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万見
- PDB-8sv1: Caspase-1 complex with interleukin-18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sv1
タイトルCaspase-1 complex with interleukin-18
要素
  • (Caspase-1カスパーゼ-1) x 2
  • Interleukin-18インターロイキン-18
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Innate immune / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / カスパーゼ-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / The IPAF inflammasome ...interleukin-18 receptor binding / カスパーゼ-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / The IPAF inflammasome / NLRP1 inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / cytokine precursor processing / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / caspase binding / 好中球 / CARD domain binding / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity / osmosensory signaling pathway / negative regulation of myoblast differentiation / type 2 immune response / natural killer cell activation / 睡眠 / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-1 processing / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-37 signaling / positive regulation of interleukin-13 production / triglyceride homeostasis / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor signaling pathway / T-helper 1 type immune response / cellular response to organic substance / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / protein maturation / The NLRP3 inflammasome / establishment of skin barrier / Pyroptosis / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-1 beta production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / NOD1/2 Signaling Pathway / kinase binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of inflammatory response / 血管新生 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of apoptotic process / defense response to virus / endopeptidase activity / 微小管 / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / 核小体 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
インターロイキン-18 / インターロイキン-1 / Interleukin-1 / 18 / Caspase recruitment domain / Cytokine IL1/FGF / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. ...インターロイキン-18 / インターロイキン-1 / Interleukin-1 / 18 / Caspase recruitment domain / Cytokine IL1/FGF / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
カスパーゼ-1 / インターロイキン-18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dong, Y. / Pascal, D. / Jon, K. / Wu, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Caspase-1 complex with interleukin-18
著者: Pascal, D. / Dong, Y. / Wu, H. / Jon, K.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
a: Caspase-1
b: Caspase-1
C: Interleukin-18
c: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4336
ポリマ－97,4336
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / カスパーゼ-1


分子量: 16607.154 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit P20 (UNP residues 120-297) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466
#2: タンパク質 Caspase-1 / カスパーゼ-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 10258.755 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit P10 (UNP residues 317-404) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, カスパーゼ-1
#3: タンパク質 Interleukin-18 / インターロイキン-18


分子量: 21850.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18 / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q14116

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: protein complex with interleukin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 100 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260549 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036472
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4438706
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.074840
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042964
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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