PDB-8ss1: Structure of a bacterial death-like domain from Azospirillum sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ss1

タイトル

Structure of a bacterial death-like domain from Azospirillum sp.

要素

Serine protease

キーワード

IMMUNE SYSTEM / death fold / scaffold / adaptor / CARD / PYD / DD / DED / programmed cell death / pyroptosis

機能・相同性

Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / proteolysis / Serine protease

機能・相同性情報

生物種

Azospirillum sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Johnson, A.G. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: CARD-like domains mediate anti-phage defense in bacterial gasdermin systems.
著者: Wein, T. / Johnson, A.G. / Millman, A. / Lange, K. / Yirmiya, E. / Hadary, R. / Garb, J. / Steinruecke, F. / Hill, A.B. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ss1.cif.gz	110.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ss1.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ss1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ss1_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ss1_full_validation.pdf.gz	422.4 KB	表示
XML形式データ	8ss1_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8ss1_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ss1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ss1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8srzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine protease

B: Serine protease

23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease

B: Serine protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.959, 65.367, 38.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.061, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Serine protease 分子量: 11652.190 Da / 分子数: 2 / 断片: Bacterial death-like domain, residues 13-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azospirillum sp. (バクテリア) / 遺伝子: TSO352_05040 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2U1VUZ9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine protease

分子量: 11652.190 Da / 分子数: 2 / 断片: Bacterial death-like domain, residues 13-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Azospirillum sp. (バクテリア) / 遺伝子: TSO352_05040 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2U1VUZ9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES-KOH (pH 7.5), 200 mM ammonium acetate, and 25% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→36.24 Å / Num. obs: 14427 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.13 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / Num. unique obs: 850 / CC_1/2: 0.526

