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万見
- PDB-8ssm: Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssm
タイトルCitrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) toxin (CdiA-CT) and immunity (CdiI) complex
要素
  • CdiI (immunity protein)
  • Contact-dependent inhibitor A
キーワードTOXIN / Immunity protein / Peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / BRCT domain profile. / BRCT domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial usher protein StbD / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter rodentium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical studies into Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) peptidase toxin
著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Contact-dependent inhibitor A
C: CdiI (immunity protein)
A: Contact-dependent inhibitor A
D: CdiI (immunity protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5706
ポリマ－53,3864
非ポリマー1842
水3,423190
1
B: Contact-dependent inhibitor A
C: CdiI (immunity protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7853
ポリマ－26,6932
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
2
A: Contact-dependent inhibitor A
D: CdiI (immunity protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7853
ポリマ－26,6932
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.349, 114.410, 114.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Contact-dependent inhibitor A / CdiA-CT (toxin protein)


分子量: 15474.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
遺伝子: stbD, E2R62_11320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482PFX0
#2: タンパク質 CdiI (immunity protein)


分子量: 11218.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
遺伝子: ROD_29401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2TJN9
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→43.05 Å / Num. obs: 18868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.48→2.53 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2119 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.948 / Χ2: 1.02 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8SSK + AlphaFold model

8ssk


解像度: 2.48→43.05 Å / SU ML: 0.3127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1885 10 %
Rwork0.1869 16959 -
obs0.1918 18844 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3625 0 12 191 3828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53315080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4513501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.550.36411420.27271283X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.331410.23321273X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.710.32331450.23531289X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.80.27321430.22951296X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.920.27271450.23781304X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.050.28011430.22311280X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.210.29251420.22131285X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.410.25361440.20621296X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.670.26041470.18891318X-RAY DIFFRACTION99.86
3.67-4.040.1851420.16051287X-RAY DIFFRACTION99.93
4.04-4.630.18591490.13881338X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.830.20691480.15031327X-RAY DIFFRACTION100
5.83-43.050.18941540.17441383X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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