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万見
- PDB-8ssk: Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssk
タイトルCitrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) entry and toxin (CdiA-CT) domains
要素Fimbrial usher protein StbD
キーワードTOXIN / Peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / BRCT domain profile. / BRCT domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Fimbrial usher protein StbD
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter rodentium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Citrobacter rodentium contact dependent growth inhibition (CDI) entry and toxin (CdiA-CT) domains
著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Nhan, D.Q.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02025年3月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_modification_feature.auth_seq_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 3.02025年4月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _cell.angle_beta / _cell.volume ..._cell.angle_beta / _cell.volume / _entity.pdbx_description / _pdbx_modification_feature.auth_seq_id / _pdbx_modification_feature.label_alt_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
解説: Model orientation/position
詳細: We wanted to simplify the modeling/occupancy of the disulfide bond between C70 and C77 for ease of discussion.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial usher protein StbD
B: Fimbrial usher protein StbD
C: Fimbrial usher protein StbD
D: Fimbrial usher protein StbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,69037
ポリマ－134,3064
非ポリマー2,38433
水22,5191250
1
A: Fimbrial usher protein StbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1118
ポリマ－33,5761
非ポリマー5347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fimbrial usher protein StbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0117
ポリマ－33,5761
非ポリマー4346
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fimbrial usher protein StbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,40613
ポリマ－33,5761
非ポリマー83012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fimbrial usher protein StbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1629
ポリマ－33,5761
非ポリマー5868
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20290 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area47180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.870, 113.982, 87.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.388, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fimbrial usher protein StbD / CdiA-PT/CT


分子量: 33576.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
遺伝子: stbD, E2R62_11320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482PFX0

-
非ポリマー , 5種, 1283分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.26 Å / Num. obs: 101283 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4996 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.748 / Rrim(I) all: 1.409 / Χ2: 0.99 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.26 Å / SU ML: 0.1846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.245
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1937 10055 9.94 %
Rwork0.166 91125 -
obs0.1688 101180 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8802 0 146 1250 10198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00469212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.650812512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04241378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2333187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.31523320.27083007X-RAY DIFFRACTION98.09
1.92-1.940.29043270.24783028X-RAY DIFFRACTION98.59
1.94-1.970.26193460.23633073X-RAY DIFFRACTION98.84
1.97-1.990.25283310.22462992X-RAY DIFFRACTION98.43
1.99-2.020.2713380.22213018X-RAY DIFFRACTION98.24
2.02-2.050.26013230.21663035X-RAY DIFFRACTION98.3
2.05-2.080.24873270.21233009X-RAY DIFFRACTION96.75
2.08-2.110.24343340.20092890X-RAY DIFFRACTION94.99
2.11-2.140.21613360.1883058X-RAY DIFFRACTION99.09
2.14-2.170.21863390.18523075X-RAY DIFFRACTION99.56
2.17-2.210.21113250.17313064X-RAY DIFFRACTION99.47
2.21-2.250.20623320.17343068X-RAY DIFFRACTION99.24
2.25-2.30.19573560.1673030X-RAY DIFFRACTION98.92
2.3-2.340.19823260.16043046X-RAY DIFFRACTION98.71
2.34-2.390.21283310.16533072X-RAY DIFFRACTION98.52
2.39-2.450.2173320.16443007X-RAY DIFFRACTION98.18
2.45-2.510.21433330.17012971X-RAY DIFFRACTION97.18
2.51-2.580.22383300.17253010X-RAY DIFFRACTION96.45
2.58-2.650.20363420.16783056X-RAY DIFFRACTION99.3
2.65-2.740.19923380.16153040X-RAY DIFFRACTION99.29
2.74-2.840.17053360.15343066X-RAY DIFFRACTION99.21
2.84-2.950.1683310.15933074X-RAY DIFFRACTION99.27
2.95-3.090.21193450.16693055X-RAY DIFFRACTION98.89
3.09-3.250.19893390.16242995X-RAY DIFFRACTION97.69
3.25-3.450.16883330.15253011X-RAY DIFFRACTION96.96
3.45-3.720.16693400.14683102X-RAY DIFFRACTION99.65
3.72-4.090.14423360.12843058X-RAY DIFFRACTION99.04
4.09-4.680.13513400.12193074X-RAY DIFFRACTION98.53
4.68-5.90.18293390.15523047X-RAY DIFFRACTION97.95
5.9-39.260.19263380.1873094X-RAY DIFFRACTION97.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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