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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8srs | |||||||||
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タイトル | SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hibshman, G.N. / Bravo, J.P.K. / Taylor, D.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Unraveling the mechanisms of PAMless DNA interrogation by SpRY-Cas9. 著者: Grace N Hibshman / Jack P K Bravo / Matthew M Hooper / Tyler L Dangerfield / Hongshan Zhang / Ilya J Finkelstein / Kenneth A Johnson / David W Taylor / ![]() ![]() 要旨: CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable ...CRISPR-Cas9 is a powerful tool for genome editing, but the strict requirement for an NGG protospacer-adjacent motif (PAM) sequence immediately next to the DNA target limits the number of editable genes. Recently developed Cas9 variants have been engineered with relaxed PAM requirements, including SpG-Cas9 (SpG) and the nearly PAM-less SpRY-Cas9 (SpRY). However, the molecular mechanisms of how SpRY recognizes all potential PAM sequences remains unclear. Here, we combine structural and biochemical approaches to determine how SpRY interrogates DNA and recognizes target sites. Divergent PAM sequences can be accommodated through conformational flexibility within the PAM-interacting region, which facilitates tight binding to off-target DNA sequences. Nuclease activation occurs ~1000-fold slower than for Streptococcus pyogenes Cas9, enabling us to directly visualize multiple on-pathway intermediate states. Experiments with SpG position it as an intermediate enzyme between Cas9 and SpRY. Our findings shed light on the molecular mechanisms of PAMless genome editing. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40740MC ![]() 8spqC ![]() 8sqhC ![]() 8t6oC ![]() 8t6pC ![]() 8t6sC ![]() 8t6tC ![]() 8t6xC ![]() 8t6yC ![]() 8t76C ![]() 8t77C ![]() 8t78C ![]() 8t79C ![]() 8t7sC ![]() 8tzzC ![]() 8u3yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 CDc
#3: DNA鎖 | 分子量: 3997.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 16970.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#5: DNA鎖 | 分子量: 5761.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 159149.406 Da / 分子数: 1 変異: A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99ZW2, ![]() |
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#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 31702.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of SpRY-Cas9 with lambda 1 gRNA and lambda 1 DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.21154 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89331 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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