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- PDB-8srz: Structure of a bacterial death-like domain from Lysobacter enzymogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8srz
タイトルStructure of a bacterial death-like domain from Lysobacter enzymogenes
要素Probable serine protease FE772_23065
キーワードIMMUNE SYSTEM / death fold / scaffold / adaptor / CARD / PYD / DD / DED / programmed cell death / pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / defense response to virus / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trypsin-like peptidase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine protease FE772_23065
類似検索 - 構成要素
生物種Lysobacter enzymogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Johnson, A.G. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: CARD-like domains mediate anti-phage defense in bacterial gasdermin systems.
著者: Wein, T. / Johnson, A.G. / Millman, A. / Lange, K. / Yirmiya, E. / Hadary, R. / Garb, J. / Steinruecke, F. / Hill, A.B. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine protease FE772_23065
B: Probable serine protease FE772_23065


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6032
ポリマ－20,6032
非ポリマー00
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.252, 58.252, 122.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable serine protease FE772_23065 / Trypsin-like protease 2


分子量: 10301.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア)
遺伝子: FE772_23065, Ga0399710_4915, GLE_4745 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S2DN74, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→46.64 Å / Num. obs: 64141 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 17.3 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 64141 / CC1/2: 0.881

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.1_4122位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→38.92 Å / SU ML: 0.1257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1776 1996 3.12 %
Rwork0.1586 62042 -
obs0.1591 64038 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1400 0 0 325 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02041434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54871948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1074206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0204258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1024510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.25271380.22784294X-RAY DIFFRACTION96.31
1.28-1.320.21961400.19964360X-RAY DIFFRACTION97.15
1.32-1.350.21211410.19324413X-RAY DIFFRACTION97.98
1.35-1.40.18491410.20274362X-RAY DIFFRACTION98.34
1.4-1.450.23981380.19024393X-RAY DIFFRACTION98.52
1.45-1.510.18941400.17154439X-RAY DIFFRACTION98.81
1.51-1.570.15461430.15594469X-RAY DIFFRACTION99.18
1.57-1.660.17061430.15894430X-RAY DIFFRACTION99.39
1.66-1.760.17861510.16014462X-RAY DIFFRACTION99.59
1.76-1.90.19141440.16744435X-RAY DIFFRACTION99.74
1.9-2.090.17111430.15384499X-RAY DIFFRACTION99.85
2.09-2.390.16521450.14334468X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-3.010.1861430.15864499X-RAY DIFFRACTION100
3.01-38.920.16681460.15064519X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1134129513210.026647506303-0.002830561770990.314925352457-0.1120634357660.08222648371830.1019306133180.193233889399-0.362483837163-0.333573055314-0.02755072130020.15421983330.4821132381040.3880379727750.007101431044510.2287916327610.0632827961067-0.01162354833760.197656381677-0.02436078926830.2035737968858.5203211544621.261185923137.4172935795
20.193076047669-0.0656938149441-0.114925557202-0.001252685321150.007627697625270.392346414044-0.0521068467138-0.02286209748560.0207101013320.02456062399440.01228296690750.0185054563132-0.283901977411-0.0272106720956-6.8048625756E-50.1539266594740.00736198601883-0.0147419250770.1275603238680.006074904391650.1394620072614.7574951283633.502979874845.4811666024
30.44617851902-0.1189003575460.3339825105840.4929464299080.2159635205180.512230594482-0.02171234645160.126805188733-0.0194691245561-0.0703042136335-0.00602128226542-0.09459764385130.1904549819790.438449542225-0.0005734407506180.1321170977750.0213571452484-0.005647979226130.1943353674350.01632028055580.1522798150913.653880254426.30493678847.2754968023
40.191468968044-0.0388527388070.1468803491040.05242084172680.08102683030430.1921717862-0.06765825506430.058835839785-0.08514847302230.000993086003418-0.01050313223520.08782579035680.0511588476418-0.0519527309633-0.01477840020590.1196639304280.00953435209567-0.01511567655720.130096164762-0.002308183620510.134563525208-1.6235277719928.757472453246.757149488
50.6032885670050.266009131988-0.2663502542610.124674437124-0.01049088964051.00730085563-0.1218979667350.1926375146360.0625390379701-0.09398298794980.02949553248340.02928436940510.0222097719081-0.0572470306133-0.1273477560880.167145980901-0.0255672954731-0.06224578037210.159727007796-0.01006827706440.171357462851-6.1098350207827.571452967138.1049589508
60.133889109986-0.0907699559282-0.09380746288610.0943334877030.05679500773130.11997176908-0.0819298937831-0.0712024584056-0.257227843120.1118742631150.0198906297084-0.02504023469920.133787023302-0.106558867555-0.0003102911148680.164123524148-0.009151441233340.02822190883870.1814062306650.00736258653630.172247705641-4.5567009954825.271219218171.2431534745
70.0477041303512-0.04731720591550.02775999962770.105909417278-0.1276633913670.195536249944-0.03714241075010.01175691611740.07078929200660.00513385466368-0.01507083782150.0237060063842-0.116415023610.0151521813304-5.46003000063E-50.155638344502-0.0133770752054-0.01045333010730.144004362679-0.01485097082440.164037480495-0.81445324369634.964778634460.4642233182
80.2547629708950.0704564399196-0.08259144490280.6401450520940.01389382189290.329115187665-0.1112916118020.1304257268660.168496904903-0.150633182065-0.0345063655840.3648122917350.014781463617-0.287975901360.01140248077660.135344124129-0.0215456390934-0.01612371499180.167417257054-0.02516842551480.232329760334-12.059476095830.934541283257.3754866754
90.2054504125430.03272987284780.03252932407160.06643208710420.07376362787490.111262542056-0.0748895339102-0.009409118261230.0540416421325-0.126678245183-0.001690479881090.2169086743450.0399407267711-0.262521407425-0.0001990512973250.173120492108-0.0320300550939-0.01175263356070.168586068101-0.001345024619940.173504668139-8.8334200236326.480504069463.646981659
100.351905273836-0.3454015825240.0170895672820.17695976184-0.0341934240140.520438940273-0.0426797374866-0.0249121857576-0.0995122938544-0.0218313793610.040380037134-0.104681758470.0804626639920.0821725331218-0.0007102509977650.1368316791390.0125173112867-0.01452306129160.1704895318990.01306669511550.1458973684387.0381435905427.756810033865.5062430769
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 13 )AA4 - 131 - 10
22chain 'A' and (resid 14 through 30 )AA14 - 3011 - 27
33chain 'A' and (resid 31 through 62 )AA31 - 6228 - 59
44chain 'A' and (resid 63 through 76 )AA63 - 7660 - 73
55chain 'A' and (resid 77 through 91 )AA77 - 9174 - 88
66chain 'B' and (resid 4 through 15 )BB4 - 151 - 12
77chain 'B' and (resid 16 through 30 )BB16 - 3013 - 27
88chain 'B' and (resid 31 through 48 )BB31 - 4828 - 45
99chain 'B' and (resid 49 through 62 )BB49 - 6246 - 59
1010chain 'B' and (resid 63 through 91 )BB63 - 9160 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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