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- PDB-8ssu: ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssu
タイトルZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA
要素
  • (DNA (19-MER) Strand ...) x 2
  • Transcriptional repressor CTCF,LIM domain-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / transcription factor / zinc fingers / insulator/chromatin architecture / transcription-dna complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Expression and translocation of olfactory receptors / regulation of kinase activity / chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / cellular component assembly / negative regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / beta-catenin-TCF complex ...Expression and translocation of olfactory receptors / regulation of kinase activity / chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / cellular component assembly / negative regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / beta-catenin-TCF complex / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / epithelial structure maintenance / LIM domain binding / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / gastrulation with mouth forming second / Cardiogenesis / cardiac muscle cell development / anterior/posterior axis specification / regulation of focal adhesion assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / cell leading edge / chromosome, centromeric region / somatic stem cell population maintenance / hair follicle development / condensed chromosome / positive regulation of cell adhesion / regulation of cell migration / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / gene expression / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / cell adhesion / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
LIM-domain binding protein/SEUSS / LIM interaction domain / LIM-domain binding protein / LIM interaction domain (LID) / LIM interaction domain (LID) domain profile. / : / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger ...LIM-domain binding protein/SEUSS / LIM interaction domain / LIM-domain binding protein / LIM interaction domain (LID) / LIM interaction domain (LID) domain profile. / : / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF / LIM domain-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Horton, J.R. / Yang, J. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of CTCF-DNA complexes including all 11 zinc fingers.
著者: Yang, J. / Horton, J.R. / Liu, B. / Corces, V.G. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF,LIM domain-binding protein 1
B: DNA (19-MER) Strand I
C: DNA (19-MER) Strand II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,44413
ポリマ－51,7973
非ポリマー64710
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.464, 80.464, 187.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF,LIM domain-binding protein 1


分子量: 40142.430 Da / 分子数: 1
断片: Zinc finger domains 3-11 of CTCF, Residues 195-258 of LDB1
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF, LDB1, CLIM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: P49711, UniProt: Q86U70

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DNA (19-MER) Strand ... , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (19-MER) Strand I


分子量: 5724.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (19-MER) Strand II


分子量: 5929.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
解説: 0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane)/pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane/pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→39.34 Å / Num. obs: 30234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 78.7 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3041 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→39.34 Å / SU ML: 0.4767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 1460 4.93 %
Rwork0.1998 28168 -
obs0.2018 29628 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 772 16 6 2679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50294020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0347427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.83181131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-30.47261400.38782686X-RAY DIFFRACTION91.93
3-3.120.36911450.37522810X-RAY DIFFRACTION98.4
3.12-3.260.38631440.32872780X-RAY DIFFRACTION96.31
3.26-3.430.38381490.30762666X-RAY DIFFRACTION93.65
3.43-3.640.28821470.24232856X-RAY DIFFRACTION97.12
3.64-3.920.22731520.19812833X-RAY DIFFRACTION99.24
3.92-4.320.24531390.18632872X-RAY DIFFRACTION99.9
4.32-4.940.22051560.16732891X-RAY DIFFRACTION99.77
4.95-6.220.20031460.15792886X-RAY DIFFRACTION99.97
6.23-39.340.15971420.14232888X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53908334657-1.675628228051.944804976987.595701838591.505334560056.68760604961-0.1296464303980.992719683938-0.420457018088-1.05113868106-0.0216106559919-0.9048841978890.9041787211871.289921744320.0982493741340.931671569661-0.1212316424070.201688172431.00043102924-0.185208043490.59710970017951.7286662376-23.38005090857.01600437892
21.251503137690.6813705401610.2129125074192.840696847510.3937504094956.66376453163-0.032638264388-0.078146806055-0.2259300766370.1854867428260.267655882643-0.2593863204650.3280043660130.474300984809-0.2294115450670.8011109614350.119787180869-0.02659752852180.68872719442-0.0602655183940.47582260075939.4197599835-13.882091920638.7345031935
31.534249349140.842379659846-0.6302211443713.43430118812.941554405993.874514272990.2409213149270.238640249993-0.0836775944999-0.708138414824-0.558748956573-0.03454276176890.0181542080013-0.07149374882340.3103253792061.201487226420.180253954509-0.01095416719050.9265864391310.2080091015790.65655522028346.97054583043.28537485532106.452754859
46.890876877841.396946328175.571423227754.676064055614.371428175448.311041455631.01958703465-1.23177116585-0.4156646633191.20460781093-0.167231604114-0.1240681034831.66828141585-0.170435224181-0.7148169935431.11385909719-0.00895989564104-0.00484801043861.09266507711-0.001481053362280.42031235286139.6254215065-21.91813068620.9918316193
55.87536881117-1.689598048753.951208769818.34921231336-5.336443087847.108476947050.192666714689-0.796456393954-0.590979522172-0.4349869595620.8702540756730.5139114285411.17737723895-1.08748952621-0.9918332937791.323668390720.0761382126234-0.06229376273461.002833132720.05519592391730.44037758034837.3451536023-18.592760567750.5344007801
62.22452075418-0.0394555901449-0.8910192802221.44386256560.798194091651.128439033490.005155303807170.00418192337602-0.1685490831620.2002965545460.2372184731760.04321416648490.3169203221790.273414882246-0.1765947442741.373175807690.0712534873254-0.08758602285210.921761679084-0.0009080478036230.4288952269838.8920335813-17.499480461440.6802800303
74.369625002345.064609316085.270685499048.040885984595.231427482626.72674037607-1.501641240020.79646211161-0.111437292267-1.285372256330.492538301880.166494012666-0.9394876198480.6685398354630.9902291072451.14600728296-0.162940143120.06129544639170.834065734703-0.08666199365130.42831992737840.9895715882-28.038834066510.9086380988
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 320 through 344 )AA320 - 3441 - 25
22chain 'A' and (resid 345 through 487 )AA345 - 48726 - 168
33chain 'A' and (resid 488 through 552 )AA488 - 552169 - 233
44chain 'B' and (resid 1 through 10 )BC1 - 10
55chain 'B' and (resid 11 through 19 )BC11 - 19
66chain 'C' and (resid 1 through 15 )CE1 - 15
77chain 'C' and (resid 16 through 19 )CE16 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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