[日本語] English
万見
- PDB-8sve: Structure of Monomeric Interleukin-10 Grafted into and Antibody CDR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sve
タイトルStructure of Monomeric Interleukin-10 Grafted into and Antibody CDR
要素
  • Fab Heavy chain
  • Interleukin-10,Fab light chain
キーワードCYTOKINE / antibody cytokine graft / engineered protein / immune regulatory cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / response to carbon monoxide / positive regulation of B cell apoptotic process ...negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / response to carbon monoxide / positive regulation of B cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / response to inactivity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of plasma cell differentiation / regulation of isotype switching / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / interleukin-10-mediated signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interleukin-12 production / type 2 immune response / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / leukocyte chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / CD163 mediating an anti-inflammatory response / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of synapse organization / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of sprouting angiogenesis / B cell proliferation / defense response to protozoan / Interleukin-10 signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / hemopoiesis / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell cycle / response to glucocorticoid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of autophagy / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of cytokine production / response to activity / cytokine activity / cellular response to estradiol stimulus / liver regeneration / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / response to insulin / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein dimerization activity / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / : / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Interleukin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者DiDonato, M. / Spraggon, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Novel Interleukin-10 Antibody Graft to Treat Inflammatory Bowel Disease.
著者: DiDonato, M. / Spraggon, G. / Simpson, C.T. / Vo, M.T. / Knuth, M. / Geierstanger, B. / Jamontt, J. / Fathman, J.J. / DeLarosa, D. / Junt, T. / Picard, D. / Sommer, U. / Vogel, B. / Bagger, M. ...著者: DiDonato, M. / Spraggon, G. / Simpson, C.T. / Vo, M.T. / Knuth, M. / Geierstanger, B. / Jamontt, J. / Fathman, J.J. / DeLarosa, D. / Junt, T. / Picard, D. / Sommer, U. / Vogel, B. / Bagger, M. / Peters, E. / Meeusen, S.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab Heavy chain
I: Fab Heavy chain
L: Interleukin-10,Fab light chain
M: Interleukin-10,Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,41310
ポリマ－133,0444
非ポリマー3696
水4,197233
1
H: Fab Heavy chain
L: Interleukin-10,Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6434
ポリマ－66,5222
非ポリマー1212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Fab Heavy chain
M: Interleukin-10,Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7706
ポリマ－66,5222
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.641, 104.662, 82.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "H" and (resid 1 through 4 or resid 6 through 220))
d_2ens_1(chain "I" and (resid 1 through 4 or resid 6 through 220))
d_1ens_2(chain "L" and (resid 1 through 22 or resid 24...
d_2ens_2(chain "M" and (resid 1 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PCAPCALEULEUHA1 - 41 - 4
d_12ens_1GLUGLUPROPROHA6 - 2206 - 220
d_21ens_1PCAPCALEULEUIB1 - 41 - 4
d_22ens_1GLUGLUPROPROIB6 - 2206 - 220
d_11ens_2ASPASPTHRTHRLC1 - 221 - 22
d_12ens_2LYSLYSSERSERLC24 - 2924 - 29
d_13ens_2GLUGLUARGARGLC37 - 5537 - 55
d_14ens_2ALAALAMETMETLC57 - 6757 - 67
d_15ens_2LEULEUCYSCYSLC74 - 14274 - 142
d_16ens_2SERSERPHEPHELC152 - 177152 - 177
d_17ens_2ILEILEARGARGLC179 - 376179 - 376
d_21ens_2ASPASPTHRTHRMD1 - 221 - 22
d_22ens_2LYSLYSARGARGMD24 - 5524 - 55
d_23ens_2ALAALAPHEPHEMD57 - 17757 - 177
d_24ens_2ILEILEARGARGMD179 - 376179 - 376

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.856307726963, -0.510750367671, -0.0766233558827), (-0.509150410307, 0.809953713246, 0.291102803291), (-0.0866194921925, 0.288286392886, -0.953618382399)71.6631165449, 30.7871761544, -70.4660354796
2given(-0.864832835345, -0.496098888071, -0.0771366330826), (-0.494660587094, 0.815689565534, 0.299935720204), (-0.0858782305601, 0.297550711533, -0.950835686952)71.2761281843, 30.8966667554, -70.7714999274

