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- PDB-8suv: CHIP-TPR in complex with the C-terminus of CHIC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8suv
タイトルCHIP-TPR in complex with the C-terminus of CHIC2
要素
  • Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
  • E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of ERAD pathway / positive regulation of mitophagy / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear inclusion body / misfolded protein binding / R-SMAD binding ...positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / positive regulation of ERAD pathway / positive regulation of mitophagy / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / nuclear inclusion body / misfolded protein binding / R-SMAD binding / cellular response to misfolded protein / protein folding chaperone complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / Golgi-associated vesicle / chaperone-mediated autophagy / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / TPR domain binding / protein monoubiquitination / SMAD binding / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of proteolysis / protein maturation / protein autoubiquitination / ERAD pathway / ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum unfolded protein response / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / G protein-coupled receptor binding / Regulation of TNFR1 signaling / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / Hsp90 protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / tau protein binding / Regulation of necroptotic cell death / Z disc / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / MAPK cascade / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to hypoxia / protein-macromolecule adaptor activity / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 1/2 / Golgin subfamily A member 7/ERF4 / Golgin subfamily A member 7/ERF4 family / CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain ...Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 1/2 / Golgin subfamily A member 7/ERF4 / Golgin subfamily A member 7/ERF4 family / CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2 / E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Cupo, A.R. / McDermott, L.E. / DeSilva, A.R. / Callahan, M. / Nix, J.C. / Gestwicki, J.E. / Page, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128595 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Interaction with the membrane-anchored protein CHIC2 constrains the ubiquitin ligase activity of CHIP
著者: Callahan, M. / Hodul, M. / Carroll, E. / Ravalin, M. / Nadel, C. / de Silva, A. / Cupo, A. / McDermott, L. / Nix, J. / Page, R. / Kao, A. / Gestwicki, J.
履歴
登録2023年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
B: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
C: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
D: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
F: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
G: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
H: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
I: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,76712
ポリマ－69,3838
非ポリマー3844
水7,278404
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
F: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4423
ポリマ－17,3462
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7510 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
G: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3462
ポリマ－17,3462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
H: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5384
ポリマ－17,3462
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
I: Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4423
ポリマ－17,3462
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.526, 82.356, 78.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase CHIP / Antigen NY-CO-7 / CLL-associated antigen KW-8 / Carboxy terminus of Hsp70-interacting protein / ...Antigen NY-CO-7 / CLL-associated antigen KW-8 / Carboxy terminus of Hsp70-interacting protein / RING-type E3 ubiquitin transferase CHIP / STIP1 homology and U box-containing protein 1


分子量: 15884.057 Da / 分子数: 4 / 断片: TPR domain, residues 21-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STUB1, CHIP, PP1131 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNE7, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド
Cysteine-rich hydrophobic domain-containing protein 2 / BrX-like translocated in leukemia


分子量: 1461.702 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKJ5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M HEPES, 28 % v/v PEG Smear Medium

