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- PDB-8sq7: X-ray crystal structure of Acinetobacter baumanii beta-lactamase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sq7
タイトルX-ray crystal structure of Acinetobacter baumanii beta-lactamase variant OXA-82 K83D in complex with doripenem
要素Beta-lactamase OXA-82
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC / Acinetobacter beta-lactamase Complex carbapenem Doripenem / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4J6 / CITRATE ANION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Powers, R.A. / Leonard, D.A. / June, C.M. / Szarecka, A. / Wawrzak, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI072219 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and Dynamic Features of Acinetobacter baumannii OXA-66 beta-Lactamase Explain Its Stability and Evolution of Novel Variants.
著者: Klamer, Z.L. / June, C.M. / Wawrzak, Z. / Taracila, M.A. / Grey, J.A. / Benn, A.M.I. / Russell, C.P. / Bonomo, R.A. / Powers, R.A. / Leonard, D.A. / Szarecka, A.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-82
B: Beta-lactamase OXA-82
C: Beta-lactamase OXA-82
D: Beta-lactamase OXA-82
E: Beta-lactamase OXA-82
F: Beta-lactamase OXA-82
G: Beta-lactamase OXA-82
H: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,32527
ポリマ－224,5448
非ポリマー4,78119
水27,0411501
1
A: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6803
ポリマ－28,0681
非ポリマー6122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7675
ポリマ－28,0681
非ポリマー6994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6803
ポリマ－28,0681
非ポリマー6122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6803
ポリマ－28,0681
非ポリマー6122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6803
ポリマ－28,0681
非ポリマー6122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5833
ポリマ－28,0681
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5833
ポリマ－28,0681
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Beta-lactamase OXA-82
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6754
ポリマ－28,0681
非ポリマー6073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.284, 70.284, 448.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414
1515
1616
1717
1818
1919
2020
2121
2222
2323
2424
2525
2626
2727
2828

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase OXA-82


分子量: 28067.975 Da / 分子数: 8 / 変異: K83D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bla-OXA-82, blaOXA-82, oxa66 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8HDA9
#2: 化合物
ChemComp-4J6 / (4R,5S)-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-3-({(3S,5S)-5-[(sulfamoylamino)methyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Doripenem(open form, pyrroline tautomer form 1, SP2 connection to Thio)


分子量: 422.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.09 M HEPES, pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 235628 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 23812 / CC1/2: 0.873 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→38.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.531 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18098 10377 5 %RANDOM
Rwork0.1546 ---
obs0.15591 197119 87.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15060 0 310 1501 16871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01315857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.01714564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.6621549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3241.59433890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49251952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06424.422753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14152715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7471553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0217621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.023118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5650.9187745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5650.9187746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2611.3599685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2611.369686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.861.4138112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8611.4128111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2611.90911854
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.68313.44418504
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.68413.44718505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78110.07
12B78110.07
21A81900.05
22C81900.05
31A82070.04
32D82070.04
41A81180.04
42E81180.04
51A78880.07
52F78880.07
61A78150.07
62G78150.07
71A78400.08
72H78400.08
81B78120.08
82C78120.08
91B78320.07
92D78320.07
101B78650.08
102E78650.08
111B80410.03
112F80410.03
121B80660.04
122G80660.04
131B81400.03
132H81400.03
141C82020.04
142D82020.04
151C80960.04
152E80960.04
161C78420.08
162F78420.08
171C77620.08
172G77620.08
181C77860.08
182H77860.08
191D81290.03
192E81290.03
201D78700.07
202F78700.07
211D77870.07
212G77870.07
221D78110.08
222H78110.08
231E77630.07
232F77630.07
241E77950.07
242G77950.07
251E78150.08
252H78150.08
261F79700.05
262G79700.05
271F79880.04
272H79880.04
281G80540.04
282H80540.04
LS精密化 シェル解像度: 1.782→1.828 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 360 -
Rwork0.218 6653 -
obs--40.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83460.0302-0.34781.8605-0.03062.87560.06970.03760.0570.09660.08250.0962-0.03840.1843-0.15220.10670.00860.05230.05010.01060.038451.10139.3821.316
21.83040.55590.90561.1240.14162.64610.13740.3257-0.1150.13410.0642-0.14130.32210.3517-0.20150.19450.0235-0.03760.0986-0.02410.032677.76357.17-10.38
31.67940.4625-0.19961.09330.21622.94850.1394-0.05330.10490.00020.0108-0.00520.14910.1414-0.15020.0706-0.02910.03590.0762-0.04050.039359.77616.029-73.382
41.73910.49680.10451.1628-0.31862.95760.02050.0690.04780.01670.12720.09520.18720.0629-0.14780.048-0.0156-0.01710.09260.0490.037761.76257.755-48.589
50.8024-0.03360.37411.8339-0.02122.88960.0719-0.0272-0.0517-0.09830.07760.10440.03530.1826-0.14950.1071-0.0096-0.05170.04860.00990.037386.29562.04826.052
61.8972-0.558-0.95851.1150.15982.65580.1424-0.34220.1169-0.1270.0664-0.1447-0.33040.3726-0.20870.1973-0.02790.03650.1052-0.0250.034942.75144.29937.978
70.8162-0.0266-0.32322.17090.85772.6624-0.1139-0.0188-0.05940.19130.3164-0.17750.14890.4512-0.20250.1024-0.0294-0.00360.19-0.04420.032559.56425.832-36.828
81.7861-0.63140.59981.214-0.77992.69530.2876-0.0373-0.1828-0.2532-0.08190.03560.4759-0.0993-0.20570.1471-0.0546-0.03910.1520.01960.034653.21462.658-85.239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3C34 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4D34 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5E35 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6F35 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7G35 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8H35 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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