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- PDB-8ssp: AurA bound to danusertib and activating monobody Mb1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssp
タイトルAurA bound to danusertib and activating monobody Mb1
要素
  • Aurora kinase A
  • Mb1
キーワードTRANSFERASE / Complex / Kinase / Monobody
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / mitotic centrosome separation ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / mitotic centrosome separation / pronucleus / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / neuron projection extension / spindle organization / centrosome localization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / spindle midzone / SUMOylation of DNA replication proteins / negative regulation of protein binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / liver regeneration / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / peptidyl-serine phosphorylation / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein autophosphorylation / midbody / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-627 / 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ludewig, H. / Kim, C. / Kern, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A biophysical framework for double-drugging kinases.
著者: Kim, C. / Ludewig, H. / Hadzipasic, A. / Kutter, S. / Nguyen, V. / Kern, D.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
B: Mb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,82513
ポリマ－43,4812
非ポリマー1,34311
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.517, 90.805, 143.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-668-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified kinase / Ipl1- and aurora-related kinase 1 / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase Ayk1 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 32903.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Mb1


分子量: 10577.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 123分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 化合物 ChemComp-627 / N-[(3E)-5-[(2R)-2-METHOXY-2-PHENYLACETYL]PYRROLO[3,4-C]PYRAZOL-3(5H)-YLIDENE]-4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)BENZAMIDE / Danusertib / PHA-739358 / ダヌセルチブ


分子量: 474.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals of AurA in complex with Mb1 and danusertib were obtained by combining 2 uL of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb1 + 2 mM AMPPCP + 4 mM MgCl2 with 2 ul reservoir of 0.1 M ...詳細: Crystals of AurA in complex with Mb1 and danusertib were obtained by combining 2 uL of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb1 + 2 mM AMPPCP + 4 mM MgCl2 with 2 ul reservoir of 0.1 M MES pH 6.5 + 0.2 M Ammonium sulfate + 4% (v/v) 1,3-propanediol + 15-18% PEG 8000. Streak seeding was used to obtain bigger crystals. Crystals were grown at 18 degC by hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.4 Å / Num. obs: 15516 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1933 / Net I/σ(I): 8.74
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 1.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 1519 / CC1/2: 0.871

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.4 Å / SU ML: 0.3581 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.4422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1065 6.89 %
Rwork0.1977 14403 -
obs0.2018 15468 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2868 0 87 112 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00163045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44854128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0408437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9086434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.36351400.30041749X-RAY DIFFRACTION99.06
2.72-2.860.36221220.27851762X-RAY DIFFRACTION99.31
2.86-3.040.32691340.25421787X-RAY DIFFRACTION99.64
3.04-3.280.32661250.23851777X-RAY DIFFRACTION99.69
3.28-3.610.24991390.20521797X-RAY DIFFRACTION99.85
3.61-4.130.25121400.16241788X-RAY DIFFRACTION99.9
4.13-5.20.16421310.14551826X-RAY DIFFRACTION100
5.2-45.40.24081340.18261917X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.327784653840.39905772269-2.033582848912.7968168542-0.5099304683612.506364629590.0407960080574-0.2271528393690.02596413704520.8628275396020.01274905419620.160021158345-0.630442159704-0.197705599638-0.05366547384320.7410656568710.09613135731590.02693309071870.2584524568230.05785090235410.361093021302-24.9605392073-10.2664742546-21.0195604165
21.51852403962-0.57428898838-0.6980984242643.993599601660.3525702211452.71476482655-0.0118775365306-0.1307410772750.07652613789280.6799996373770.07489176766720.137933016974-0.290457898572-0.0339175086105-0.04428841425170.4540099561730.018742557305-0.02911867105290.2232425774190.008647220287260.302624168035-16.6101907038-22.8730640968-25.4185128057
34.240192637311.42297515886-1.034159863626.118989983-4.727493104236.82201709269-0.2060625881580.13136327936-0.2709377230740.439636216180.3944798000110.08982435471640.49388551393-0.266880450392-0.0602465966260.3692940261770.02709619875040.06194620212180.140610777688-0.03238440958950.190228659546-15.6667785179-27.2930661203-27.6820725102
41.19836431771-0.8971687843830.7357695692270.621398754449-0.3916893098110.575713586170.00291574772009-0.187842839412-0.1217194875620.8656976944970.2257756367220.1472980487370.191717106487-0.285572766606-0.254410581630.845917980672-0.112337703740.0616325751760.3413683280080.0397310596370.348806205113-20.7100039472-37.9887411103-21.8767490356
53.651228778160.950203043159-0.7539985790575.10126363605-0.6054696083922.36438693163-0.1217098951810.138812949154-0.2887898548620.01553215979570.0284045301611-0.08575097406830.707943027393-0.2520966804490.1476382366850.49822625977-0.04753420335370.01432863282490.205224967651-0.01972997962460.238529316468-16.2280795167-42.5140391312-36.105756242
64.50457183059-1.42215695475-0.5908041206221.75083882642-1.97045839895.52482949467-0.1111339530080.414995257789-0.4641418288210.587386161732-0.183897280583-1.061895345780.5947740118970.6258851738110.5339871103360.440364749230.0612068000683-0.08234162212760.1651817705760.111121237370.487017435826-0.237764329573-34.732395731-33.8275548836
75.380528402840.7676393784122.528702177125.10476076671.814373085972.56552483646-0.115723877802-0.4783495139-0.6019418440631.31721780711-0.425599373879-0.3706965001860.3008843787320.9425690288570.6277374781580.9321120871230.0274006778895-0.1267589142360.6902631376450.2550288614390.536728208887-15.9983298849-40.20210496974.65946783895
83.79719121715-3.641387234764.964701130274.69391658056-6.715550710132.331618264510.0344315586777-0.960899203919-0.1680513673551.44061392590.2694301087850.740110434433-0.772759784532-1.33757110942-0.6969782924881.255705140830.1098706501580.05245434406950.6296207827550.07177816396230.506854481005-21.5778241387-26.4167310866-0.931052461405
91.97269977366-0.3083164078271.016995251321.270921693021.464256469342.69562069088-0.530954584885-0.4429806130410.845281549-0.7842290464190.320100562494-0.133492648157-1.776659508261.46305874830.2422312590592.26165496689-0.572895973198-0.4002964091851.36265685682-0.2037748863780.441142718246-10.1330672502-28.232811769818.2981896684
103.03823342843-0.95217378283-0.4195080419952.43888697507-1.867563067222.2715686810.0151281082081-0.339937638377-0.2040856391840.4578292314790.02223203004480.227116570453-1.491810179320.1445978068890.1066970453431.30249941122-0.0615407131829-0.1406194914430.558175811590.02873595324750.358313370604-15.584616206-30.61846628264.88850987396
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 126 through 172 )AA126 - 1721 - 47
22chain 'A' and (resid 173 through 250 )AA173 - 25048 - 125
33chain 'A' and (resid 251 through 269 )AA251 - 269126 - 144
44chain 'A' and (resid 270 through 307 )AA270 - 307145 - 182
55chain 'A' and (resid 308 through 373 )AA308 - 373183 - 248
66chain 'A' and (resid 374 through 389 )AA374 - 389249 - 264
77chain 'B' and (resid 9 through 23 )BK9 - 231 - 15
88chain 'B' and (resid 24 through 44 )BK24 - 4416 - 36
99chain 'B' and (resid 45 through 51 )BK45 - 5137 - 43
1010chain 'B' and (resid 52 through 96 )BK52 - 9644 - 88

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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