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万見
- PDB-8sti: human STING with agonist XMT-1616 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sti
タイトルhuman STING with agonist XMT-1616
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM/AGONIST / Agonist / STING / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WX8 / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Duvall, J.R. / Bukhalid, R.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery and Optimization of a STING Agonist Platform for Application in Antibody Drug Conjugates.
著者: Duvall, J.R. / Thomas, J.D. / Bukhalid, R.A. / Catcott, K.C. / Bentley, K.W. / Collins, S.D. / Eitas, T. / Jones, B.D. / Kelleher, E.W. / Lancaster, K. / Protopopova, M. / Ray, S.S. / Ter- ...著者: Duvall, J.R. / Thomas, J.D. / Bukhalid, R.A. / Catcott, K.C. / Bentley, K.W. / Collins, S.D. / Eitas, T. / Jones, B.D. / Kelleher, E.W. / Lancaster, K. / Protopopova, M. / Ray, S.S. / Ter-Ovanesyan, E. / Xu, L. / Yang, L. / Zurita, J. / Damelin, M. / Toader, D. / Lowinger, T.B.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2432
ポリマ－21,4891
非ポリマー7541
水1,54986
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4864
ポリマ－42,9782
非ポリマー1,5082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)111.519, 111.519, 35.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21A-568-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21489.160 Da / 分子数: 1 / 断片: Cyclic dinucleotide-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-WX8 / 3-[(2E)-4-{5-carbamoyl-2-[(4-ethyl-2-methyl-1,3-oxazole-5-carbonyl)amino]-7-(3-hydroxypropoxy)-1H-benzimidazol-1-yl}but-2-en-1-yl]-2-[(4-ethyl-2-methyl-1,3-oxazole-5-carbonyl)amino]-3H-imidazo[4,5-b]pyridine-6-carboxamide


分子量: 753.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H39N11O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350; ammonium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→78.86 Å / Num. obs: 24490 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.72→78.86 Å / Num. unique obs: 24490 / CC1/2: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 31データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.72→78.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.52 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25697 2354 10 %RANDOM
Rwork0.20728 ---
obs0.21227 21224 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→78.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1403 0 55 86 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5212.0092126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21533270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0765191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00523.53782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41115.061246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5711513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1863.772752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1793.762751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9656.292947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9666.305948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5374.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5354.022805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3356.6311180
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.29331.8321631
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.24531.51620
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.721→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 168 -
Rwork0.32 1594 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.10410.773-0.28261.50960.10371.96770.0317-0.2198-0.01860.054-0.06120.30490.0771-0.3340.02960.0269-0.01540.01250.0686-0.00630.06718.515-30.2649.476
27.4855-0.21230.3981.8771-2.00972.1876-0.03740.08960.23220.23880.0058-0.0415-0.31640.02740.03160.1705-0.02710.02230.07790.00340.12337.12-15.3912.452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A153 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1A243 - 338
3X-RAY DIFFRACTION2A226 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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