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- PDB-8suf: The complex of TOL-1 ectodomain bound to LAT-1 Lectin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8suf
タイトルThe complex of TOL-1 ectodomain bound to LAT-1 Lectin domain
要素
  • Latrophilin-like protein 1
  • TIR domain-containing protein
キーワードCELL ADHESION / Cell Surface Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Class B/2 (Secretin family receptors) / : / Signaling by EGFR / Negative regulation of MET activity / Neutrophil degranulation / sexual reproduction / self proteolysis / embryo development ending in birth or egg hatching / anterior/posterior pattern specification / extracellular matrix ...Class B/2 (Secretin family receptors) / : / Signaling by EGFR / Negative regulation of MET activity / Neutrophil degranulation / sexual reproduction / self proteolysis / embryo development ending in birth or egg hatching / anterior/posterior pattern specification / extracellular matrix / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / defense response / transmembrane signaling receptor activity / carbohydrate binding / defense response to Gram-negative bacterium / endopeptidase activity / cell surface receptor signaling pathway / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / Galactose binding lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif ...: / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / Galactose binding lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Latrophilin-like protein 1 / TIR domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Carmona Rosas, G. / Li, J. / Arac, D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM148412 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis and functional roles for Toll-like receptor binding to Latrophilin adhesion-GPCR in embryo development
著者: Carmona Rosas, G. / Li, J. / Smith, J.S. / Cheng, S. / Baltrusaitis, E. / Nawrocka, W.I. / Zhao, M. / Kratsios, P. / Arac, D. / Ozkan, E.
履歴
登録2023年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TIR domain-containing protein
B: TIR domain-containing protein
C: TIR domain-containing protein
D: TIR domain-containing protein
E: Latrophilin-like protein 1
F: Latrophilin-like protein 1
G: Latrophilin-like protein 1
H: Latrophilin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,33728
ポリマ－499,2608
非ポリマー8,07720
水00
1
A: TIR domain-containing protein
E: Latrophilin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0768
ポリマ－124,8152
非ポリマー2,2616
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TIR domain-containing protein
F: Latrophilin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,4008
ポリマ－124,8152
非ポリマー2,5856
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TIR domain-containing protein
G: Latrophilin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,5936
ポリマ－124,8152
非ポリマー1,7784
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TIR domain-containing protein
H: Latrophilin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,2686
ポリマ－124,8152
非ポリマー1,4534
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.152, 316.755, 172.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 27 through 695 or resid 700 through 983 or resid 2011 through 2021))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 27 through 983 or resid 2011 through 2012))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 27 through 695 or resid 700 through 983 or resid 2011 through 2051))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 27 through 695 or resid 700 through 983 or resid 2011 through 2012))
d_1ens_2(chain "E" and resid 29 through 133)
d_2ens_2(chain "F" and resid 29 through 133)
d_3ens_2(chain "G" and resid 29 through 133)
d_4ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUASPASPAA27 - 69534 - 702
d_12ens_1TYRTYRPROPROAA700 - 983707 - 990
d_13ens_1NAGNAGNAGNAGAS1101
d_14ens_1NAGNAGNAGNAGII1
d_21ens_1GLUGLUPROPROBB27 - 98334 - 990
d_22ens_1NAGNAGNAGNAGLL1
d_23ens_1NAGNAGNAGNAGLL2
d_31ens_1GLUGLUASPASPCC27 - 69534 - 702
d_32ens_1TYRTYRPROPROCC700 - 983707 - 990
d_33ens_1NAGNAGNAGNAGCY1101
d_34ens_1NAGNAGNAGNAGOO1
d_41ens_1GLUGLUASPASPDD27 - 69534 - 702
d_42ens_1TYRTYRPROPRODD700 - 983707 - 990
d_43ens_1NAGNAGNAGNAGQQ1
d_44ens_1NAGNAGNAGNAGQQ2
d_11ens_2ALAALACYSCYSEE29 - 1331 - 105
d_21ens_2ALAALACYSCYSFF29 - 1331 - 105
d_31ens_2ALAALACYSCYSGG29 - 1331 - 105
d_41ens_2ALAALACYSCYSHH29 - 1331 - 105

