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- PDB-8ssr: ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ssr | |||||||||
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Title | ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20 | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / transcription factor / zinc fingers / insulator/chromatin architecture / transcription-dna complex / TRANSCRIPTION | |||||||||
Function / homology | ![]() chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / epigenetic regulation of gene expression / condensed chromosome / male germ cell nucleus ...chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / epigenetic regulation of gene expression / condensed chromosome / male germ cell nucleus / transcription coregulator binding / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Horton, J.R. / Yang, J. / Cheng, X. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures of CTCF-DNA complexes including all 11 zinc fingers. Authors: Yang, J. / Horton, J.R. / Liu, B. / Corces, V.G. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 311.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 481.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ssqC ![]() 8sssC ![]() 8sstC ![]() 8ssuC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34055.461 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Zinc finger domains 3-11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 10754.907 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: DNA chain | Mass: 10781.948 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20-25%% w/v PEG 3,350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.0-6.5, 0.05-0.20M NaCl PH range: 5.0-6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 7, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→37.59 Å / Num. obs: 46861 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 107.65 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.14→3.26 Å / Redundancy: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3269 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.338 / % possible all: 73.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 203.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.14→37.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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