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- PDB-8spi: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain XBB.1.5) comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8spi
タイトルCrystal structure of chimeric omicron RBD (strain XBB.1.5) complexed with human ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / SARS2 / CELL INVASION / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, K. / Aihara, H. / Li, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Structural evolution of SARS-CoV-2 omicron in human receptor recognition.
著者: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Herbst, M. / Wang, M. / Huang, L. / Bu, F. / Liu, B. / Aihara, H. / Li, F.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,19023
ポリマ－186,8764
非ポリマー5,31419
水543
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,80010
ポリマ－93,4382
非ポリマー2,3628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,39013
ポリマ－93,4382
非ポリマー2,95211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.365, 116.205, 108.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 19 through 614)
d_2ens_1(chain "B" and resid 19 through 614)
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"
d_1ens_3(chain "E" and (resid 334 through 516 or resid 520 or resid 523 through 527))
d_2ens_3(chain "F" and (resid 334 through 339 or resid 341 through 516 or resid 522 through 527))
d_1ens_4chain "G"
d_2ens_4chain "I"
d_3ens_4chain "M"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERALAALAAA19 - 6141 - 596
d_21ens_1SERSERALAALABB19 - 6141 - 596
d_11ens_2NAGNAGNAGNAGDF1
d_12ens_2NAGNAGNAGNAGDF2
d_13ens_2BMABMABMABMADF3
d_21ens_2NAGNAGNAGNAGGG1
d_22ens_2NAGNAGNAGNAGGG2
d_23ens_2BMABMABMABMAGG3
d_11ens_3ASNASNGLUGLUEC334 - 51616 - 198
d_12ens_3ALAALAALAALAEC520202
d_13ens_3THRTHRPROPROEC523 - 527205 - 209
d_21ens_3ASNASNGLYGLYFD334 - 33916 - 21
d_22ens_3VALVALGLUGLUFD341 - 51623 - 198
d_23ens_3ALAALAPROPROFD522 - 527204 - 209
d_11ens_4NAGNAGNAGNAGHH1
d_12ens_4NAGNAGNAGNAGHH2
d_21ens_4NAGNAGNAGNAGII1
d_22ens_4NAGNAGNAGNAGII2
d_31ens_4NAGNAGNAGNAGMK1
d_32ens_4NAGNAGNAGNAGMK2

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.953110206121, 0.23629322725, 0.189067304799), (0.206761182696, 0.0522588888469, 0.976994791115), (0.220976804933, 0.970275486288, -0.0986647474497)4.42109742698, -24.4280861868, 3.65180024687
2given(0.325807312871, -0.226120338413, 0.917997378774), (-0.0534199166399, 0.96502350846, 0.256663087773), (-0.943925795487, -0.13266205439, 0.30233238652)-39.364037451, 26.7506474009, 28.0258989212
3given(-0.983127655927, 0.177025818962, 0.0460637772328), (0.058212901337, 0.0640574216281, 0.996246909582), (0.173410698257, 0.982119395061, -0.0732818093033)12.5064217858, -24.789072896, 2.94978137397
4given(-0.216293457395, -0.938246531195, 0.270019604824), (0.629863034795, 0.0772201924185, 0.772858071887), (-0.745982370895, 0.337239512193, 0.574264585125)-3.75064326501, -53.0276305721, -45.5440360402
5given(-0.619436767991, 0.728227273227, 0.293228799725), (-0.671680793164, -0.684978103788, 0.282223155366), (0.406377906086, -0.022136753566, 0.913436895241)24.5685917181, 51.0360679248, -83.1922358739

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24284.564 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: omicron XBB1.5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 4種, 13分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 789.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM Tris, pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM sodium chloride, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.056→108.045 Å / Num. obs: 24813 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / CC1/2: 0.741 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.056→3.368 Å / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1241 / CC1/2: 0.653

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AJF

2ajf


解像度: 3.06→77.85 Å / SU ML: 0.3384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.3159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1276 5.15 %
Rwork0.1899 23523 -
obs0.1927 24799 67.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→77.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12765 0 339 3 13107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002713457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476418283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.864901
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.62183169332
ens_2d_2FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.795487110595
ens_3d_2CEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08548254432
ens_4d_2HHX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.92757491145
ens_4d_3HHX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.455836378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.180.141580.342111X-RAY DIFFRACTION2.93
3.18-3.320.3589340.2811682X-RAY DIFFRACTION17.7
3.32-3.50.3543670.26821356X-RAY DIFFRACTION35.03
3.5-3.720.26481420.23422635X-RAY DIFFRACTION68.05
3.72-40.26981790.20443338X-RAY DIFFRACTION86.39
4-4.410.22882170.17983851X-RAY DIFFRACTION99.39
4.41-5.050.23162230.16553761X-RAY DIFFRACTION97.58
5.05-6.360.2772000.19483898X-RAY DIFFRACTION99.76
6.36-77.850.20962060.17553891X-RAY DIFFRACTION98.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.424432482840.952834432909-0.8125949828824.331989683250.8276347105092.33414807262-0.5414619456440.589605682241-0.462665901019-0.256960847326-0.00656191699597-0.4853694124140.333299623837-0.0652047377830.3914294144250.60973935921-0.240424151764-0.05131554911760.7283924354450.1231780389740.34761308611511.0320273213-20.419211719758.0749159319
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 109 )AA19 - 1091 - 91
22chain 'A' and (resid 110 through 293 )AA110 - 29392 - 275
33chain 'A' and (resid 294 through 433 )AA294 - 433276 - 415
44chain 'A' and (resid 434 through 614 )AA434 - 614416 - 596
55chain 'B' and (resid 19 through 81 )BE19 - 811 - 63
66chain 'B' and (resid 82 through 157 )BE82 - 15764 - 139
77chain 'B' and (resid 158 through 317 )BE158 - 317140 - 299
88chain 'B' and (resid 318 through 352 )BE318 - 352300 - 334
99chain 'B' and (resid 353 through 433 )BE353 - 433335 - 415
1010chain 'B' and (resid 434 through 464 )BE434 - 464416 - 446
1111chain 'B' and (resid 465 through 614 )BE465 - 614447 - 596
1212chain 'E' and (resid 334 through 380 )EN334 - 3801 - 46
1313chain 'E' and (resid 381 through 527 )EN381 - 52747 - 192
1414chain 'F' and (resid 331 through 342 )FO331 - 3421 - 12
1515chain 'F' and (resid 343 through 364 )FO343 - 36413 - 34
1616chain 'F' and (resid 365 through 380 )FO365 - 38035 - 50
1717chain 'F' and (resid 381 through 394 )FO381 - 39451 - 64
1818chain 'F' and (resid 395 through 459 )FO395 - 45965 - 129
1919chain 'F' and (resid 460 through 479 )FO460 - 479130 - 149
2020chain 'F' and (resid 480 through 494 )FO480 - 494150 - 164
2121chain 'F' and (resid 495 through 527 )FO495 - 527165 - 194

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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