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- PDB-8srm: Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8srm
タイトルStructure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant
要素
  • Autophagy-related protein 13
  • RB1-inducible coiled-coil protein 1
  • Serine/threonine-protein kinase ULK1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Autophagy / Protein kinase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


omegasome membrane / neuron projection regeneration / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane ...omegasome membrane / neuron projection regeneration / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension / phagophore assembly site / protein kinase regulator activity / TBC/RABGAPs / reticulophagy / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / cellular response to stress / response to starvation / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of cell size / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / autophagosome / protein serine/threonine kinase activator activity / liver development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / recycling endosome / small GTPase binding / autophagy / neuron projection development / intracellular protein localization / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / GTPase binding / protein autophosphorylation / molecular adaptor activity / nuclear membrane / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / lysosome / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of autophagy / protein phosphorylation / axon / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / protein kinase binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like ...Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11 / Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / HORMA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase ULK1 / RB1-inducible coiled-coil protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Chen, M. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: bioRxiv
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen, M. / Ren, X. / Cook, A. / Hurley, J.H.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: RB1-inducible coiled-coil protein 1
C: Serine/threonine-protein kinase ULK1
D: Serine/threonine-protein kinase ULK1
E: Autophagy-related protein 13
F: Autophagy-related protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,3346
ポリマ－211,3346
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 73325.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / ATG1 / hATG1 / Unc-51-like kinase 1


分子量: 24190.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Autophagy-related protein 13


分子量: 8150.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75143

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human autophagy initiation ULK1 complex core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.21 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2286

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7ISOLDE1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.8モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 968884
3次元再構成解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148675 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0025760
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3498018
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2941150
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0331121
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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