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年12月18日
放射モノクロメーター: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→46.53 Å / Num. obs: 71293 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1491 / Rpim(I) all: 0.06058 / Rrim(I) all: 0.1612 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.287 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 50246 / CC1/2: 0.652 / CC star: 0.888 / Rpim(I) all: 0.9115 / Rrim(I) all: 2.465 / % possible all: 94.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS0.95データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→46.53 Å / SU ML: 0.2829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.935
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 3017 2.17 %
Rwork0.2741 136121 -
obs0.2744 71293 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4383 0 20 404 4807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01224497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55016066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0923637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.94451723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.660.44931270.45686057X-RAY DIFFRACTION92.34
1.66-1.680.40661160.45585955X-RAY DIFFRACTION92.05
1.68-1.710.47461570.4366006X-RAY DIFFRACTION93.39
1.71-1.740.34851100.42096062X-RAY DIFFRACTION94
1.74-1.780.42071460.4086079X-RAY DIFFRACTION94.36
1.78-1.810.39631190.39636049X-RAY DIFFRACTION93.4
1.81-1.850.35861690.38416130X-RAY DIFFRACTION94.96
1.85-1.90.35171140.36446173X-RAY DIFFRACTION95.68
1.9-1.940.41371250.38856215X-RAY DIFFRACTION95.87
1.94-1.990.33831420.35686226X-RAY DIFFRACTION96.54
1.99-2.050.31400.34346248X-RAY DIFFRACTION96.48
2.05-2.120.35541450.2976219X-RAY DIFFRACTION96.18
2.12-2.20.33331470.29486233X-RAY DIFFRACTION96.56
2.2-2.280.41831260.29756220X-RAY DIFFRACTION96.62
2.28-2.390.26551400.27936209X-RAY DIFFRACTION96.92
2.39-2.510.25881470.2686285X-RAY DIFFRACTION96.9
2.51-2.670.36811290.27886314X-RAY DIFFRACTION97.05
2.67-2.880.30491530.2596278X-RAY DIFFRACTION97.75
2.88-3.170.24231470.25556342X-RAY DIFFRACTION97.92
3.17-3.620.23321390.21536311X-RAY DIFFRACTION97.71
3.62-4.570.20731480.18866218X-RAY DIFFRACTION96.22
4.57-46.530.25261310.21116292X-RAY DIFFRACTION97.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.663220287520.727030576202-2.359771252552.00421608719-0.3447407713142.966726999550.2493976470470.3938957861650.319325035554-0.0690815164318-0.07838283703240.162485734097-0.256529556304-0.177355265524-0.1489808856950.1695267956240.02045651595970.01782708122640.695253449129-0.100618699210.162843773928-25.138-2.474-59.068
22.124523301580.0235220396504-1.137124329344.1560431272-1.440361909554.825435156350.06609127164690.3408984108380.0760024163902-0.477725165146-0.0348686110662-0.08994628899560.223103870529-0.0983911497988-0.007047560710830.1611269266860.01483831112050.003070512840030.628406424256-0.1067881215390.174323538807-23.657-4.836-67.039
32.33263225630.0299418492205-0.08898605471950.490636947203-1.021614112692.478456966220.002690180843870.0628953440544-0.0736932025397-0.0780944051428-0.0303872946581-0.0581639326750.2044202352030.2728495377430.05044639977710.1566978257350.0007694216430320.02358224323440.354668597941-0.09035132388370.1634363990028.58-10.309-3.978
42.72103146025-0.231283533672-1.475346508290.9779629735490.09339345526812.551788530070.112350991445-0.2383442294040.1495947853760.119994460154-0.05654337210630.0141350932284-0.1040964386660.0643279265425-0.05770340392690.164484744136-0.03394461354580.03016000025510.6468860214710.003699382737370.188123620772-5.025-3.9039.396
56.19853439619-1.45646352445.753516847654.15359597561-3.480789171686.52944857506-0.0963737092252-0.02145240724990.452429161398-0.215109658820.295046720085-0.0310152029964-0.477097709812-0.123309973777-0.1864351538410.230736519778-0.05304735600370.02163139230840.342630922383-0.01759347889250.181757934616-22.2077.177-19.755
63.97463162736-2.602345501582.356972021036.52840931072-2.669672643928.15185216857-0.193480108947-0.2517083560540.646531433430.5893586769340.267405364343-0.863560248901-1.07144873360.632563111735-0.06714050673260.377233050391-0.1412336599990.01478133122450.738216798987-0.1682349329740.345787702188-7.3087.147-32.858
77.792058058993.83762962416-1.774726067385.1228085776-5.86455679632.00001926084-0.2032826237950.0325275682437-0.50106967844-0.4482789121940.0340895504598-0.3453226967930.7675149373340.4792858632580.1757869691630.228296702182-0.01850036689320.03092304555570.618166415775-0.07600941801030.193020796973-32.086-15.206-58.798
82.99950157895-1.332836878160.7422185887073.977968993223.149204570864.937732730520.0449754398442-0.159409558995-0.5289056378390.1994989544980.05503555264510.2629640600160.526109444946-0.199482321511-0.08118034088510.431596041816-0.0288457142539-0.03348712032980.013318608271-0.08840658771930.3903614871061.482-16.3336.251
92.605752283010.3395493256980.08247397984711.63784654536-1.343075545812.906932304190.067240496033-0.1024150826610.03003022782040.09637292232780.0468909584689-0.0442925512489-0.1733052894570.0551134833126-0.1064758272170.15126341611-0.00544722657606-0.009481752015640.413859123956-0.08521561354620.162848023223-14.6460.644-9.95
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141.601083018960.03564975275920.2990136992880.256559367710.1447570260080.615638750308-0.0211950432041-0.2535876300880.006944288389850.00674329106170.01011504311180.0495521217906-0.05986538597950.109741094498-0.01326710403690.0820045066599-0.03291746495410.08600299471140.797187533538-0.09836853854350.147330816741-34.712-5.383-49.861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 94:126 )C94 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 127:150 )C127 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 23:93 )D23 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 94:150 )D94 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 157:165 )F157 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN G AND RESID 157:165 )G157 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 159:165 )H159 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN I AND RESID 158:165 )I158 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 23:93 )A23 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 94:150 )A94 - 150
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 23:93 )B23 - 93
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 94:150 )B94 - 150
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 23:55 )C23 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 56:93 )C56 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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