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.991581021888, -0.108698702074, -0.070368097874), (0.0937964797422, 0.977602974934, -0.188400222365), (0.0892709214637, 0.18021380515, 0.979568112494)6.76331798568, -25.8179928654, 77.0929598037
2given(0.997217536701, 0.0502163798141, -0.0550953690801), (0.048660395391, -0.998387600554, -0.0292295223955), (-0.056474334136, 0.0264672298786, -0.998053172595)-42.7732900247, -70.3529746457, -215.32723102
3given(0.98953847067, -0.14029034673, -0.0336486801966), (-0.132337624748, -0.975541394619, 0.175515641639), (-0.0574488306282, -0.169226493193, -0.983901430968)-26.3521670021, -40.6888892904, -121.720994022
4given(0.999496217222, 0.006520727343, 0.0310610990508), (-0.00771317070308, 0.999231662362, 0.0384264483304), (-0.030786665247, -0.0386466693067, 0.998778562142)12.0117911248, 4.8140900998, 93.8123259241
5given(0.98897947898, -0.0454680643682, -0.140897996011), (-0.0554116305268, -0.996181316225, -0.0674710041899), (-0.137292175158, 0.0745348262669, -0.987722338673)-49.1824492667, -69.3506008928, -211.440484054
6given(0.553821096507, -0.80559741031, 0.210463786827), (-0.789753355633, -0.588312795886, -0.173717274511), (0.263764725333, -0.0700061904339, -0.962043295788)73.2716480206, -48.5753259301, -141.102728397

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
TIR domain-containing protein


分子量: 112253.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct is secreted by a signal peptide, cleaved and not present in mature protein, and has N-terminal His and Avi tags.
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tol-1, C07F11.1, CELE_C07F11.1 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9N5Z3
#2: タンパク質
Latrophilin-like protein 1


分子量: 12561.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct is secreted by a signal peptide, cleaved and not present in mature protein, and has a C-terminal His-tag. Contains isoform a for LAT-1 protein.
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lat-1, B0457.1 / Variant: isoform a / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5EDW2

-
糖 , 6種, 20分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium Malonate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 26% PEG 3350, 1.2% Myo-Inositol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→200 Å / Num. obs: 37159 / % possible obs: 55.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 139.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 4→4.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2858 / CC1/2: 0.603 / Rsym value: 0.727 / % possible all: 16.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→74.15 Å / SU ML: 0.8107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 48.2417
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3377 1858 5.01 %
Rwork0.2883 35233 -
obs0.2908 37091 55.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 197.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→74.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32463 0 530 0 32993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006533537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.080745503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05855516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00695830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.475212683
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS7.09361746616
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.64289511289
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS7.80906715893
ens_2d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.44868721748
ens_2d_3EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.772750042714
ens_2d_4EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.727044050531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.110.4627240.3205477X-RAY DIFFRACTION9.69
4.11-4.230.403470.3333759X-RAY DIFFRACTION16.04
4.23-4.370.3695690.31091032X-RAY DIFFRACTION21.14
4.37-4.520.276650.28541437X-RAY DIFFRACTION29.85
4.52-4.710.35421090.271794X-RAY DIFFRACTION36.79
4.71-4.920.28821110.25372185X-RAY DIFFRACTION44.74
4.92-5.180.32991380.26572624X-RAY DIFFRACTION54.24
5.18-5.50.30011910.27883044X-RAY DIFFRACTION63.01
5.5-5.930.32521800.29243586X-RAY DIFFRACTION73.54
5.93-6.520.38181770.30034154X-RAY DIFFRACTION84.39
6.52-7.470.36772500.32094527X-RAY DIFFRACTION92.33
7.47-9.410.38362510.33234826X-RAY DIFFRACTION98.43
9.41-74.150.31112460.26214788X-RAY DIFFRACTION97.09

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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