+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8suv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CHIP-TPR in complex with the C-terminus of CHIC2 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | LIGASE / E3 ubiquitin ligase | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of ERAD pathway / positive regulation of mitophagy / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear inclusion body / misfolded protein binding / R-SMAD binding ...positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of ERAD pathway / positive regulation of mitophagy / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear inclusion body / misfolded protein binding / R-SMAD binding / cellular response to misfolded protein / protein folding chaperone complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / Golgi-associated vesicle / chaperone-mediated autophagy / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / TPR domain binding / protein monoubiquitination / SMAD binding / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of proteolysis / protein maturation / protein autoubiquitination / ERAD pathway / ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum unfolded protein response / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / G protein-coupled receptor binding / Regulation of TNFR1 signaling / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / Hsp90 protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / tau protein binding / Regulation of necroptotic cell death / Z disc / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / MAPK cascade / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to hypoxia / protein-macromolecule adaptor activity / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cupo, A.R. / McDermott, L.E. / DeSilva, A.R. / Callahan, M. / Nix, J.C. / Gestwicki, J.E. / Page, R.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction with the membrane-anchored protein CHIC2 constrains the ubiquitin ligase activity of CHIP 著者: Callahan, M. / Hodul, M. / Carroll, E. / Ravalin, M. / Nadel, C. / de Silva, A. / Cupo, A. / McDermott, L. / Nix, J. / Page, R. / Kao, A. / Gestwicki, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 190.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15884.057 Da / 分子数: 4 / 断片: TPR domain, residues 21-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1461.702 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M HEPES, 28 % v/v PEG Smear Medium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→46.53 Å / Num. obs: 71293 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1491 / Rpim(I) all: 0.06058 / Rrim(I) all: 0.1612 / Net I/σ(I): 8.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.287 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 50246 / CC1/2: 0.652 / CC star: 0.888 / Rpim(I) all: 0.9115 / Rrim(I) all: 2.465 / % possible all: 94.59 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.53 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|