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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8srl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T151V CAO1 in complex with piceatannol | ||||||
![]() | Carotenoid oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / non-heme iron / beta propeller / stilbene / mutant | ||||||
機能・相同性 | Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / BENZOIC ACID / : / PICEATANNOL / Carotenoid oxygenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiser, P.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CAO1 著者: Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 365 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 132.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59495.965 Da / 分子数: 4 / 変異: T151V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-PIT / #4: 化合物 | ChemComp-BEZ / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 42% sodium polyacrylate 2100 0.05 M HEPES-NaOH pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→50.13 Å / Num. obs: 177907 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 12.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 2.377 / Num. unique obs: 28339 / CC1/2: 0.413 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.947 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.01→50.13 Å
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拘束条件 |
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