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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sst
タイトルZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) K365T Mutant Complexed with 23mer
要素
  • (DNA Strand (23mer) ...) x 2
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / transcription factor / zinc fingers / insulator/chromatin architecture / transcription-dna complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / male germ cell nucleus / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Horton, J.R. / Yang, J. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of CTCF-DNA complexes including all 11 zinc fingers.
著者: Yang, J. / Horton, J.R. / Liu, B. / Corces, V.G. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
B: DNA Strand (23mer) I
C: DNA Strand (23mer) II
D: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA Strand (23mer) I
F: DNA Strand (23mer) II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,41024
ポリマ－76,2466
非ポリマー1,16418
水1,892105
1
A: Transcriptional repressor CTCF
B: DNA Strand (23mer) I
C: DNA Strand (23mer) II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,76713
ポリマ－38,1233
非ポリマー64410
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA Strand (23mer) I
F: DNA Strand (23mer) II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,64311
ポリマ－38,1233
非ポリマー5208
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.561, 41.596, 135.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 23995.758 Da / 分子数: 2 / 断片: Zinc finger domains 1-7 / 変異: K365T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: P49711

-
DNA Strand (23mer) ... , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA Strand (23mer) I


分子量: 6914.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA Strand (23mer) II


分子量: 7212.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 123分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→40.17 Å / Num. obs: 43468 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 50.72 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.315 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3842 / CC1/2: 0.387 / Rsym value: 0.753 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→40.17 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1991 4.6 %
Rwork0.2203 41322 -
obs0.2214 43313 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→40.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 1874 30 105 5149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00295337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4657586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0319827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.63592096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.250.36941200.34752490X-RAY DIFFRACTION83.07
2.25-2.310.35451350.32622840X-RAY DIFFRACTION92.45
2.31-2.380.3911360.32892840X-RAY DIFFRACTION95.85
2.38-2.450.33171430.33452968X-RAY DIFFRACTION97.62
2.45-2.540.35091400.32492906X-RAY DIFFRACTION97.01
2.54-2.640.37231460.31123021X-RAY DIFFRACTION99.5
2.64-2.760.29851470.28763055X-RAY DIFFRACTION99.66
2.76-2.910.28491440.28142993X-RAY DIFFRACTION99.49
2.91-3.090.29631460.27973030X-RAY DIFFRACTION99.37
3.09-3.330.24471430.24162933X-RAY DIFFRACTION96.61
3.33-3.670.19771420.20212942X-RAY DIFFRACTION95.87
3.67-4.20.23791480.19453088X-RAY DIFFRACTION99.94
4.2-5.280.19821500.17643090X-RAY DIFFRACTION99.85
5.29-40.170.19481510.16073126X-RAY DIFFRACTION97.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.18286441286-0.120284562522-2.434717822315.95210652717-0.06370830607455.066683251980.4058636985251.363775779690.538730113939-0.4583641748180.374822010698-0.0593387907924-1.222144279860.00567998972312-0.6664294273130.9378954840470.02575384955150.2673895930350.9086642826710.03655956233510.53811864432270.91198746162.871324095544.91161083201
24.006356712560.460612752955-0.5245197544362.099456998350.4814651616255.880558292770.3720737751890.529887367648-0.0717543673977-0.254904581305-0.3758744995080.227776690698-0.313090294239-0.204829352683-0.02849768686060.4928521165560.197572649848-0.004999547053220.555833398311-0.1615779665240.39218071265364.5941573001-6.3395449233928.8855684524
38.254058960810.350262487758-0.9344398575287.274265740012.651015585722.547181681880.449712664833-0.2928870014430.7181423674830.647422833986-0.1210595571780.185615503128-0.4011048116370.320843968329-0.3599911551240.5919292142060.01942474760460.02100967603530.304579651098-0.04505060186180.44749991932274.1868228136-3.1887804647153.6997679148