-
要素

#1: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 24349.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Interleukin-10,Fab light chain / IL-10 / Cytokine synthesis inhibitory factor / CSIF


分子量: 42172.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A monomeric version of interleukin-10 is inserted into CDR-L1.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22301
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Acetate, pH 7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月29日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 47411 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 38.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.145 / Rsym value: 0.095 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 3890 / CC1/2: 0.646 / CC star: 0.886 / Rpim(I) all: 0.521 / Rrim(I) all: 0.953 / Rsym value: 0.598 / Χ2: 0.876 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DENZO2.3.10データ削減
SCALEPACK2.3.10データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→42.9 Å / SU ML: 0.3046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 2219 5.48 %
Rwork0.1881 38238 -
obs0.1906 40457 82.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8956 0 24 233 9213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00459222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85512508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05061410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.15763370
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AHX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.58041303263
ens_2d_2CLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.786384002309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.450.3946390.2724841X-RAY DIFFRACTION28.93
2.45-2.510.3234580.27111143X-RAY DIFFRACTION39.27
2.51-2.570.2921870.25421478X-RAY DIFFRACTION51.94
2.57-2.640.3298830.25041787X-RAY DIFFRACTION62.04
2.64-2.720.3079950.25782120X-RAY DIFFRACTION72.69
2.72-2.810.30131390.24952337X-RAY DIFFRACTION81.26
2.81-2.910.30081740.24062618X-RAY DIFFRACTION91.99
2.91-3.020.29391640.22762841X-RAY DIFFRACTION99.14
3.02-3.160.27961770.22562859X-RAY DIFFRACTION99.84
3.16-3.330.27951300.20232935X-RAY DIFFRACTION99.84
3.33-3.530.21841780.18972838X-RAY DIFFRACTION99.74
3.53-3.810.23731770.17352877X-RAY DIFFRACTION99.9
3.81-4.190.21471530.16272904X-RAY DIFFRACTION99.93
4.19-4.790.17932180.13832841X-RAY DIFFRACTION99.9
4.8-6.040.18071850.16362872X-RAY DIFFRACTION99.74
6.04-42.90.21431620.17432947X-RAY DIFFRACTION99.2
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2564335069120.1116331997580.2086643644550.344528987925-0.3891256246570.9078465155150.220899416785-0.2007771544350.254608921664-0.05610060384260.0408813041819-0.174287710814-0.732428277563-0.3364020902710.00514945041160.3446354633870.105326051693-0.02665612360660.317076476398-0.02718611588910.3266396654447.9989566232437.456981296-44.4391119205
20.07209783557290.257547531581-0.2249577422790.3773940905830.5088129612043.01062537685-0.0422446288824-0.1392279789420.02111053315450.0257943617021-0.0204110382106-0.00380879056153-0.0600113389649-0.241424249272-0.002886449531760.1692907290780.04820061714520.02564752081260.3046017114820.007275559672030.2707620106899.2830192859330.5706232344-45.0766593297
30.3307205431420.2542995111370.5646985060441.321802686260.2677644196230.8762201851950.4830599584950.654728221714-0.158639750617-0.12006391508-0.243061721636-0.152170400589-0.468332695620.6663832335260.03900203314650.2187215689110.02550301319150.01786145071860.6689322035440.02284898716520.29650154452718.358031290831.0009141011-24.1510554939
40.870353475510.05834210378730.9090853462290.3102730309360.1474502504640.89095435953-0.4422729583590.4315373392330.95495744415-0.216478995944-0.0698639043065-0.387726396437-0.5748308511140.190899370404-0.07632304689740.389229718255-0.122282038482-0.06168261924960.7791451513070.1194086255610.44029049720524.287329712739.0344209048-23.1027892853
51.255916219810.396083466171.036523654671.98117108146-0.6700453686533.45309827967-0.225323695454-0.001761520405450.273003283105-0.123649936408-0.04601526519850.134465362006-0.5585228121070.0328069607627-0.04394132052770.248877781571-0.0275707317202-0.04607709246560.1435749504-0.03288616186630.29546157337153.658613148637.9820079775-13.8644692333
