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- PDB-8ssn: Abl kinase in complex with SKI and asciminib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssn
タイトルAbl kinase in complex with SKI and asciminib
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Complex / Kinase / double drugging
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation ...: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation / activation of protein kinase C activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Myogenesis / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / neuromuscular process controlling balance / regulation of endocytosis / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / actin monomer binding / endothelial cell migration / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of T cell migration / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cell adhesion / BMP signaling pathway / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / post-embryonic development / thymus development / regulation of autophagy / neural tube closure / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
asciminib / Chem-SKI / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Ludewig, H. / Kim, C. / Kern, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A biophysical framework for double-drugging kinases.
著者: Kim, C. / Ludewig, H. / Hadzipasic, A. / Kutter, S. / Nguyen, V. / Kern, D.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,66414
ポリマ－102,3822
非ポリマー2,28312
水91951
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4769
ポリマ－51,1911
非ポリマー1,2858
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1885
ポリマ－51,1911
非ポリマー9974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.478, 103.213, 107.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 51190.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase

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非ポリマー , 6種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-AY7 / asciminib


分子量: 449.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18ClF2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SKI / 6,7-dimethoxy-N-(4-phenoxyphenyl)quinazolin-4-amine / N-(4-フェノキシフェニル)-6,7-ジメトキシ-4-キナゾリンアミン


分子量: 373.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals of AblFL in complex with SKI and asciminib were obtained by combining 0.3 ul of 600 uM AblFL + 700 uM SKI + 700 uM asciminib (~32 mg/ml) in 5 percent DMSO with 0.4 ul reservoir of 0. ...詳細: Crystals of AblFL in complex with SKI and asciminib were obtained by combining 0.3 ul of 600 uM AblFL + 700 uM SKI + 700 uM asciminib (~32 mg/ml) in 5 percent DMSO with 0.4 ul reservoir of 0.1 M Tris-HCl pH 8 + 1.75 M Ammonium sulfate + 2 percent (v/v) polypropylene glycol 400 (PPG 400). The final stock of complex was concentrated from 1 uM AblFL with ~1.2 uM SKI/asciminib after incubation at 4 degree C for 6 h. Screening around this condition yielded crystals in a transparent diamond-shaped or plate-shaped crystals. Crystals were grown at 18 degree C by sitting drop for a few days. The crystals were transferred to a drop of fresh reservoir containing 20 percent Xylitol with matching concentration of inhibitors in 5 percent DMSO for few seconds for cryo-protection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.04054 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04054 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→47.83 Å / Num. obs: 24343 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 73.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08614 / Net I/σ(I): 4.93
反射 シェル解像度: 2.86→2.967 Å / Rmerge(I) obs: 1.367 / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 2372 / CC1/2: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→47.83 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 1189 4.96 %
Rwork0.2977 --
obs0.3002 23968 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 150 51 6667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7299170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.753906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-2.990.42131380.39682601X-RAY DIFFRACTION92
3-3.150.42251460.36062836X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.350.36151400.33762844X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.610.3961350.29442871X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.970.31341810.26172850X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.550.28821470.24412859X-RAY DIFFRACTION99
4.55-5.730.36491500.27612916X-RAY DIFFRACTION99
5.73-47.830.3461520.32593002X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11591.1619-0.11191.65390.27920.1228-0.28370.48250.5035-0.54140.3539-0.3685-0.2817-0.1843-0.09681.0403-0.1280.01990.0804-0.04120.4193-41.45651.534811.2098
21.5846-0.4744-0.87360.88080.88661.4072-0.0509-0.45120.31150.00820.0210.3679-0.0414-0.04350.01920.8392-0.09190.03790.2009-0.02860.3498-32.1525-1.397524.8009
33.2169-0.0956-0.45420.0370.3993.54220.2925-0.3171-0.3484-0.1399-0.2215-0.65150.08530.133-0.09550.67180.0275-0.01430.2189-0.01320.453-19.6099-10.3321.5287
40.79860.29580.05672.1202-1.24181.9135-0.0043-0.6347-0.23890.4015-0.0141-0.245-0.2668-0.14070.13650.5793-0.0584-0.08430.64360.37580.3333-14.9056-16.625937.6978
50.58490.54090.2251.855-0.94532.2066-0.0999-0.0736-0.26520.0062-0.06950.3372-0.50990.21260.04490.9802-0.04260.08650.359-0.07250.848339.1396-22.422816.0287
64.17721.22920.44574.4116-0.64165.9315-0.1726-0.50440.36750.5169-0.3802-0.0178-0.10330.33210.47560.7771-0.05810.00830.49970.10030.811842.821-27.501736.5235
73.17041.04010.31192.1890.72234.010.21190.4646-0.142-0.3574-0.0931-0.0121-0.3371-0.4846-0.11330.80230.22450.06420.4378-0.09330.606621.0903-10.783716.977
82.684-1.42390.44965.68981.47092.75530.1387-0.7140.8460.0757-0.30350.08420.00320.0350.07820.7513-0.17220.07350.7595-0.36141.004415.8351-4.462735.7207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 311 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 312 through 403 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 404 through 526 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 82 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 173 through 241 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 242 through 375 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 376 through 525 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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