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- PDB-8srv: Crystal structure of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase A (CysK) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8srv
タイトルCrystal structure of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase A (CysK) from Staphylococcus aureus NCTC 8325 complexed with a transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide
要素
  • Cysteine synthase
  • Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide
キーワードTRANSFERASE / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Pederick, J.L. / Vandborg, B.C. / Bruning, J.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2025
タイトル: Identification of Cysteine Metabolism Regulator (CymR)-Derived Pentapeptides as Nanomolar Inhibitors of Staphylococcus aureus O -Acetyl-l-serine Sulfhydrylase (CysK).
著者: Pederick, J.L. / Vandborg, B.C. / George, A. / Bovermann, H. / Boyd, J.M. / Freundlich, J.S. / Bruning, J.B.
履歴
登録2023年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
C: Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide
D: Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0464
ポリマ－71,0464
非ポリマー00
水12,412689
1
A: Cysteine synthase
D: Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5232
ポリマ－35,5232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
2
B: Cysteine synthase
C: Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5232
ポリマ－35,5232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.395, 96.240, 58.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase


分子量: 34257.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_00488 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G0Q8
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional repressor (CymR) derived 10 amino acid peptide


分子量: 1265.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M PIPES pH 7, 22% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→36.14 Å / Num. obs: 136416 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 918848 / Scaling rejects: 60
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.345.61.1513790167750.540.5281.2731.499
7.23-36.146.40.03354368460.9990.0140.03639.197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8SRT

8srt


解像度: 1.32→35.42 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 6982 5.12 %
Rwork0.1644 129365 -
obs0.1656 136347 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.31 Å2 / Biso mean: 24.9638 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4742 0 0 689 5431
Biso mean---35.36 -
残基数----633
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.32-1.330.31142550.29184211446699
1.34-1.350.28892140.271443204534100
1.35-1.370.28641970.266343114508100
1.37-1.380.27542190.244443484567100
1.38-1.40.24762550.232242954550100
1.4-1.420.24822120.224942964508100
1.42-1.440.26942240.224343434567100
1.44-1.460.24922120.213843434555100
1.46-1.490.22642440.199442904534100
1.49-1.510.21642390.191342944533100
1.51-1.540.19452390.186643034542100
1.54-1.570.20912250.179143054530100
1.57-1.60.1992290.176543244553100
1.6-1.630.19492430.173342874530100
1.63-1.660.22282270.17343414568100
1.66-1.70.18382120.168443314543100
1.7-1.740.19622270.170343254552100
1.74-1.790.19352360.16942964532100
1.79-1.840.20422560.181142924548100
1.84-1.90.18412490.176743024551100
1.9-1.970.21052360.1742884524100
1.97-2.050.21252160.173243414557100
2.05-2.140.20512440.1743024546100
2.14-2.260.17812500.162743124562100
2.26-2.40.19072600.163842814541100
2.4-2.580.19222100.168843744584100
2.58-2.840.19192160.168643134529100
2.84-3.250.21012390.16664320455999
3.26-4.10.15892390.13784317455699
4.1-35.420.1472580.13674360461899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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