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→36.24 Å / SU ML: 0.2552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.8714
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	1441	10.11 %
R_work	0.2041	12817	-
obs	0.2078	14258	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→36.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1535	0	0	121	1656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	1559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6118	2100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0373	227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9077	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.94	0.3763	129	0.2846	1156	X-RAY DIFFRACTION	88.74
1.94-2.02	0.2803	147	0.2403	1251	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.02-2.11	0.2779	142	0.2221	1295	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.11-2.23	0.2632	142	0.2079	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.23-2.37	0.2654	145	0.2065	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.37-2.55	0.2761	146	0.2057	1292	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.55-2.8	0.2975	147	0.2075	1292	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.8-3.21	0.236	139	0.2046	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.21-4.04	0.1915	149	0.1846	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.04-36.24	0.209	155	0.1977	1333	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0691752946	-0.590176295472	-0.653300276277	0.768631649606	-0.0378652123828	0.708274170516	-0.104991882865	0.0750218333429	-0.0350866621464	-0.0158651386402	-0.0795056903692	0.0431125970833	0.26663490835	-0.13619336057	-0.0157602123871	0.264475193727	0.0227323869651	0.0322208510051	0.196724767094	0.0154085587157	0.202621166164	-4.48541454391	-0.542171776107	9.93725598285
2	0.58194414586	0.0414235763968	0.0479690919644	0.547397480322	-0.0237079515524	0.423481783665	-0.0590963006772	0.175366766138	-0.129863260636	-0.172875617691	-0.107004094227	-0.139789516957	0.0540910600655	0.27804978362	-0.160024312279	0.500318548815	-0.0237102636097	0.179911573916	0.256043983702	0.0579297682966	0.280587561746	8.80220433852	1.343377382	3.85051387802
3	1.7900946973	-0.295880802739	0.438688424309	0.456862487801	-0.333036323037	0.719229943851	-0.297791857959	-0.259171664205	0.455834663686	0.0509755713181	0.0316032991181	-0.498786381955	0.0456071502288	0.175905006609	-0.0347585704174	0.294816841579	0.0544749259541	0.0163087184621	0.226828098401	-0.0121977808565	0.257856405787	5.11275941887	3.0822981383	12.1867057033
4	0.96067832079	-0.106347873403	0.380628216413	1.0200898419	-0.290443007225	0.904843715785	0.0859594373571	-0.129129545294	0.0758684632782	0.417323284707	-0.0740332828877	0.574008160683	0.130651565818	-0.252922380678	-0.0337879718229	0.352675380997	0.00740713046579	0.065769251939	0.211314915418	-0.00611606928894	0.239502972435	-10.6807337937	-1.64280568044	18.4626740358
5	0.282800994628	0.279666548353	-0.307617317006	0.560523976855	-0.0317369234588	0.532297099751	0.502937701492	0.21804086963	-0.309806566567	0.190657502341	-0.128071787085	-0.0650855452979	0.72431862058	0.26983843771	0.00659103916099	0.24458276477	0.0307224786486	0.00838474031535	0.240681683596	-0.0231723614408	0.193074496508	-13.2497578344	-20.67734315	-2.98695904223
6	0.015976706709	0.0895583133527	-0.21996474196	0.271932753173	-0.135291123515	0.190237934105	0.184896397033	-0.179909313499	0.190311561822	0.0458987160987	-0.143605634289	0.0938444218999	-0.30728691105	-0.0458567063907	-3.64089359598E-5	0.331435992476	0.00148770281672	0.0665979526212	0.221205812096	-0.00530120795927	0.243312471318	-16.5310463551	-12.7607323695	9.63118521732
7	0.403921140157	0.347463951081	-0.291325636549	0.478617223813	-0.395450816472	0.772723671825	0.272088924446	0.137087893582	0.25133924246	-0.15073279015	0.0755052764662	0.245897527857	-0.603038486261	-0.378141590211	0.0699543255844	0.240977093345	-0.0383059534687	0.0253404599874	0.187905866781	-0.00585493076543	0.190938971923	-18.4807687866	-25.5607442945	13.1746201861
8	0.198132575792	-0.223643138018	-0.245410133096	0.499869040344	0.0807881943918	0.308890762635	-0.0274826524388	-0.22814455812	-0.0416056138181	0.0965654287866	-0.00840866807312	0.0867374899991	0.0178838504308	-0.0753271706485	0.000941701433372	0.374107207625	-0.0269804437301	0.0996096057568	0.276051540722	0.00532720988177	0.251304231552	-18.3317148862	-22.4912428432	4.52481343318
9	0.0578904945881	0.111729654958	-0.110122948294	0.544653518958	0.371231709648	0.731384292293	-0.00231686079211	-0.0544809181752	0.251258381503	-0.319726226883	0.135887649143	-0.0997086779693	-0.350874901745	0.0850804628651	-0.00718717309938	0.283498990848	-0.00175992522395	0.0189025902647	0.226525550063	0.0107802296826	0.255192548455	-13.5325873334	-11.138348272	-0.671757259468
10	0.702865761608	-0.0767979371002	-0.203835378918	0.312918656595	0.168718028109	0.185723712603	-0.443496194057	0.906515854894	0.382705569329	-0.574775118208	0.505885343622	0.357849876137	-0.400030799297	0.332681210459	-0.00530243295393	0.47651078105	-0.00381672670285	0.0846666902364	0.293489854137	-0.0301055178904	0.249202546646	-6.90545178532	-15.4710675859	-10.4076813098

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 43 )	A	A	12 - 43	1 - 32
2	2	chain 'A' and (resid 44 through 57 )	A	A	44 - 57	33 - 46
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 78 )	A	A	58 - 78	47 - 67
4	4	chain 'A' and (resid 79 through 109 )	A	A	79 - 109	68 - 98
5	5	chain 'B' and (resid 12 through 24 )	B	B	12 - 24	1 - 13
6	6	chain 'B' and (resid 25 through 43 )	B	B	25 - 43	14 - 32
7	7	chain 'B' and (resid 44 through 63 )	B	B	44 - 63	33 - 46
8	8	chain 'B' and (resid 64 through 78 )	B	B	64 - 78	47 - 61
9	9	chain 'B' and (resid 79 through 96 )	B	B	79 - 96	62 - 79
10	10	chain 'B' and (resid 97 through 108 )	B	B	97 - 108	80 - 91

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)