rrim(I) all: 2.614 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2521 15066 4.96 %
Rwork0.2044 --
obs0.2068 304005 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47031 0 756 3033 50820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00448700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66766028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04817420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0337558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.38214570.31829127X-RAY DIFFRACTION92
2.3261-2.35350.38075040.30799369X-RAY DIFFRACTION95
2.3535-2.38220.35774710.29189442X-RAY DIFFRACTION96
2.3822-2.41240.34324920.28629525X-RAY DIFFRACTION96
2.4124-2.44410.35215140.28429528X-RAY DIFFRACTION97
2.4441-2.47760.31555230.26579584X-RAY DIFFRACTION97
2.4776-2.5130.31945310.26219584X-RAY DIFFRACTION97
2.513-2.55050.31245340.25659625X-RAY DIFFRACTION98
2.5505-2.59030.32115320.25859695X-RAY DIFFRACTION98
2.5903-2.63280.29555100.25299715X-RAY DIFFRACTION98
2.6328-2.67820.31415150.25689812X-RAY DIFFRACTION98
2.6782-2.72690.30135300.25349688X-RAY DIFFRACTION98
2.7269-2.77930.31295230.24659764X-RAY DIFFRACTION98
2.7793-2.83610.31385100.22989773X-RAY DIFFRACTION98
2.8361-2.89770.30374620.22299837X-RAY DIFFRACTION98
2.8977-2.96510.26364860.21189800X-RAY DIFFRACTION98
2.9651-3.03930.25274800.20479737X-RAY DIFFRACTION98
3.0393-3.12140.27484990.21159823X-RAY DIFFRACTION98
3.1214-3.21330.28945280.21719736X-RAY DIFFRACTION98
3.2133-3.31690.25185410.20849746X-RAY DIFFRACTION98
3.3169-3.43550.25165080.19339705X-RAY DIFFRACTION98
3.4355-3.5730.21224670.17669790X-RAY DIFFRACTION97
3.573-3.73550.21014820.16679706X-RAY DIFFRACTION97
3.7355-3.93240.20594550.16349740X-RAY DIFFRACTION97
3.9324-4.17870.17914860.15489688X-RAY DIFFRACTION96
4.1787-4.50110.17835160.14759593X-RAY DIFFRACTION96
4.5011-4.95370.19654660.14359528X-RAY DIFFRACTION94
4.9537-5.66960.20365360.1659516X-RAY DIFFRACTION94
5.6696-7.13950.22164820.17969514X-RAY DIFFRACTION93
7.1395-490.17665260.17219249X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 176.5625 Å / Origin y: 234.4452 Å / Origin z: 194.2267 Å
111213212223313233
T0.1218 Å2-0.0015 Å2-0.0004 Å2-0.1267 Å20.0082 Å2--0.1542 Å2
L0.0168 °2-0.0066 °2-0.0061 °2-0.0221 °20.0053 °2--0.0939 °2
S-0 Å °-0.0053 Å °0.0013 Å °0.0011 Å °0.002 Å °-0.0098 Å °0.0052 Å °0.0026 Å °-0.0021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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