61.002631217050.3417080715381.837550134072.106290144080.8627539215253.35035113465-0.2368574200490.1135277762390.230425746105-0.0758269655141-0.0679381462811-0.002360265219-0.586057054623-0.0804322475108-0.006864027394890.408322002867-0.0678684889587-0.06103728324480.3420545558860.0593586700720.35133991580738.527150018140.9515556481-42.1043269819
71.783149007140.853518441212-1.190277531271.625427027890.4338609276621.673804536920.250461245427-0.158999965667-0.3631178992490.1038082761910.3569780881460.7458377441780.686745578083-0.9035355813810.03973267299380.538994803892-0.05199351712240.1069317724020.468726766280.04364861256510.4678499529832.489679602759.72373576601-47.9571737637
82.60648800169-0.137362178616-0.3614866601262.91684923830.1822611327531.99069540593-0.0113106340921-0.156732958653-0.4681559555170.179792515405-0.03422323250.2133496691730.491461675328-0.5374178534750.007286982651680.456899671848-0.149248656523-0.04229547729870.419587137346-0.02075085766570.639188998274-4.448085122326.23892491778-83.0144251717
91.722352918570.001120062444690.1545782946072.672337994290.02035684120771.323664045410.167844764065-0.0938860729238-0.565145537452-0.081394054097-0.1885636678450.1377010888260.494782283614-0.2611459577010.001909069497540.3208748495-0.0999750202177-0.01089983629440.3128422942940.004377092746670.507160983593-0.7727466944327.66565412663-81.0481024658
100.2782753497790.143696884181-0.1510543484480.1450658388530.9574355921094.40673940076-0.169330650185-0.101159091633-0.09752375977290.07450300422650.0609807063984-0.02052155545460.6180350636420.232063739205-0.01353112513650.3872141655970.03779759330450.07046539152510.2570229822670.04916225502410.32474694245312.865882168215.2828011695-34.6634919917
111.893125958741.13242526528-0.04451407147911.58689013335-0.8870972481192.61302315888-0.00123276751441-0.1703909846010.0900071566850.276497845037-0.1636951363810.0155069553640.3983388554330.345695029666-0.0004596119535440.2759912463220.0405764134846-0.01750022457620.3650173264030.04411044221370.21185896802611.956414876723.4230654639-10.3071047746
122.25287031385-0.500073017384-0.8545061190632.38390750608-0.7567971148451.2247057340.3378175230770.08628202535240.1371864976480.249939811386-0.0196925938149-0.4639898868560.2520047007721.064653767660.01257340801330.27600999355-0.0292110856680.008477687387390.504036594188-0.05767852238330.45193756646968.297041952623.6854347777-20.5095650885
134.265471125580.108205889966-0.4725453949553.19401793537-0.3054646489562.15136547203-0.0537282831893-0.0487405613255-0.213030217083-0.133900522450.195521269816-0.1120660762260.2476939459550.693967242912-0.002351610700090.3621942661240.07140776213950.01312935356960.3854215572790.001567587905070.42090531699877.695906727413.071166331710.0018664652
141.83466311195-0.6011604177932.310380890420.669380412597-0.7894689908854.263438070280.09355685438820.4974479249360.00892792325021-0.174476703639-0.1351545421470.03441414426480.1007741426440.717905156253-0.001325482706270.260719557716-0.03887029623040.06698653232410.340249999998-0.02807476904380.30145318694559.639125508226.0821715509-26.5877185179
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 2 through 17 )HA2 - 172 - 17
22chain 'H' and (resid 18 through 152 )HA18 - 15218 - 152
33chain 'H' and (resid 153 through 195 )HA153 - 195153 - 195
44chain 'H' and (resid 196 through 220 )HA196 - 220196 - 220
55chain 'I' and (resid 2 through 126 )IB2 - 1262 - 126
66chain 'I' and (resid 127 through 220 )IB127 - 220127 - 220
77chain 'L' and (resid 1 through 42 )LC1 - 421 - 36
88chain 'L' and (resid 43 through 112 )LC43 - 11237 - 106
99chain 'L' and (resid 113 through 192 )LC113 - 192107 - 178
1010chain 'L' and (resid 193 through 315 )LC193 - 315179 - 301
1111chain 'L' and (resid 316 through 376 )LC316 - 376302 - 362
1212chain 'M' and (resid 1 through 46 )MD1 - 461 - 39
1313chain 'M' and (resid 47 through 112 )MD47 - 11240 - 99
1414chain 'M' and (resid 113 through 376 )MD113 - 376100 - 354

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る