[日本語] English
万見
- PDB-8sph: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain XBB.1) complexe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sph
タイトルCrystal structure of chimeric omicron RBD (strain XBB.1) complexed with human ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / SARS2 / CELL INVASION / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / regulation of transmembrane transporter activity / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, K. / Aihara, H. / Li, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Structural evolution of SARS-CoV-2 omicron in human receptor recognition.
著者: Zhang, W. / Shi, K. / Geng, Q. / Herbst, M. / Wang, M. / Huang, L. / Bu, F. / Liu, B. / Aihara, H. / Li, F.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,47924
ポリマ－186,8564
非ポリマー5,62320
水52229
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,25911
ポリマ－93,4282
非ポリマー2,8309
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,22113
ポリマ－93,4282
非ポリマー2,79211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.740, 116.369, 111.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 19 through 614 or resid 703 through 705))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 19 through 614 or resid 703 through 705))
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "L"
d_1ens_3chain "D"
d_2ens_3chain "G"
d_3ens_3chain "H"
d_4ens_3chain "I"
d_5ens_3chain "K"
d_6ens_3chain "M"
d_1ens_4(chain "E" and (resid 334 through 459 or resid 461...
d_2ens_4(chain "F" and (resid 334 through 459 or resid 461...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERALAALAAA19 - 6141 - 596
d_12ens_1ZNZNZNZNAN701
d_13ens_1CLCLCLCLAO702
d_14ens_1EDOEDOEDOEDOAP703
d_21ens_1SERSERALAALABB19 - 6141 - 596
d_22ens_1ZNZNZNZNBR701
d_23ens_1CLCLCLCLBS702
d_24ens_1EDOEDOEDOEDOBT703
d_11ens_2NAGNAGNAGNAGCE1
d_12ens_2NAGNAGNAGNAGCE2
d_13ens_2BMABMABMABMACE3
d_21ens_2NAGNAGNAGNAGLL1
d_22ens_2NAGNAGNAGNAGLL2
d_23ens_2BMABMABMABMALL3
d_11ens_3NAGNAGNAGNAGDF1
d_12ens_3NAGNAGNAGNAGDF2
d_21ens_3NAGNAGNAGNAGGG1
d_22ens_3NAGNAGNAGNAGGG2
d_31ens_3NAGNAGNAGNAGHH1
d_32ens_3NAGNAGNAGNAGHH2
d_41ens_3NAGNAGNAGNAGII1
d_42ens_3NAGNAGNAGNAGII2
d_51ens_3NAGNAGNAGNAGKK1
d_52ens_3NAGNAGNAGNAGKK2
d_61ens_3NAGNAGNAGNAGMM1
d_62ens_3NAGNAGNAGNAGMM2
d_11ens_4ASNASNSERSEREC334 - 45916 - 141
d_12ens_4LEULEUGLYGLYEC461 - 476143 - 158
d_13ens_4PROPROVALVALEC479 - 483161 - 165
d_14ens_4GLYGLYGLYGLYEC485167
d_15ens_4ASNASNTYRTYREC487 - 489169 - 171
d_16ens_4PROPROPHEPHEEC491 - 497173 - 179
d_17ens_4PROPROTHRTHREC499 - 500181 - 182
d_18ens_4GLYGLYGLYGLYEC502 - 504184 - 186
d_19ens_4GLNGLNGLUGLUEC506 - 516188 - 198
d_110ens_4ALAALAALAALAEC520202
d_111ens_4THRTHRPROPROEC523 - 527205 - 209
d_21ens_4ASNASNSERSERFD334 - 45916 - 141
d_22ens_4LEULEUGLYGLYFD461 - 476143 - 158
d_23ens_4PROPROVALVALFD479 - 483161 - 165
d_24ens_4GLYGLYGLYGLYFD485167
d_25ens_4ASNASNTYRTYRFD487 - 489169 - 171
d_26ens_4PROPROPHEPHEFD491 - 497173 - 179
d_27ens_4PROPROTHRTHRFD499 - 500181 - 182
d_28ens_4GLYGLYGLYGLYFD502 - 504184 - 186
d_29ens_4GLNGLNGLUGLUFD506 - 516188 - 198
d_210ens_4ALAALAPROPROFD522 - 527204 - 209