40.8487693813812.06552064909-2.115784511399.35006327089-4.921055370952.141492991510.970669438351.713656744691.68051085640.289240543543-0.7433722020021.12311171731-1.655425431790.038842401422-0.2115887486011.374927717890.515523578240.05524507279282.303993696110.9509014530221.0879760600661.4676366317.867944647712.54284227555
53.19398390304-2.351070204912.554931331016.99161658984-6.78036766142.642958283680.1884066639620.485219953913-0.2481514056670.2003339077770.2243959174660.09574746756010.6322279096630.374046845634-0.4072155299750.5278063970320.0578324499758-0.07669462776280.391368863567-0.06975032143850.35142778214868.2801988741-8.925981321135.9131918059
60.1828290624360.593096650651.068454430380.5814949793871.075569035968.27103188890.1455719919910.263236816499-0.1211753327560.014411260729-0.002222145663330.0884010824019-0.448065126650.213897590271-0.1582938358720.4532473359610.1589718101370.009498003531720.406326808728-0.05980176660050.39430440118768.5807556101-6.020852494832.368200206
77.34583263673-0.2442618080211.051184626969.04108347297-3.035778937823.307049839780.6033923275932.037770496391.8048740194-1.474095770961.305957578331.89281407662-1.47228884726-1.85735301469-1.689887331241.616718806310.5985939704950.3156816421712.248740732650.7338892674631.1207432561359.40121984449.79557443618-0.740319768316
86.47334085187-1.18254563745-7.060259859590.3267440220450.795326534489.987545710130.6823023686092.09763981012-0.699077653391-2.121139586790.0195638221794-2.73557892730.5711731565742.32690122572-0.72551819611.71285661240.008095797205640.4692585544922.46028754311-0.6365210853931.6220240276932.12523099515.6645985971712.3455888055
95.458075103411.77424681134-5.165207664755.85185585656-1.488525351217.980809168030.5324659142843.251818823671.80790563509-1.01288943341-0.1474676714020.041800283357-1.02951118187-1.77371026055-0.3855499715270.8371607760220.389922477288-0.1214761719931.545320292190.1284787813631.0201469884518.610050224416.163397792725.1371862894
103.55280217130.6302146373470.8211597708141.87378614958-0.1499123536841.767175976650.4097084797080.64403898165-0.531601460062-0.120015967466-0.1730964071940.1181596621420.197298824597-0.228971050704-0.2352758574610.487904882760.254313014364-0.05395404941640.739820729239-0.2080435117520.57998847108233.02437165172.024366020238.9995690977
113.36234762136-0.461700320691-0.2520401924054.09554507659-3.038735972317.35871934430.04880246272890.227017609443-0.2242483156990.0690836738008-0.19698938751-0.0394343601915-0.171671164773-0.4424182246870.1223246136490.4629591214280.0685969415517-0.003373311895440.218812438722-0.1308726303950.44760348904342.708682562716.686118500262.4453829301
120.6159200945820.51949489201-0.2554172930732.63448606792.63435698033.864748739420.632584744007-0.200084117978-0.201361049643-0.9218403795590.6906761759360.438599572845-0.161749751327-0.684791924852-0.2378744524271.59074594674-0.525046020049-0.6919599090463.24169479946-2.428387808751.591488931620.3459669384-2.2350894536421.765354322
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192.01912522803-0.751255699939-2.343844329270.06689497256850.3854002335692.003500099922.398049488422.69955001531.39863357736-0.801834570704-0.5336277993662.04374025509-0.6903033283390.379533777585-1.927835373171.583031318310.1908116899350.07550109682432.480015743970.7250367151211.9350900033748.15615604415.28930960419-5.3648671937
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 289 through 344 )DN289 - 34425 - 80
22chain 'D' and (resid 345 through 429 )DN345 - 42981 - 165
33chain 'D' and (resid 430 through 462 )DN430 - 462166 - 198
44chain 'E' and (resid 1 through 10 )EV1 - 10
55chain 'E' and (resid 11 through 23 )EV11 - 23
66chain 'F' and (resid 1 through 15 )FW1 - 15
77chain 'F' and (resid 16 through 23 )FW16 - 23
88chain 'A' and (resid 265 through 287 )AA265 - 2871 - 23
99chain 'A' and (resid 288 through 305 )AA288 - 30524 - 41
1010chain 'A' and (resid 306 through 374 )AA306 - 37442 - 110
1111chain 'A' and (resid 375 through 461 )AA375 - 461111 - 197
1212chain 'B' and (resid 1 through 5 )BJ1 - 5
1313chain 'B' and (resid 6 through 15 )BJ6 - 15
1414chain 'B' and (resid 16 through 23 )BJ16 - 23
1515chain 'C' and (resid 1 through 10 )CK1 - 10
1616chain 'C' and (resid 11 through 15 )CK11 - 15
1717chain 'C' and (resid 16 through 20 )CK16 - 20
1818chain 'C' and (resid 21 through 23 )CK21 - 23
1919chain 'D' and (resid 265 through 288 )DN265 - 2881 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る