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.95720318766, 0.231839256445, 0.173241498218), (0.186832411449, 0.0378357992746, 0.98166292704), (0.221033272532, 0.972018009846, -0.0795316350233)11.0324050946, -23.1147401301, 1.30545449196
2given(0.888945927155, -0.0212048772485, 0.457521028779), (-0.297756435641, 0.73227295508, 0.612468304725), (-0.348017590976, -0.680681035757, 0.644637172316)-31.540416836, -13.5461874846, 45.2392596059
3given(-0.984611600054, 0.0551743409785, 0.165818542803), (0.000980937822346, -0.94709240138, 0.320959531732), (0.174754212541, 0.316183135772, 0.932464042123)24.8329231975, 7.00058808858, 21.7929841239
4given(-0.146584189252, -0.834833986066, 0.530627261994), (0.919147509198, 0.0833211294134, 0.385000578867), (-0.36562403066, 0.544159723889, 0.755122018684)0.233061262875, -14.2878156782, 13.1505721479
5given(0.662014484985, 0.729761072781, 0.170837929989), (-0.659437316515, 0.458808593175, 0.595514147957), (0.35620113315, -0.506895898072, 0.78496961805)-14.1681282261, -12.376341257, -47.4621687542
6given(0.887451073633, 0.446455931069, 0.114488835787), (-0.442771304582, 0.894805615994, -0.0572405575104), (-0.128000639629, 0.00010582303643, 0.991774079645)-5.07768255959, 24.35698226, -35.814845024
7given(-0.876753013136, -0.242564678582, 0.415290898842), (0.480790870522, -0.420489247443, 0.769434163271), (-0.0120121929799, 0.874271793831, 0.48528809766)26.8349502972, 30.9074547729, -46.4883159741
8given(-0.981340788967, 0.183884373736, 0.0561853451054), (0.0640179222108, 0.0369347243251, 0.997265025846), (0.181306264494, 0.982253716325, -0.0480174470431)17.7300327859, -22.971433695, -0.0297421247164

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24274.527 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: omicron XBB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 4種, 12分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 789.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 37分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM Tris, pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM sodium chloride, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.706→111.524 Å / Num. obs: 24963 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 62.15 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.174 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.706→3.035 Å / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1248 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 1.071 / Rsym value: 0.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AJF

2ajf


解像度: 2.71→111.52 Å / SU ML: 0.4138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.5949
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 1275 5.11 %
Rwork0.2188 23656 -
obs0.2221 24931 44.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→111.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12772 0 361 29 13162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003813483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.623918313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04451994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.34664910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.72530255436
ens_2d_2ECX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.01268290022
ens_3d_2FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.68184430107
ens_3d_3FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.79516303687
ens_3d_4FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44679910999
ens_3d_5FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47797867489
ens_3d_6FDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.16529570821
ens_4d_2CEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.903005945104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.820.351570.3841177X-RAY DIFFRACTION3.03
2.82-2.950.4654270.3504528X-RAY DIFFRACTION9.04
2.95-3.10.3222450.3277880X-RAY DIFFRACTION15.12
3.1-3.30.3625670.30561298X-RAY DIFFRACTION22.23
3.3-3.550.32921010.27931959X-RAY DIFFRACTION33.71
3.55-3.910.33331320.24052446X-RAY DIFFRACTION41.79
3.91-4.470.30572790.21284783X-RAY DIFFRACTION82.02
4.47-5.640.26413070.20855810X-RAY DIFFRACTION99.24
5.64-111.520.25483100.20265775X-RAY DIFFRACTION97.02
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.274112907-17.598307965959.316712251
239.09592646010.81190832084243.2461892707
320.003295304512.13721447663.2486084422
426.53488504785.2227319635842.3908276821
52.3667614642541.9992836426-15.5616717763
6-6.1360663518832.337432957-17.4741951245
7-24.362097049537.55807766064.53064802497
8-13.776578755920.26654471289.44695181865
93.4900551805736.150796818211.6534010243
10-20.274978193123.93412803013.86582690235
11-1.4040855300817.121838781811.0474268482
12-12.00402614-6.0424675294383.1044403676
13-21.3429751497-2.2261822457384.0914519486
14-13.03190319556.7997980385574.5448050173
15-27.07083438484.7937237696375.9939648611
16-10.4632427438-6.4621013532672.0356586628
17-10.7513234443-6.1924185787869.4516056845
18-4.56874455608-18.595251574370.5781214706
191.72337049291-34.024505858762.6833955571
204.56645864691-11.189655845869.8768697189
21-13.2771304714-3.6802824127975.5568570892
22-32.6803409356-2.7085648072380.6705647601
2343.589509258364.2736800885-8.38128286391
2436.387277625957.7957012396-12.3890714897
2536.111672985551.08951820080.305329613995
2649.218449587150.9393489408-3.64016371795
2730.828295771948.0544786864-11.8459320169
2829.60960179838.9227425916-15.7194672297
2931.764090173848.334074543-9.49497783576
3022.802340633746.3071691274-22.5800564656
3113.382918423837.9283875064-36.2885194713
3227.309885154450.1064667338-11.7236955684
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 129 )AA19 - 1291 - 111
22chain 'A' and (resid 130 through 293 )AA130 - 293112 - 275
33chain 'A' and (resid 294 through 352 )AA294 - 352276 - 334
44chain 'A' and (resid 353 through 614 )AA353 - 614335 - 596
55chain 'B' and (resid 19 through 82 )BG19 - 821 - 64
66chain 'B' and (resid 83 through 129 )BG83 - 12965 - 111
77chain 'B' and (resid 130 through 194 )BG130 - 194112 - 176
88chain 'B' and (resid 195 through 293 )BG195 - 293177 - 275
99chain 'B' and (resid 294 through 433 )BG294 - 433276 - 415
1010chain 'B' and (resid 434 through 512 )BG434 - 512416 - 494
1111chain 'B' and (resid 513 through 614 )BG513 - 614495 - 596
1212chain 'E' and (resid 334 through 353 )EP334 - 3531 - 20
1313chain 'E' and (resid 354 through 367 )EP354 - 36721 - 34
1414chain 'E' and (resid 368 through 380 )EP368 - 38035 - 47
1515chain 'E' and (resid 381 through 393 )EP381 - 39348 - 60
1616chain 'E' and (resid 394 through 409 )EP394 - 40961 - 76
1717chain 'E' and (resid 410 through 442 )EP410 - 44277 - 109
1818chain 'E' and (resid 443 through 474 )EP443 - 474110 - 141
1919chain 'E' and (resid 475 through 487 )EP475 - 487142 - 154
2020chain 'E' and (resid 488 through 506 )EP488 - 506155 - 173
2121chain 'E' and (resid 507 through 516 )EP507 - 516174 - 183
2222chain 'E' and (resid 517 through 527 )EP517 - 527184 - 193
2323chain 'F' and (resid 331 through 342 )FR331 - 3421 - 12
2424chain 'F' and (resid 343 through 367 )FR343 - 36713 - 37
2525chain 'F' and (resid 368 through 380 )FR368 - 38038 - 50
2626chain 'F' and (resid 381 through 393 )FR381 - 39351 - 63
2727chain 'F' and (resid 394 through 409 )FR394 - 40964 - 79
2828chain 'F' and (resid 410 through 421 )FR410 - 42180 - 91
2929chain 'F' and (resid 422 through 442 )FR422 - 44292 - 112
3030chain 'F' and (resid 443 through 474 )FR443 - 474113 - 144
3131chain 'F' and (resid 475 through 487 )FR475 - 487145 - 157
3232chain 'F' and (resid 488 through 527 )FR488 - 527158 - 194

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る